歷史沿革
辦公大樓重慶市畜牧科學院始建至今，經歷了14次更名，9次變更行政隸屬關係。
研究院前身為“川東榮昌種畜場”，建於1951年元月，屬川東行署農林廳領導，負責人甘文定、謝瑞徵。後更名為“川東榮昌種豬場”。
1953年3月14日，更名為“四川省榮昌種豬試驗場”，屬四川省農林廳領導，負責人孫玉堂、黃谷誠。1954年1月14日與榮昌縣農場合併，同年4月更名為“四川省農牧試驗場”，屬四川省農業廳領導，由江津專署代管，場長吳登洪，副場長朱允鈞。
1955年2月，更名為“四川省榮昌農牧試驗站”，站長吳登洪，副站長朱允鈞、管昌群。
1957年3月31日，與榮昌縣農場分開，與江津地區種豬場合併，更名為“四川省榮昌種豬試驗站”，業務關係屬榮昌縣人民政府領導，站長張富志，副站長吳登洪、景奇峰。
1959年9月1日，更名為“四川省農業廳種豬試驗站”，屬四川省農業廳領導。1960年9月至1963年，站長張富志，景奇峰、劉昌謨、周宗漢；1964年至1966年4月，副站長劉星伍。
1966年4月，與榮昌畜牧獸醫學校合併，更名為“四川省榮昌畜牧獸醫學校農牧場”，劉星伍為負責人。1970年初與畜牧獸醫學校分開，恢復“四川省榮昌種豬試驗站”名稱，屬四川省農業廳領導。
1971年，改屬四川省農業科學院領導，更名為‘四川省農科院種豬試驗站”，陳德貴任“革委會”主任，劉星伍、唐學光任副主任。
1980年初，改屬四川省畜牧局領導，更名為“四川省種豬試驗站”，站長鄧順珍（兼黨委書記），副站長陳德貴、鄭敏書。
1984年6月，經四川省體改委、省編委批准，將原種豬試驗站更名為“四川省養豬研究所”，隸屬關係不變。1984年至1988年期間，所長明再勉，副所長陳德貴、譚明萬，書記鄧順珍；1988年至1997年所長譚明萬，副所長鄧吉輝、曾代勤、張鏡生、范首君、劉作華，書記先後由鄧順珍、鄭敏書、塗邦軍擔任。
1997年6月由，四川劃轉重慶直轄市，更名為“重慶市養豬科學研究院”，隸屬重慶市農業局，同年11月7日，范首君任常務副院長，塗邦軍任書記，曾代勤、張鏡生、劉作華任副院長，鄒勝華任紀委書記；1998年7月6日，劉作華任院長，范首君任黨委書記兼常務副院長，曾代勤、張鏡生、楊良惠任副院長，鄒勝華任紀委書記。
2003年5月，由重慶市機構編制委員會以渝編[2003]73號文批覆，由原重慶市養豬科學研究院、重慶市畜牧獸醫科學研究所、重慶市種豬場三單位合併組建成重慶市畜牧科學研究院，是屬重慶市農業局管理、財政全額撥款的副局級事業單位。畜科院總部設在位於榮昌縣城區的原養豬院，重慶市沙坪壩區石橋鋪原畜科所設定為畜科院B區。
2006年10月，由重慶市農業局渝農發[2006]660號文批覆，更名為重慶市畜牧科學院。
科學研究
科研平台
重慶市畜牧科學院擁有“農業部種豬質量監督檢驗測試中心（重慶）”，“農業部西南設施養殖工程科學觀測實驗站”，“農業部養豬科學重點實驗室”，“博士後科研工作站”，“國家級品種資源保護場”，“國家產業技術體系綜合試驗站”等27個科技創新平台。現有養豬、動物營養、經濟動物、食品加工、草食牲畜、家禽、獸醫、畜牧工程、蠶業、畜禽疫病與獸藥等10個研究所，信息中心、檢測中心、培訓交流中心等3個研發中心，與地方政府聯合組建了6個分院；
研究所：重慶市養豬科學研究所，重慶市畜牧科學院草食牲畜研究所，重慶市畜牧科學院獸藥研究所，重慶市畜牧科學院動物營養研究所，重慶市畜牧科學院經濟動物研究所，重慶市畜牧科學院畜牧工程與食品加工研究所，家禽研究所，重慶市畜牧科學院獸醫研究所，重慶市畜牧科學院蠶業研究所。
研發中心：重慶市畜牧科學院檢測中心。
分院：重慶市畜牧科學院武隆分院，重慶市畜牧科學院南川分院，重慶市畜牧科學院三峽分院，重慶市畜牧科學院酉陽分院。
市級重點實驗室：養豬科學重慶市市級重點實驗室。
科技孵化中心：中國重慶畜牧科技城科技孵化中心。
其他：重慶市畜牧科學院博士後科研工作站，重慶市原種豬場，農業部種豬質量監督檢驗測試中心（重慶），重慶市養豬工程技術研究中心。
科研力量
重慶市畜牧科學院有在職職工304人，具高中級專業技術職務人員172人，博士31人、碩士62人。擁有新世紀百千萬人才工程國家級人選、國務院特殊津貼專家、農業部現代農業產業技術體系崗位科學家和學術技術帶頭人等突出貢獻專家29人。其中，享受國務院特殊津貼的專家8人，擁有博士2人、在讀博士10人，碩士39人、在讀碩士12人，首批“新世紀百千萬人才工程國家級人選”1人，重慶市學術技術帶頭人3人、後備人選2人。
科研成果
“十五”以來獲得國家和部、省級科技成果獎71項，發表學術論文700餘篇，出版專著43部，獲準智慧財產權32項，獲得專有產品證書148個。
組織機構
重慶市畜牧科學院設有辦公室、組織人事處、財務處、科技管理處、後勤保障處、產業管理處、發展改革處、監察審計處等8個綜合處室。
基礎設施
重慶市畜牧科學院占地面積1145餘畝，擁有試驗基地5000多畝。現有房屋建築面積8萬多平方米，儀器設備1500多萬元。創辦有市級農業產業化龍頭企業“重慶泰華牧業（集團）有限公司”等16個畜牧科技型企業，建有全國檔次最高、西部規模最大的畜牧專業市場“西部飼料獸藥畜產品批發交易市場”，投資組建了7個畜牧科技型企業。
發展規劃與思路
指導思想
繼續深入貫徹鄧小平關於“科學技術是第一生產力”的思想，堅持面向市場、面向經濟建設和社會發展、面向社會需求，面向農業、面向農村、面向農戶，切實增強科技創新能力和成果轉化能力，為社會經濟和重慶市乃至全國養豬業的發展提供科技支撐和技術保障。
發展戰略
著眼於本世紀末、下世紀初社會經濟發展的需要，堅持“立足重慶，面向西南，輻射全國，走向世界”的發展戰略。針對重慶市、三峽庫區、大西南養豬業生產中的關鍵技術問題，著力抓好科技攻關、科技開發、科技推廣和技術服務工作，走大科技、大聯合、大發展的路子，用科技興院，靠經濟強院。
發展目標
將我院建設成為綜合性的現代畜牧業研究開發中心和中國榮昌豬的遺傳資源保存和新品種培育基地，使之成為全國同行業中 “科技水平高，經濟實力強，社會貢獻大，國際知名，國內一流”的科研單位。
我院要實現發展目標，各項工作應按照“一業牽引，六輪驅動”的總體思路進行。“一業牽引”即：以養豬業為核心的科研、生產、經營並以此牽引帶動其他行業的發展。“六輪驅動”指全面實施“六大工程”，即：體制改革工程、科學研究工程、產業開發工程、技術推廣服務工程、人才培養工程和精神文明建設工程。
工作重點
1、體制改革工程
根據國家科技體制改革精神，結合本院實際情況，對現行管理體制和運行機制進行改革和調整，使之儘快適應社會主義市場經濟的需要。按照“穩住一頭，放開一片”的改革方針，通過結構調整、人才分流、機制轉換和制度創新，最終實現科技與經濟的緊密結合，探索出一條適合我院發展的道路。逐步實現營運企業化、成果商品化、資源配置市場化、福利分配貨幣化、社會保障社會化，真正實現自主經營、自主管理、自負盈虧、自主分配、自我約束、自我發展，成為獨立的社會、企業法人。
2、科學研究工程
根據國家科技發展綱要總體精神和重慶市畜牧業發展和“2010”發展規劃，針對養豬生產中的關鍵技術問題，堅持“突出重點，集中力量，攻克難關，勇於創新”，積極開展豬的繁殖育種、飼料營養、獸醫防疫、肉品加工、規模養殖等方面的研究。建好四大中心，即：榮昌豬育種中心、飼料營養研究開發中心、豬病防治研究中心、養豬培訓及信息中心。
3、產業開發工程
實施產業開發工程應藉助中國重慶畜牧科技城的優勢，以社會發展和市場需求為導向，以科學技術為後盾，充分發揮自身的科技優勢及國內外先進的科技成果，開發市場前景好、經濟效益高、能形成規模的高新技術產品，加速成果轉化，促進新的經濟成長點的形成，推進產品的多元化和高級化，為在2010年形成高新技術產業群體和支柱產業奠定基礎。
4、技術推廣服務工程
利用自身研究成果和國內外養豬先進技術，開展技術諮詢和實用技術推廣，開展技術培訓和對外技術服務，擴大技術宣傳，推廣科技產品，開展科技扶貧，為科教興農、科教興市、科教興國作貢獻。
5、人才培養工程
根據社會的發展和下個世紀的需要，造就青年科技人才、經營管理人才迅速成長和人盡其才、才盡其用的良好環境；培養一批具有較高學術水平，能保持和發展學科優勢的學術帶頭人；培養一批基礎知識紮實、精通業務和了解國內外科技發展趨勢的科技骨幹；培養一批善於新產品開發與行銷策劃的經營人才；培養一批精通現代管理理論和具有領導組織協調能力的管理人才。為研究院發展和養豬業發展提供人才保證。建立重慶市養豬技術培訓中心，面向農業、面向農村、面向農戶，培養技術人才，為農戶脫貧致富奔小康作貢獻。
6、精神文明建設工程
根據黨中央和重慶市委對精神文明建設的總體部署和階段要求，切實抓好我院的思想政治工作和精神文明單位建設，創造一個適合科研工作開展、適合內部深化改革、適合單位不斷發展的文明、寬鬆、和諧、舒暢的政治環境、學術氛圍和人際關係。
領導班子
| 職務 | 姓名 |
| 院長 | 劉作華 |
| 黨委書記 | 唐德榮 |
| 黨委副書記 | 塗邦軍 |
| 副院長 | 黃勇，梁大超，唐德榮 |
| 紀委書記 | 宋剛 |
