赫克爾的原腸蟲學說認為多細胞動物最早的祖先是由類似團藻的球形群體，一面內陷形成多細胞動物的祖先。這樣的祖先，因為和原腸蟲很相似，有兩胚層和原口，所以赫克爾稱之為原腸蟲（gastraea）。
關於多細胞動物起源的學說認為多細胞動物起源於單細胞動物，至於是哪一類單細胞發展成多細胞動物以及多細胞動物起源的方式如何，有不同的學說。
（一）群體學說（colonial theory）認為後生動物來源於群體鞭毛蟲，這是後生動物起源的經典學說。有一些日益增多的證據，因而是當代動物學中最廣泛接受的學說。這一學說是由赫克爾（Haeckel,1874）首次提出，後來由梅契尼柯夫（1887）修正，海曼（Hyman,1940）由給以復興。其中包括：
1、赫克爾的原腸蟲學說
2、梅契尼柯夫的吞噬中學說（實球蟲或無腔胚蟲學說）
（二）合胞體學說（syncytial theory）這一學說主要是Hadzi(1953) 和Hanson(1977) 提出的，認為多細胞動物來源於多核纖毛蟲的原始類群。後生動物的祖先開始時由合胞體結構，即多核的細胞，後來每個核獲得一部分細胞質和細胞膜形成了多細胞結構。由於有些纖毛蟲傾向於兩側對稱，所以合胞體學說主張後生動物的祖先是兩側對稱的，並由其發展為無腸類扁蟲，認為無腸類扁蟲是現在生存的最原始的後生動物。對該學說，持反對意見者較多，因為任何動物類群的胚胎髮育都未出現過多核體分化成多細胞的現象。實際上無腸類合胞體是在典型的胚胎細胞分裂之後出現的次生現象，最主要的反對意見是不同意將無腸類扁蟲視為最原始的後生動物。體型的進化是從輻射對稱到兩側對稱，如果認為無腸類扁蟲兩側對稱是原始的，那么腔腸動物的輻射對稱倒成為次生的，這顯然與已經揭明的進化過程是相違背的。
（三）共生學說（symbiosis theory）認為不同種的原生生物共生在一起，發展成為多細胞動物。這一學說存在一系列的遺傳學問題，因為不同遺傳基礎的單細胞如何聚在一起形成能繁殖的多細胞動物，這在遺傳學上是難以解釋的。
