在本科階段,根據南京農業大學教學安排,中國科學院南京土壤研究所選派優秀科研人員通過開設學術前沿講座、暑期短期講座,開辦“暑期學校”的形式參與學生培養工作;選派優秀研究生代表與本科生定期開展學術交流討論,培養本科生的學習興趣和科研志向;設立創新訓練課題並在南京農業大學設立“菁英計畫”獎學金,用於鼓勵學業成績優異的“資源環境科學菁英班”學生。“資源環境科學菁英班”學生的本科畢業條件及學士學位授予資格按南京農業大學的相應規定進行審核,同時可獲得由南京農業大學和中國科學院南京土壤研究所聯合頒發的學習證明。
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