第一部分：農村土地承包經營權入股設立公司的基本要求
本部分共八條，系根據《中華人民共和國農村土地承包法》的有關規定和國貫徹落實市第三次黨代會精神服務重慶城鄉統籌發展的實施意見》，就重慶實施城鄉統籌改革出台了50條具體措施，並從即日起實施。其中，該實施意見第16條規定：“支持探索農村土地流轉新模式。在農村土地承包期限內和不改變土地用途的前提下，允許以農村土地承包經營權出資入股設立農民專業合作社；經區縣人民政府批准，在條件成熟的地區開展農村土地承包經營權出資入股設立有限責任公司和獨資、合夥等企業的試點工作。”這樣一部工商局的規範性檔案就農村土地流轉中的入股流轉形式予以了肯定，特別是針對前述《重慶市實施(中華人民共和國農村土地承包法)辦法》第37條作了進一步的解釋和說明。但它終歸只是基層國家行政機關本著“先試先行“的改革思想，在不違背國家法律法規前提下進行的大膽探索，只是工商局結合自身工商部門的職能為服務重慶城鄉統籌發展提出的具體意見。重慶市工商局2007年7月2日出台了《關於以農村土地承包經營權入股設立公司工商登記的有關問題的通知》(渝工商辦發[2007]86號)，明確了土地承包經營權入股的具體操作程式和土地承包經營權入股公司的約束條件，並著重強調了工商登記規範和紀律。該通知的總體框架、具體規定如下：
根據《中華人民共和國農村土地承包法》的有關規定和國家基本耕地政策，結合區縣探索的實踐經驗及保障入股農民權益、防範市場風險、最佳化集約經營模式、實現土地創收的現實需求，對農村土地承包經營權入股設立公司所做出的八項基本要求。
農村土地承包經營權入股設立公司一般應達到以下基本要求：一是農民自願；二是不改變土地用途；三是公司營業期限不超過入股農民第二輪農村土地承包的剩餘期限；四是選擇的產業項目前景良好；五是有龍頭企業參與；六是有能人帶頭領辦；七是區縣政府支持；八是用作出資的農村土地承包經營權應經具備資格的機構進行資產評估。
第二部分：工商登記應把握的主要問題
本部分共十二條，繫結合《中華人民共和國公司法》、《公司登記管理條例》的有關規定和《中華人民共和國物權法》的有關精神。立足工商部門市場主體準入登記職能，對第一部分中八項基本要求所作出的審核標準及實施細則。
(一)公司形式
以農村土地承包經營權入股目前僅限於設立有限責任公司(不包括一人有限責任公司)。
(二)經營範圍
1公司的經營範圍限於與農業生產經營相關的項目，包括農、林、牧、漁業和農、林、牧、漁服務業，可以兼營與農業產業化相關的農產品加工和銷售、農機具銷售和維修、農業技術開發和技術轉讓、廣告經營等業務，也可以因地制宜從事農業觀光旅遊、果蔬採摘等適宜發展當地農村經濟的其他經營活動。
2.同時公司分支機構的經營範圍不得超過公司的經營範圍。關於經營範圍的規定旨在明確公司經營以農為主，控制土地用途，對八項基本要求中第二、四項進行登記把關。對違反國家土地法律法規、擅自改變土地用途的不允許作任何變通和突破。
(三)公司股東
經登記機關登記的公司股東不得超過50人。
1.實際出資的農民超過50人的，根據農民自願，可以書面委託本村村民委員會代行股東共益權(包括但不限於股東會參加權、股東會召集請求權、投票表決權、董事或監事的提名權、選舉權和被選舉權、代表訴訟權等)，《委託持股協定》或《委託書》應當載明上述權利義務問題，登記機關應對有關協定或委託書的簽訂(制定}進行指導，但在登記時，有關協定或委託書不作為登記申請材料收取。
2.實際出資的農民超過50人的。根據股東自願，可以按照《中華人民共和國信託法》的規定，實行信託持股，受託人可以是信託投資機構，也可以是本公司其他自然人股東。採取信託持股方式的，在申請登記時應當提交《信託持股契約》，登記機關將受託人登記為公司股東。
(四)註冊資本
1.以農村土地承包經營權或者其他非貨幣財產出資的，應由會計師事務所進行資產評估，並根據資產評估結果進行驗資，《資產評估報告》中的“評估目的”應當明確為股權投資，全體股東應當對評估結果予以確認。
2.申請登記時，申請人應當提交《資產評估報告》、《驗資證明》和全體股東簽署的《評估確認書》。截至登記申請日，《資產評估報告》的“評估基準日”不得超過1年，《驗資證明》的“驗資基準日”不得超過90日。
3.以農村土地承包經營權或房屋、汽車等其他需要辦理財產權過戶的非貨幣形式出資的。應當選擇註冊資本分期到位的方式申請公司登記。
4.登記機關在核定公司註冊資本時，應當在公司營業執照的註冊資本和實收資本欄目加注“農村土地承包經營權作價出資xx萬元”。
5.股東以所分配的利潤或者其他貨幣、實物、智慧財產權、土地使用權置換其已出資的農村土地承包經營權的，登記機關應予支持，並指導其辦理出資形式變更登記。
(五)財產權過戶
1.以農村土地承包經營權入股設立公司，應當在登記前完善財產權轉移手續，提交區縣土地承包管理部門出具的已辦理農村土地承包經營權權屬轉移登記的書面證明。
2.以其他非貨幣形式出資的，其財產權轉移手續仍按照有關規定執行。
(六)組織機構
公司應當設立董事會、監事會，按照《公司法》和公司章程規定聘任經理、財務負責人，健全公司治理結構。公司監事會由3人以上組成。監事會中的農民或者農民代表不得低於三分之二。
(七)營業期限
公司營業期限由章程規定，但最長不得超過第二輪農村土地承包的剩餘期限。當地農村土地承包的到期日由土地承包管理部門出具證明。各股東用於出資的農村土地承包經營權期限不一致的，以最短期限為準。
(八)公司章程
1.法定代表人不是由農民或者農民代表擔任的，除應當由董事會選舉外，還應當經代表三分之二以上表決權的農民股東同意。
2.公司修改章程、增加或者減少註冊資本、合併、分立、解散，除應當按《公司法》第四十四條第二款規定的股東比例表決通過外，還應當經代表三分之二以上表決權的農民股東同意。
3.公司加入農民專業合作社、為他人提供擔保或者單項投資(不包括股權投資)達到公司資產一定比例(具體比例由章程約定)的，應當經代表三分之二以上表決權的農民股東同意。
4.對公司股權轉讓作出約定。
(九)股權轉讓
以農村土地承包經營權入股的股東在全額置換其出資之前，不得向農民以外的單位或者個人轉讓其股權。有特殊原因確需向農民以外的人轉讓股權的，受讓人應當以貨幣、實物等符合法律法規規定的出資形式置換轉讓人出資的農村土地承包經營權；公司應同步申請辦理股東、出資形式等事項的變更登記。登記時，公司應當提交變更出資形式的《驗資證明》。
(十)對外投資
以農村土地承包經營權入股設立的公司，在全額置換其出資之前，不得作為股東或合伙人再投資設立其他企業法人、合夥企業，但可以設立非法人分支機構或作為成員加入農民專業合作社。
(十一)設立審批
公司應當經所在地區縣人民政府批准後方可申請設立登記。
(十二)登記審查
要求登記機關及其工作人員在審查登記申請材料時切實盡到審慎和注意義務。一是登記機關對申請人提交的公司登記申請材料一般實行書面審查，並按有關法律、行政法規和規章規定的程式和時限作出是否受理或者是否準予登記的決定。二是在審查和受理階段，登記機關收到有關的舉報、反映或者發現申請人有提交虛假證明檔案、虛報註冊資本等違法行為的，應當根據法定的條件和程式，指派兩名以上工作人員對申請材料的實質內容進行核實，並根據核查結果作出是否準予登記的決定。核查工作應當在15日內完成，核查人員應當製作《申請材料核實情祝報告書》。三是舉報或者反映的內容涉及強制農民入股等超出登記機關職能許可權的情況的，登記機關應當進行初步的調查了解，並及時將調查情況報告給當地區縣黨委、政府，待黨委、政府查明情況並提出明確意見後，再作出是否準予登記的決定。
關於登記審查的規定旨在嚴格審查程式，力保公司合法設立。對八項基本要求中第一項進行登記把關。
第三部分:登記規範和紀律
本部分共四條，對土地承包經營權入股設立公司登記工作中的操作規範和注意事項進行著重強調，旨在規範登記行為、明確操作程式、統一試點步調、加強溝通協調，在全市範圍內推動試點工作健康有序地進行。
(一)把好登記準入關
做好相關企業的註冊登記工作，不得隨意搞“變通”和“突破”，更不得採取“先上車後補票”的方式辦理登記。
(二)做好註冊登記指導和宣傳解釋工作
引導申請人自願遵守有關規定。對申請人不願遵守有關規定或不能達到有關條件的，可不予受理或者駁回登記。
(三)加強調查研究
及時發現、研究、總結在試點中遇到的新情況和新問題。
(四)建立情況報告制度
對於在註冊登記實踐中遇到的具體情況和問題，不能獨立解決的，及時向當地區縣黨委、政府和市局請示匯報。對手續完善的公司登記發照後，在5日內將有關登記情況分別向區縣黨委、政府和市局報告。
