秘書處
協調和督促全局業務工作；負責對外聯繫、協調工作；根據局長會議或局辦公會議的部署，編制年度工作計畫，起草年度總結，制定本局內部管理制度；承辦評選表彰保密先進工作單位和先進工作者工作；指導保密工作協作組活動；承辦全局年度工作目標考核、綜合性文稿起草和文秘、檔案、會務、接待、組織、人事工作；負責局內車輛、經費管理等後勤服務工作。
宣傳法規處
負責黨和國家保密工作方針政策、法律法規和保密知識的宣傳教育；負責保密專兼職幹部培訓的組織工作；組織編印保密宣傳教育資料；負責《重慶保密信息》的編輯；組織開展保密理論探討、政策調研；負責制定和修訂地方保密法規、規章的起草工作；審核局內各處起草的保密法規、規章、制度；指導各機關、單位的定密工作，並負責不明確事項及有爭議事項的密級確定工作；監督本機關及各區縣（自治縣）保密部門行政執法行為，承辦對保密行政行為不服案件的行政複議和出庭應訴工作。
檢查處
負責組織檢查各項保密法規、制度的執行情況；制定專項保密制度；負責指導或參與保密要害部門（部位）和涉密涉外重大項目、重要活動（會議）的保密檢查和防範工作；指導、監督和管理經濟科技領域的保密工作；指導國有企業、事業單位商業秘密保護工作；負責承辦專項保密法規所規定的審核、審批、許可證發放等管理工作（本“三定”方案另有規定的除外）；負責督促、組織或參與查處泄密事件，承辦查處中的密級鑑定工作；負責全市泄密事件綜合上報和重大泄密事件的通報工作；負責涉密檔案資料銷毀的管理工作。
技術處
研究制定全市保密技術工作發展規劃和保密技術科研發展規劃，並督促檢查落實情況；起草涉及國家秘密的通信、辦公自動化和計算機信息系統的保密管理規章制度；承辦涉密通信、辦公自動化和計算機信息系統保密設施建設的審批工作；開展保密技術檢查和計算機信息系統國際聯網的保密檢查；組織推廣經機關鑑定認可的保密技術產品；審定涉密計算機等辦公自動化技術設備定點維修單位。
檢查中心
經市編委批准設立的重慶市保密技術檢查中心，為市委保密辦（市國家保密局）管理的處級事業單位。
重慶市保密技術檢查中心為保密工作提供技術保障。對保密要害部門、重要涉密會議場所進行保密技術檢查；對涉密通信、辦公自動化和計算機信息系統、網路保密進行技術檢查；承擔銷毀涉密介質；承擔保密技術設備維護、維修及推廣工作；開展保密技術培訓和諮詢服務。
