內設機構
市局內設機構13個。級別為正科級。
（1）辦公室
擬訂本系統年度工作計畫、有關工作制度；起草和審核重要文稿；負責機關文電、機要、會務、檔案、督辦、信訪、保密、密碼等工作；承擔稅收宣傳、新聞發布及機關政務公開、政府信息公開工作；承辦網站運行和維護工作；組織稅收科研、學術交流工作；辦理人大代表建議和政協委員提案的有關事項。
（2）政策法規處
組織落實綜合性稅收政策；承擔機關有關規範性檔案合法性審核工作；承辦局外綜合性稅收政策檔案會辦工作；承擔重大稅收案件審理工作；辦理行政複議、賠償案件及行政訴訟案件；組織實施稅收法律法規、部門規章及規範性檔案執行情況的監督檢查，承擔稅收執法質量考核工作；配合財政、審計等部門對稅務部門的監督與審計工作。
（3）貨物和勞務稅處
組織實施增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅的徵收管理工作，擬訂徵收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理等辦法；管理增值稅專用發票；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、諮詢服務、稅收法律救濟工作。
（4）所得稅處
組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金（費）等徵收管理工作，擬訂徵收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理、稅基管理、彙算清繳等辦法；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、諮詢服務、稅收法律救濟工作。
（5）收入核算處
牽頭編制年度稅收計畫、出口退（免）稅計畫，分配下達年度免抵調庫計畫；監督檢查稅款繳、退庫情況；開展稅收收入分析預測、稅收收入能力估算及重點稅源監控、企業稅收資料調查工作；承擔稅收會計核算、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收收入數據的綜合管理套用工作。
（6）納稅服務處
組織、協調和指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性檔案；組織協調、實施納稅輔導、諮詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；指導稅收爭議的調解；承擔12366熱線、網站納稅服務欄目、簡訊系統的運行管理工作。受理、核批並辦結應由辦稅服務廳直接負責的納稅人申請辦理的各類涉稅事項；為納稅人提供稅收業務諮詢和自助式電子申報服務工作；承辦欠稅公告發布工作；負責市區稅收會計、數據統計和票證管理工作；扎口管理市區其他辦稅服務廳的會計核算、“金稅工程”、稅收票證業務。
納稅服務處加掛第五稅務分局牌子，對外加掛辦稅服務廳牌子。
（7）徵收管理處
組織落實綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規範性檔案，擬訂具體操作辦法；組織實施綜合性納稅評估辦法，承辦征管質量考核、風險管理和稅收收入征管因素分析工作；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控器具推廣套用等方面的相關工作；組織落實個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。
（8）財務管理處
組織實施會計核算、會計基礎規範工作，分析考核徵稅成本；組織實施國庫集中支付工作，辦理具體支付事項；承擔本系統基本建設、資產管理、政府採購、著裝管理工作；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗物品採購審計和領導幹部經濟責任審計工作。
（9）人事處
組織落實幹部人事管理制度；承擔機構編制、幹部任免、人員調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；承擔下一級領導班子及領導幹部和後備幹部的管理、考核及監督工作；監督檢查本系統執行幹部人事規章制度情況；擬訂年度巡視工作計畫，組織開展巡視工作；管理機關和系統外事工作。
（10）教育處
組織實施本系統思想政治工作、精神文明建設、稅務文化建設和基層建設；擬訂並組織實施人員培訓、學歷教育工作規劃、年度計畫，開展培訓質量考核與評估；指導系統黨建工作。
（11）監察室
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；監督檢查下一級領導班子及其成員貫徹民主集中制、選拔任用幹部、貫徹黨風廉政責任制和廉政勤政的情況；組織協調本系統的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本系統工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處本系統工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作。
（12）大企業和國際稅務管理處
負責大企業稅收風險監控預警、稅源調查分析、重要複雜事項的管理；對重點監管大企業納稅申報調查核實、綜合納稅評估、審計、日常檢查等，開展大企業個性化服務、幫助大企業建立稅收風險控制機制；建立與大企業直接溝渠道，協調回應企業相應訴求。
承擔有關稅收法律法規和國家（地區）間稅收協定、協定（安排）的執行工作；組織、實施、檢查跨國稅源管理；組織實施特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題；組織落實非居民企業所得稅政策和征管制度，處理國家（地區）間的有關稅務事項；組織實施“走出去”企業的服務管理。
大企業和國際稅務管理處加掛第六稅務分局牌子。
（13）進出口稅收管理處
組織實施進出口貿易稅收管理工作，擬訂稅收管理具體實施辦法；承擔出口貨物退免稅的審核審批、年終清算工作；組織進出口稅收政策執行情況的日常監督檢查；配合有關部門開展反騙稅工作。
進出口稅收管理處加掛第七稅務分局牌子。
機關黨委辦公室 負責機關和直屬單位的黨群工作；承擔機關思想政治工作和精神文明建設；承擔入黨積極分子的教育培訓考察工作及發展黨員工作；承擔機關工會、共青團、婦委會工作。
機關黨委辦公室與教育處合署辦公，兩塊牌子，一套班子。
離退休幹部處 承擔機關離退休幹部的服務和管理工作，指導本系統離退休幹部工作。
直屬機構
市局直屬機構2個，稽查局級別為副處級，車輛購置稅徵收管理分局級別為正科級。
（1）稽查局
組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性檔案，擬訂具體實施辦法；組織、協調稅收違法案件的查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；承擔金稅工程發票協查工作；牽頭組織稅收專項檢查工作。
稽查局內設機構8個（副科級），分別是：綜合科、綜合選案科、檢查一科、檢查二科、檢查三科、案件審理科、案件執行科、舉報中心。
（2）車輛購置稅徵收管理分局
組織落實車輛購置稅徵收管理規章制度及規範性檔案；承擔車輛購置稅的稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務等工作；承擔車輛稅收一體化管理工作；對核定各類車輛最低計稅價格提出建議；管理車輛購置稅票證。
3．江蘇省連雲港經濟技術開發區國家稅務局
經國務院批准成立的經濟技術開發區，設定江蘇省連雲港經濟技術開發區國家稅務局（簡稱開發區局）。開發區局的級別與開發區管委會（工委）職能部門的級別相一致。為副處級。
開發區局內設機構9個（副科級），分別是：辦公室、綜合業務科、稅源管理一科、稅源管理二科、稅源管理三科、稅源管理四科、稅源管理五科、人事教育監察科、辦稅服務廳。
4．派出機構
稅務分局級別為正科級。
稅務分局主要職責是稅款徵收、稅源管理。
5．事業單位
市局事業單位3個，級別為正科級。
（1）信息中心
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，執行信息系統管理制度和技術標準；承擔本系統信息化建設的技術支持、保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行維護工作；組織本系統信息安全管理與實施。
（2）機關服務中心
承擔機關後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂機關事務具體工作制度並組織實施；承擔機關辦公用品的採購、保管、分配、維修；參與機關後勤體制改革工作；指導本系統後勤服務工作。
（3）票證中心
承擔稅收票證、增值稅專用發票、普通發票的管理工作。
人員編制
1．市局機關行政編制為80名。其中：局長1名，副局長3名，紀檢組長、總經濟師各1名。科級領導職數41名（其中：正科級領導職數14名，副科級領導職數27名），科級非領導職數23名。
2．市局稽查局徵收編制為51名。稽查局局長1名（副處級），科級領導職數11名（其中：正科級領導職數3名，副科級領導職數8名），科級非領導職數6名。
3．市局車輛購置稅徵收管理分局徵收編制為15名，科級領導職數3名（其中：正科級領導職數1名，副科級領導職數2名）。科級非領導職數2名。
4．市局開發區局、稅務分局徵收編制為282名。開發區局局長1名（副處級），科級領導職數24名（其中：正科級領導職數6名，副科級領導職數18名），科級非領導職數14名。
5．市局機關事業編制為30名，科級領導職數9名（其中:正科級領導職數3名，副科級領導職數6名）。
單位榮譽
2017年11月，獲評為第五屆全國文明單位。
