關於MCMC方法最重要的軟體包是BUGS(Bayesian inference using gibbs sampling)和WinBUGS。這個軟體最初是由位於英國劍橋的生物統計學研究所(Biostatistics the Medical Research Council, Cambridge, United Kingdom)研製的,現在由這個研究所和位於倫敦的皇家學院醫學分院(the Imperial College School of Medicine)共同開發。
BUGS的運行以MCMC方法為基礎,它將所有未知參數都看做隨機變數,然後對此種類型的機率模型進行求解。它所使用的程式語言非常容易理解,允許使用者直接對研究的機率模型作出說明。軟體中的MCMC分析部分採用Fortran語言編寫,相關的程式語言設計非常有效。BUGS主要的目的是解決對完全機率模型的MCMC分析,BUGS軟體包適用於計算機的各種操作平台。WinBUGS是在BUGS基礎上開發面向對象互動式的Windows軟體版本,它可以在Windows 作業系統中使用,此外,WinBUGS還提供了圖形界面,允許通過滑鼠的點擊直接建立研究模型。
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