農村土地承包經營權入股，是指在確保農村土地集體所有權性質不變的前提下，農戶以家庭土地承包經營權為股份投資入股到公司里，以公司化的方式對土地經營實行規模化運作，從而最大限度地發揮土地的增值效益。一般做法是：對農民土地承包經營權作價入股，以股份方式投入到公司中，農民根據自己的選擇，既可成為公司員工，繼續參與土地經營，也可選擇外出打工，不參與土地經營。入股農民(股東)可以憑藉擁有的公司股份，按股分紅；公司則將土地承包經營權作為其法人財產，投資經營，獲取利潤，從而實現資本增值。家庭承包土地承包經營權出資入股公司法律障礙，具體表現在：
(1)家庭承包的土地承包經營權出資入股公司與《農村土地承包法》的法律規範實質內容相衝突。《農村土地承包法》第42條規定：“承包方之間為發展農業經濟，可以自願聯合將土地承包經營權入股，從事農業合作生產。”《農村土地承包經營權流轉管理辦法》第16條規定：家庭承包的“承包方依法採取轉包、出租、入股方式將農村土地承包經營權部分或者全部流轉的，承包方與發包方的承包關係不變，雙方享有的權利和承擔的義務不變。”該法第19條規定：“承包方之間可以自願將承包土地入股發展農業合作生產，但股份合作解散時入股土地應當退回原承包農戶。”可見，家庭承包的土地承包經營權入股，其“承包方與發包方的承包關係不變”和“股份合作解散時入股土地應當退回原承包農戶”。顯然，入股方仍然保留物權性質的土地承包經營權，不發生物權的土地承包經營權移轉(即不發生財產權轉移)，不屬“物權性的土地承包經營權流轉”，否則，若屬“物權性的土地承包經營權流轉”，入股后土地無法退回原承包農戶。而《關於以農村土地承包經營權入股設立公司工商登記的有關問題的通知》“二、農村土地承包經營權入股設立公司辦理註冊登記應當把握的主要問題”之“(五)財產權過戶”規定：“以農村土地承包經營權入股設立公司，應當在登記前完善財產權轉移手續，提交區縣土地承包管理部門出具的已辦理農村土地承包經營權權屬轉移登記的書面證明。”可見，家庭承包土地承包經營權出資入股公司，發生財產權轉移(即發生物權性質的土地承包經營權移轉)。因此，家庭承包的土地承包經營權出資入股公司發生財產權轉移與《農村土地承包法》的法律規範家庭承包的土地承包經營權入股其“承包方與發包方的承包關係不變”和“股份合作解散時入股土地應當退回原承包農戶”(即不發生財產權轉移)實質內容相衝突。
(2)家庭承包的土地承包經營權入股的保底約定與現行法律的公司利潤分配規定相衝突。在土地承包經營權入股的實踐中，為了確保土地保障功能不因入股而受到影響，多數公司在與農戶簽訂投資入股協定時約定了特別保底條款，即在土地承包經營權入股以後，家庭承包的土地承包經營權入股的股東可以拿到固定的分紅，該固定股利與公司經營業績無關。家庭承包的土地承包經營權入股的保底約定存在的法律問題有：①違反公司利潤分配應遵循“無盈不分”的基本原則，即有公司法》第167條對公司利潤分配作出規定，公司利潤必須是在彌補虧損、上交稅收和提取法定公積金、任意公積金以後的剩餘部分，經股東會、股東大會或董事會作出決議後方可分配。從性質上看，《公司法》第167條屬於公司法的強制性規定，股東會、股東大會及董事會所作出的決議不得違反該條規定，否則依據該決議所進行的分配無效，股東必須將違反本規定分配的利潤退還給公司。即便投資入股時有特別約定，該約定也因違反這一規定而無效。②違反公司法“同股同利”的法律公平正義原則。土地承包經營權入股後，“保底分紅”(其性質應是土地租金而非股利)造成因出資形式不同其股東之間權利義務不對等，違背了法律的公平正義原則。
(3)股東的土地承包經營權剩餘期限不一致問題。《關於以農村土地承包經營權入股設立公司工商登記的有關問題的通知》規定：“公司營業期限不超過入股農民第二輪農村土地承包的剩餘期限。”“公司營業期限由章程規定，但最長不得超過第二輪農村土地承包的剩餘期限。”“當地農村土地承包的到期日由土地承包管理部門出具證明。各股東用於出資的農村土地承包經營權期限不一致的，以最短期限為準。”其存在的問題有：①股東土地承包經營權剩餘期限超過公司營業期限的，家庭承包的土地承包經營權出資入股公司，發生財產權轉移(即發生物權性質的土地承包經營權移轉)。②股東土地承包經營權剩餘期限短於公司營業期限的，必將失去土地承包經營權入股的機會。
(4)家庭承包的土地承包經營權入股權屬轉移登記與現行法律規定相衝突。《農村土地承包經營權證管理辦法》第4條第3款規定：“縣級以上地方人民政府農業行政主管部門負責農村土地承包經營權證的備案、登記、發放等具體工作。”第14條第1款規定：“承包期內，承包方採取轉包、出租、入股方式流轉土地承包經營權的，不須辦理農村土地承包經營權證變更。”《關於以農村土地承包經營權入股設立公司工商登記的有關問題的通知》“二、農村土地承包經營權入股設立公司辦理註冊登記應當把握的主要問題”之“(五)財產權過戶”規定：“以農村土地承包經營權入股設立公司，應當在登記前完善財產權轉移手續，提交區縣土地承包管理部門出具的已辦理農村土地承包經營權權屬轉移登記的書面證明。”其存在的問題有：①農村土地承包經營權入股權屬轉移登記與《農村土地承包經營權證管理辦法》規定“入股方式流轉土地承包經營權的，不須辦理農村土地承包經營權證變更”不一致。②農村土地承包經營權入股權屬轉移登記性質不明，屬登記要件(生效)主義，或屬登記對抗主義。
(5)公司轉讓土地承包經營權存在法律問題。家庭承包的土地承包經營權入股設立公司後，公司移轉繼受取得物權性質土地承包經營權，土地承包經營權屬於公司財產，公司財產具有可轉讓性，即指用於出資的非貨幣財產(如土地承包經營權)應當可以依法在不同的法律主體之間自由進行財產或者財產性權利的轉移。公司轉讓土地承包經營權存在如下法律問題：①自由轉讓土地承包經營權與《農村土地承包法》第37條規定“採取轉讓方式流轉的，應當經發包方同意”不吻合。②土地承包經營權在不同的法律主體之間轉讓與《農村土地承包法》第41條規定“土地承包經營權轉讓給其他從事農業生產經營的農戶”也不一致。③《關於以農村土地承包經營權入股設立公司工商登記的有關問題的通知》沒有規定公司可否轉讓土地承包經營權。④公司轉讓土地承包經營權與股東“置換其出資”相衝突。
(6)家庭承包的土地承包經營權入股的股東股權轉讓存在法律問題。《關於以農村土地承包經營權入股設立公司工商登記的有關問題的通知》規定：“以農村土地承包經營權入股的股東在全額置換其出資之前，不得向農民以外的單位或者個入轉讓其股權。有特殊原因確需向農民以外的入轉讓股權的，受讓入應當以貨幣、實物等符合法律法規規定的出資形式置換轉讓入出資的農村土地承包經營權；公司應同步申請辦理股東、出資形式等事項的變更登記。登記時，公司應當提交變更出資形式的《驗資證明》。”家庭承包的土地承包經營權入股的股東股權轉讓，存在如下法律問題：①家庭承包的土地承包經營權入股的股東股權轉讓限度過多。就股權轉讓制度而言，根據公司法的一般原理，股東財產一旦投入公司里就成為公司的法人財產。《公司法》第36條規定：“公司成立後，股東不得抽逃出資。”即股東無法通過收回出資形式退出公司，只能通過轉讓股份方可退出公司。“以農村土地承包經營權入股的股東在全額置換其出資之前，不得向農民以外的單位或者個人轉讓其股權。”可見，該股東股權轉讓限度過多，與《公司法》規定股東股權原則上自由轉讓不吻合。②家庭承包的土地承包經營權入股的股東“置換其出資”的規定表明公司不歡迎家庭承包土地承包經營權入股。③股東“置換其出資”造成公司土地承包經營權不穩定，不利於以公司化的方式對土地經營實行規模化運作。
(7)家庭承包的土地承包經營權入股的股東股權轉讓存在兩種優先權相衝突問題。家庭承包的土地承包經營權入股的股東股權轉讓實際上是“土地承包經營權轉讓”。《公司法》第三章“有限責任公司的股權轉讓”第72條規定：“有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。”“股東向股東以外的入轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東徵求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答覆的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權；不購買的，視為同意轉讓。經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。兩個以上股東主張行使優先購買權的，協商確定各自的購買比例；協商不成的，按照轉讓時各自的出資比例行使優先購買權。公司章程對股權轉讓另有規定的，從其規定。”《農村土地承包經營權流轉管理辦法》第9條規定：“農村土地承包經營權流轉的受讓方可以是承包農戶，也可以是其他按有關法律及有關規定允許從事農業生產經營的組織和個人。在同等條件下，本集體經濟組織成員享有優先權。”其存在的法律問題有：①有限責任公司的股東之間自由轉讓股權與“本集體經濟組織成員享有優先權”相衝突。因為有限責任公司的全體股東不一定都是“本集體經濟組織成員”。②在同等條件下，“其他股東有優先購買權”與“本集體經濟組織成員享有優先權”相衝突。同樣，有限責任公司的其他股東不一定都是“本集體經濟組織成員”。③雖然“公司章程對股權轉讓另有規定的，從其規定”，可以解決這種衝突，但是，有限責任公司具有人合的性質，若將公司股權優先轉讓給予公司其他股東(無關係的集體經濟組織其他成員)，顯然違背了公司的人合性，更重要的是，此種轉讓不利於公司的發展。因此，在入股的土地承包經營權流轉中，優先適用《公司法》抑或《農村土地承包經營權流轉管理辦法》，成為疑問。
(8)家庭承包的土地承包經營權入股後公司破產的清算問題。根據《企業破產法》第30條“破產申請受理時屬於債務人的全部財產，以及破產申請受理後至破產程式終結前債務人取得的財產，為債務人財產”的規定，家庭承包的土地承包經營權入股出資的土地承包經營權作為公司財產的組成部分，應當納入破產財產，用於清償公司債務。就公司清算制度而言，依據《公司法》第184條規定，公司解散、破產時都必須進行清算，土地承包經營權作為公司資產用來償還公司債務成了問題。同時，《農村土地承包法》第9條規定：“國家保護集體土地所有者的合法權益，保護承包方的土地承包經營權，任何組織和個人不得侵犯。”《最高人民法院關於審理涉及農村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋》第15條規定：“承包方以其土地承包經營權進行抵押或者抵償債務的，應當認定無效。對因此造成的損失，當事人有過錯的，應當承擔相應的民事責任。”其存在法律問題：(1)土地承包經營權不能抵償債務與公司破產清算制度不吻合。(2)如果不允許土地承包經營權償還公司債務，則與公司法人財產的規定發生衝突。(3)允許土地承包經營權償還公司債務與股東“置換其出資”相衝突。因為，用於償還公司債務的土地承包經營權，股東無法“置換其出資”。
