基本原理
(1)系統原理：系統是由若干相互聯繫、相互作用的部分組成，在一定環境中具有特定功能的有機整體。例如，醫療保險是一個系統，該系統內可分若干子系統，如基金管理子系統、財務管理子系統等。貫徹系統原理，要抓住系統的主要特性：目的性、整體性、層次性、相關性、滿意性。
(2)整分合原理：是指在把握整體性的前提下分工合作。整分合原理要求抓住三個環節：整體把握、科學分解和組織協調。整分合原理要求首先從整體要求出發，制訂整個系統的目標，然後對其進行分解，並明確分工，責任到位，目標執行過程中遇有矛盾衝突，必須進行協調。
(3)封閉原理：是指任何一系統內的管理手段必須構成一個連續封閉的迴路，才能形成有效的管理運動。根據封閉原理的要求，醫療保險管理系統應由行政決策機構(即指揮中心)、經辦機構(即執行機構)、監督機構、參保單位、定點醫療單位和反饋機構組成。
(4)反饋原理：反饋是指控制系統把信息輸出後，又把作用的結果運送回來，對信息的再輸出發生影響，起到控制作用，以達到預定的目的。醫療保險管理能否有效關鍵在於醫療保險系統中是否有靈敏、準確、有力的反饋。
(5)人本原理：就是以人為中心的管理思想。其主要觀點有：職工是企業的主體；職工參與是有效管理的關鍵；使人性得到最完美的發展是現代管理的核心；服務於人是管理的根本目的。在我國，醫療保險事業剛剛起步，方興未艾，問題和困難很多，只有積極依靠廣大民眾和職工的參與，調動全社會的力量，集思廣益，才能做好醫療保險工作，從而提高人民的健康和保障水平。
(6)責任原理：指在合理分工的基礎上明確規定每個部門和個人必須完成的工作任務和必須承擔的與此相應的責任，建立職責分明的責任制，是完成任務和實現目標的重要手段，同時也是挖掘人的潛能的最好辦法。
(7)效益原理：就是在管理工作中要注意講求實際效益，即以最小的消耗代價，獲得最大的社會經濟效益。效益是管理的根本目的。醫療保險管理，既要講經濟效益，又要講社會效益，講究經濟效益，也是為創造更多、更好的社會效益服務。
職能
(1)計畫：計畫職能是醫療保險管理的基本職能，它滲透於其他多種管理職能中，醫療保險管理首先要制訂醫療保險計畫，有了計畫才能進行其他各項管理活動。計畫是為實現目標而進行的籌劃活動及所制訂的實施步驟與方法，是有預見性的決策。計畫可以彌補不肯定性和變化所帶來的問題，有利於把精力集中於所要實現的目標，同時也有利於對實現目標進行有效的控制和管理。
(2)組織：計畫制定之後，為了使人們能為實現目標而有效地工作，並能夠充分發揮人、財、物各種要素的作用，就必須設計和維持一種職務結構，通過一定的組織機構和具體的組織，指揮活動才能完成。這就是組織管理職能的目的。所以，組織是一個重要的職台巨。
(3)指揮與領導：醫療保險管理是由許多組織和人員共同進行的管理活動。為保證管理活動的協調和統一，就必須有統一的指揮，使之能夠自覺地為實現組織的既定目標而努力。在現代管理過程中，指導與領導始終處於主導地位，因此，它是管理職能中的一個很重要的方面。
(4)協調：管理的協調職能就是為了有效地實現計畫目標，把各項管理活動加以調節，引導各個部門、各個環節和工作人員之間分工協作，互相配合，同步地、和諧地完成任務。協調包括縱向協調，即上下級單位之間的協調；橫向協調，即與其他單位的協調；以及本部門內的協調。
(5)控制：醫療保險管理的控制職能，是指按照計畫標準、計量和評價完成情況，及時糾正執行過程中的偏差，以確保計畫目標的實現。它貫穿於管理的各個方面和全過程。控制的基礎是信息，因此，掌握準確的信息並及時進行反饋，是實現控制的重要環節。
內容
醫療保險的管理是通過一定的管理模式實現的，這主要是指醫療保險行政與服務管理的組織制度，其內容包括各級醫療保險管理機構的主體、職責許可權的劃分及其相互間的關係。
(一)醫療保險行政管理
社會保險的行政管理主要包括以下幾個方面的內容：
(1)醫療保險的立法；
(2)制定醫療保險的具體政策；
(3)研究制定醫療保險長遠發展規劃；
(4)督促檢查醫療保險政策的落實情況；
(5)醫療保險組織機構的設定；
(6)醫療保險人員的配備與培訓；
(7)對醫療保險法令、規章制度實施的監督和檢查；
(8)受理社會保險方面的申訴，進行調解和行政性仲裁。
(二)醫療保險服務管理
醫療保險區別於其他社會保險的一個顯著特點，就是保險經辦機構不能直接向參保人提供保險服務，而必須藉助於醫療機構提供醫療服務。由於雙方存在利益上的衝突，醫療服務機構可能會出現損害醫療保險部門利益的行為。目前，醫療保險在全球範圍內遇到了很嚴重的問題，即醫療資源嚴重匱乏，醫療費用居高不下，國家財政和企業不堪重負，醫療質量不高，影響了患者的需求。之所以出現這些問題，主要原因就是對醫療保險服務的管理不夠。為此，各國紛紛採取措施，加強對醫療服務的管理。通過對醫療服務加強管理，可以有效地控制醫療保險費用支出，遏制醫療資源的浪費。醫療保險服務管理包括以下幾方面的內容。
(1)定點醫療機構的管理。定點醫療機構審查和確定的原則是：方便參保人員就醫並便於管理；兼顧專科與綜合、中醫與西醫，注重發揮社區衛生服務機構的作用；促進醫療衛生資源的最佳化配置，提高醫療衛生資源的利用效率，合理控制醫療服務成本和提高醫療服務質量。勞動保障行政部門要組織衛生、物價等有關部門加強對定點醫療機構服務和管理情況的監督檢查。對違反規定的定點醫療機構，勞動保障行政部門可視不同情況，責令其限期改正，或通報衛生行政部門給予批評，或取消定點資格。
(2)定點零售藥店的管理。定點零售藥店審查和確定的原則是：保證基本醫療保險用藥的品種和質量；引入競爭機制，合理控制藥品服務成本；方便參保人員就醫後購藥和便於管理。願意承擔城鎮職工基本醫療保險定點服務的零售藥店，應向統籌地區勞動保障行政部門提出申請，並提供規定的材料。勞動保障行政部門根據零售藥店的申請及提供的各項材料，對零售藥店的定點資格進行審查。統籌地區社會保險經辦機構在獲定點資格的零售藥店範圍內確定定點零售藥店，統發定點零售藥店標牌，並向社會公布，供參保人員選擇購藥。
(3)基本醫療保險用藥目錄的管理。基本醫療保險用藥範圍通過制定《基本醫療保險藥品目錄》(以下簡稱《藥品目錄》)進行管理。確定《藥品目錄》中藥品品種時考慮臨床治療的基本需要，也要考慮地區問的經濟差異和用藥習慣，中西藥並重。納入《藥品目錄》的藥品，應是臨床必需、安全有效、價格合理、使用方便、市場能夠保證供應的藥品，並具備下列條件之一：《中華人民共和國藥典》(現行版)收載的藥品；符合國家藥品監督管理部門頒發標準的藥品；國家藥品監督管理部門批准正式進口的藥品。
