1940年9月至1951年7月分別在重慶、南京、長沙讀完國小、國中、高中。1951年入伍，先後在青島海軍預科總隊及北京海政教員訓練班擔任學員、安慶海軍第一速成中學教員、上海華東海軍直屬速成國小教員、浙江軍區幹部文化學校教員、浙江平湖軍區訓練團學員。1955年2月復員。1955年11月至1956年9月在武漢鋼鐵公司大冶鐵礦任學員。1956年9月考入北京大學歷史系。1965年8月北京大學歷史系研究生畢業後調入中華書局工作。先後擔任中華書局古代史編輯室助理編輯、編輯、編輯室主任；1986年8月任中華書局副總經理；1991年5月任總經理；1992年11月兼任中華書局黨組書記；1993年2月被評為中華書局編審。1997年10月退休。2011年9月29日12時32分在北京逝世，享年76歲。
鄧經元先生就讀於北京大學歷史系中國古代史專業（五年），後留校讀研究生（四年），師從翦伯贊先生攻讀秦漢史專業，畢業後在中華書局工作的三十多年中，他將自己的專業特長無私地融入到事業中。他曾參與《二十四史》的點校整理工作，責編了《滿族簡史》、《原始社會史》、《雲南史料目錄概說》、《中國西南歷史地理考釋》、《洪業論學集》、《中國史探研》等學術造詣頗深而涉及領域較廣的圖書，點校整理《揅經室集》、《歷代刑法考》等。
