臨危受命
崇禎十七年(1644)的春天，李自成的造反隊伍攻破居庸關，大部隊就要兵臨北京城下，保定城軍民人心惶惶。因為知府何復還沒到任，邵宗元就出面召集官員商討守城的大計。知府何復聽到保定形勢緊迫的訊息以後，日夜兼程趕往保定。別人勸他不要飛蛾投火，可是何復不聽。來到了保定城，邵宗元要把大印交給他，可是何復卻對邵宗元格外倚重，說：“您部署已經很妥當了，大印就仍然佩戴著吧，我一定與你同心協力。”
邵宗元先來到府學，給青年學生們作了一場戰前鼓動宣傳式的講演。他講解《論語》中的《臨危受命》一章，說是“見利”的時候，一定要想到“大義”，要把“義”看得比生命還重要，在危難關頭，要勇於獻身……邵宗元講得慷慨激昂，聽者也受到極大的鼓舞。講演完畢，便和幾名官員帶領2000多名鄉兵走上城牆，分門把守。
堅守城池
沒多久，李自成的造反部隊攻下了北京城，崇禎皇帝已吊死煤山。薄暮時分，攻城的部隊送來了勸降信，邵宗元並不拆看，當即把來信撕得粉碎。第二天黎明，攻城的大部隊到達，前後接連不斷長達300多里。他們把保定城包圍得水泄不通，架起雲梯強行攻城，呼罵叫陣。邵宗元帶兵堅守，造反部隊的攻勢也就減緩了下來。
這時，城下來了個不速之客。督師、大學士李建泰帶領幾百名殘兵和幾輛糧餉車來到了城下。“打開城門啊，我們要進城!”李建泰的士兵在城下高呼，城頭的守兵卻不開城門。“我是朝廷的大臣，帶兵討賊到了這裡，你們怎么敢不開城門讓我進去?”京城陷落，皇帝身亡，李建泰卻還要擺出朝中大官的架子，舉起手中皇帝頒發的大印頻頻招搖。
邵宗元當然不賣他的帳，對他說：“你受天子的厚恩，皇帝在宮門賜給你上方寶劍，親自把酒為你送別，時到今日，你不帶兵征討賊兵，難道還要喊開城門來避難嗎?”守城的官員，有人提出還是為他打開城門，宗元說：“這個大學士，要是冒牌貨特意來詐開城門的，怎么辦呢?”李建泰帶領的人中，有一名監察御史姓金，是保定人，城上有人認識金御史，確定李建泰不是冒牌貨後，才打開城門讓他進入。
李建泰入城以後，造反的隊伍攻城更猛，眼看難以守住。攻城的部隊炮火越來越猛烈，城堞全部倒塌，彈丸飛來如雨點一般，城中人外出，都頂著門板走路；火箭射中城樓，好多人被燒死。李建泰召集官員們開會說道：“大家也都知道京城的變故嗎?”“聽說，不知是真是假。”人們回答說。李建泰拿出了攻城部隊用箭射過來的一封勸降信，信上詳細敘述了京城被攻陷的情景。人們逐一傳閱，邵宗元最後看完信，不禁怒火萬丈，說道：“我們這些做官的，都是受國家大恩的人，死就死，怎么能厚顏無恥的向敵人乞求活命呢?”李建泰對他說：“我想要你的大印來用一下，發出降信，為保定城的百姓尋求一條活路。如果不這樣，城破後百姓都會被屠殺，那又怎么辦呢?”邵宗元淚流滿面說道：“何知府當初不願意掌握大印，我也沒有堅決交還，是因為守城的提議是我做出的，我願意負責到底；事到如今，就是何知府要想掌管大印，我也不會交出了，何況你大學士要把印信拱手送給賊人呢?"李建泰堅持要送出投降信。邵宗元指著李建泰的鼻子罵道：“我邵宗元論功名只不過是江北的一名老貢生，論職務也不過是一個小小的州官，大學士您可是進士及第，受任將相之職，你出師時皇上在正陽門外親自為你餞行，盼望你做三國時的諸葛亮、唐代平定叛亂的裴度，這些你也忘記了嗎?真沒想到你會做這等宵小之事……”李建泰瞠目結舌，無言以對。
捨命報國
大廈將傾，獨木難支。邵宗元忽然把印信扔到李建泰面前，說道：“我為朝廷守衛這一塊土地，活著就絕沒有投降的道理，死後就任憑你去做吧……”說完欲拔出佩刀自刎，而此時他的手臂卻被猛撲過來的幾個人死死抱住。有幾個官員從地上撿起大印、擁著邵宗元離開了，會議不歡而散。
李建泰當夜從城牆上放下去一名親信，同攻城的部隊商談了投降的計畫，第二天，裡應外合，保定城失陷。
邵宗元攜帶大印從城牆上跳下，攻城者搜到他身上的大印後要奪下來，邵宗元死不放棄，直到他被殺害手指仍緊緊地握著大印，攻城者只好截斷他的兩根指頭才取走了大印。
知州何復和其他的官員也不屈而死，監軍金御史抱著監軍的大印投井而死，唯獨出將入相的李建泰帶著他的部下投降了。
後世紀念
數年以後，保定的民眾為邵宗元等不屈而死的官員立了祠堂，一直用祭品供奉他們。在他的家鄉，距邵家寨西半里多路的“邵忠烈墓”，即邵宗元之墓。
碭山縣城東南20公里邵寨村，有一座明代建築古民居。宅主邵普，字幕孔，號東山，後代相傳曾做過一任府官，生平事跡無考，邵宗元為其後裔。
