歷史
1804年，邱氏書室由廣州增城縣舉人邱覺黃倡議，經“廣東十府十州八十縣”的邱姓決議，於1808年由增城縣（今增城區）、陽山縣、乳源縣、平遠縣、博羅縣、河源縣（今河源市）、大埔縣、鎮平縣（今蕉嶺縣）、從化縣（今從化區）、花縣（今花都區）等十二縣丘（邱）氏族人集資創辦。
清光緒十七年（1891），康有為、梁啓超為傳播維新變法思想，租借邱氏書室部分房舍創辦“長興學舍”。由於空間有限，1892年將學舍遷至鄺氏書院（今廣衛路附近）。1893年冬，再遷至廣府學宮仰高祠（今文明路廣州市第一工人文化宮內），並正式更名為“萬木草堂”。
邱氏書室1896年，丘逢甲作為丘氏後人來到邱氏書室，長期在此生活。
1898年，戊戌變法失敗，“萬木草堂”被清政府查封，焚毀藏書300餘箱。租借的邱氏書室也歸還到邱氏族人手中。
1945年秋抗戰勝利後，廣東省政府秘書處職員兼省立黃埔中學文書陽山縣七拱人邱淞成為邱氏書室管理委員會負責人。
1953年邱氏家族將邱氏書室移交給了廣州市政府，之後這裡一度成為東風鎖廠的車間，並陸續住進了44戶居民，變為了大雜院。住戶們在裡面修廁所、打牆壁，嚴重破壞了房屋結構，很多建築部件和文物遭到破壞或遺失。門面及邱氏書室石額和河南堂前的四根石柱是為數不多留存下來的原跡。而“萬木草堂”的另外兩個教學點——鄺氏祠和仰高祠，都已經徹底不在了。
2004年，為展示康梁文化，政府投入1300萬將一直住在這裡的邱氏後人遷走，並將博物館命名為萬木草堂。
丘逢甲、康有為和梁啓超塑像2008年6月14日，在中國第三個文化遺產日來臨之際，邱氏書室（萬木草堂）免費向公眾開放。
2010年初，廣州市越秀區就萬木草堂的委託經營向社會進行公開競標，由文德商會出資成立的廣州萬木草堂文化發展有限公司中標，接管萬木草堂，約期五年，經過布置裝修，於2010年10月底，在萬木草堂120周年之際重新對外開放。
2013年07月21日上午，由雕塑家潘鶴創作的《康有為和梁啓超》和《丘逢甲》兩尊銅鑄塑像在萬木草堂門前揭幕。
2009年起，康梁文化研究基地、北京大學校友活動中心、廣府文化研究中心、萬木書院（ ）、萬木草堂國學教育中心、《萬木開講》國學講壇等先後落戶邱氏書室，並開展了一系列文化活動，使“萬木草堂”逐步成為嶺南文化的新名片。
（ ）
布局
大門額上刻有“邱氏書室”四字邱氏書室屬“姓氏書院”，為三間三進、兩天井、硬山頂的青磚祠堂式建築。碌灰筒瓦，兩邊保留有部分灰塑，青磚牆石腳，磚木結構，面闊三間，深三進，面積約為663平方米。有頭門、中堂、後堂（祖堂）、後樓和兩旁房舍。
邱氏書室頭門面闊三間15.8米，門額上刻有“邱氏書室”四字，進深三間約5米共十二架。中堂面闊三間，進深約三間8.5米共十五架，石檐柱，木金柱，穿斗式梁架。後堂（後堂）面闊三間，進深三間約9米共十八架，前帶兩廊。
大門右側的花壇邊上有一尊高2.3米，重1.5噸的《丘逢甲》銅鑄雕像。
正廳及左側一廂房歸中華丘氏宗親聯誼總會負責布展，陳列有關丘（邱）氏歷史資料。上堂正廳已懸掛著用緬甸進口花梨木製作的“河南堂”鑲金牌匾，兩邊對聯為“謂水源流遠、營丘世澤長”。中間掛姜太公、丘穆公聖像等。崇經堂正中掛著孔子像，兩邊有康有為手跡特展，入門處放置文物。
邱氏書室-議事廳第一進的天井有一尊高2 .8米，重約2噸的《康有為與梁啓超》銅鑄雕像。
第二進的天井有不少的文物古蹟。至2010年10月，有幾件創意家具，蝦籠椅、鳥籠燈等造型奇特。真身舍利子等數十件由收藏家卓文波捐出的“無價寶”也藏身堂內。為保護這批“無價寶”，邱氏書室特意採用了攝像頭監控及紅外線防盜網，同時放置這批寶物的“二進廳”也要求必須由講解員帶領才能進入。
邱氏書室2006年，圍繞萬木草堂文化遺址配套的三個小廣場中，除了萬木草堂正對面的康梁紀念廣場（ ）因尚未拿到建設用地而未動工外，一個在萬木草堂公共設施復建房正北面首層，架空約300平方米的休閒小廣場（ ）和一個在萬木草堂公共設施復建房正西面，將萬木草堂與文德路對面的番山亭連為一體的400平方米的綠化小廣場（（ ））已經修建完畢。位於文德路與中山四路交界處的萬木草堂復建商場也已竣工。
（ 自）
藏品
邱氏書室作為越秀區博物館對外開放，主要陳列康有為、梁啓超、丘逢甲等歷史人物的文物和史料。
邱氏書室藏有大雁塔上請回的用防彈玻璃保護的真身舍利子；號稱萬年古樹，市值數千萬元的長4.8米、寬1.5米的黃花梨木桌；據稱全世界不足20片的唐三藏的貝葉真經兩片；罕見帶頭皮帶氣管恐龍化石；和田玉香薰爐一對；據今1300多年的9層蓮花佛塔（已是國家一級文物）等。
保護
在1998年、2000年廣州市台盟兩度提議下，以“萬木草堂”的名義開始啟動邱氏書室的重修工作。
2004年，為展示康梁文化，廣州市政府投入1300萬元遷出邱氏書室的所有的住戶，對邱氏書室進行全面修繕，並將博物館命名為“萬木草堂”。
2006年，結合中山四路復建工程，又投入230多對舊址建築萬進行修繕，舊址主體建築基本恢復原貌。2007年9月，有關部門清遷了有礙觀瞻的周邊建築，百年草堂得以“重見天日”。
2010年初，廣州萬木草堂文化發展有限公司接管萬木草堂，約期五年，布置裝修邱氏書室。
1983年，列入廣州市重點文物保護單位。
廣東省文物保護單位2012年，列入第七批廣東省文物保護單位。
2019年，列入廣東省第八批全國重點文物保護單位擬推薦名單。
交通
廣州捷運一號線農講所站下，A出口出後，沿中山四路向北京路方向前行，在不到文德路路口的位置可以看到萬木草堂的路牌，從長興里路口拐進去即可。也可以坐公車1、7、10、12、24、36、42、66、219、221、222、264、544、高峰快線27到文德路站下，或者公車22、102、107、108、191、243、517、833等到財廳站下，過馬路斜對面。
意義
康有為講學的地方1891年（清光緒十七年），康有為為了 宣傳其維新變法思想和培養變法人才，租借邱氏書院部分學舍作為講學堂，創辦了“萬木草堂”，聚徒講學，宣傳改良主義思想，成為戊戌變法策源地。同年3月，康有為撰寫了《長興學記》作為萬木草堂學規，以《論語》“志於道，據於德，依於仁，游於藝”為綱，對學生施以德、智、體教育。明確提出中體西用為辦學宗旨，而且採用中西並重的教育內容。對當時的書院教學影響很大。
邱氏書室的族人也曾在歷史上聲名顯赫，如清政府簽訂馬關條約割讓台灣後，曾組織義軍抗日的丘逢甲。台灣建有“逢甲大學”紀念他。丘逢甲也曾支持康梁新學，並與康有為有過交往。但這些故事未得到較好的挖掘。再如，廣東省陽山縣七拱鎮石角塘村丘氏家族在1920至1925年間，先後有丘堪、丘炳權、丘士發（中將，李宗仁女婿）、丘時、丘玉亭、丘習軒、丘有等七人成為民國大總統孫中山的衛士。
