歷史沿革
始建於唐初，相傳曾有唐“尉遲敬德督建”石碑。唐貞元至太和年間（785—840），續有擴建，殿宇雄偉，有大佛殿、戲台等20多進，長約一公里，俗傳“跑馬關山門”。唐高僧惟儼於德宗貞元年間從衡山移居藥山寺，一時禪風大振。周圍百公里的官吏均到此參拜，並賦詩留墨，惜多失散。惟儼禪師圓寂後，葬於藥山，墓塔名化城，唐伸撰碑銘。碑、塔年久湮滅，明崇禎十三年重修，墓碑尚存。後藥山寺損後修，修後又損，終於文革期間徹底衰敗。
1983年以來，日本佛教界權威人士曾四次組成尋根參拜團到藥山寺參拜。
90年代初，藥山寺開始重修，留下兩進小院，現也殘破不堪。藥山寺遺址僅剩宋碑一塊，另有古樟，古羅漢松多株。現闢為湖南省重點佛教活動場所，並且列入國家重點寺廟。
2013年12月18日，民宗局聘請明影法師為藥山寺主持，現明影法師正著手主持藥山寺恢復重建工作。寺院各種建制基本規範，晨鐘暮鼓，禪修活動正常開展。
開山祖師
藥山寺藥山寺開山祖師是惟儼禪師。惟儼（745～828），又名藥山惟儼。俗姓韓，唐絳州（在今山西侯馬市東北）人。禪宗南宗青原系僧人。藥山惟儼禪師是曹洞宗始祖之一，是聯繫馬祖道一神系和石頭希遷 禪系的重要禪師；在禪宗歷史上有著舉足輕重的地位。
17歲時，依潮陽西山慧照禪師出家，後從衡山希遷禪師（世稱石頭和尚，著有《參同契》，《草庵歌》）受法。唐貞元初（785—805），於澧州藥山（今津市市棠華鄉境內）創藥山寺，宗風大振。惟儼博通經倫，時譽甚高。嘗嘆“大丈夫當離法自淨，誰能屑屑事行於布巾耶！”郎州刺史李翱幾次請其講“道”，惟儼不赴約，李只得前來聆聽。相國崔群、常侍溫造皆從其“道”。惟儼不贊同持戒，不許門人看經，獨具“純任自然”。在衡山時，希遷禪師曾作偈語稱讚惟儼行事崇尚“離法自淨，不事細行”。惟儼悟禪通慧，民間傳其月夜長嘯，聲震澧陽90里。藥山長嘯峰故此得名。
唐大和八年（834年）農曆11月6日惟儼圓寂，終年79歲，葬藥山。唐文宗賜謚弘道大師，塔曰化成。唐伸為其撰碑銘。惟儼屬禪宗南宗青原行思一系，經雲岩曇晟再傳至洞山良價。良價弟子曹山本寂繼承師法，大振洞門禪風，著《寒山子詩集》。曹洞宗教以“正、偏、兼”三概念，配君臣之位，分析佛教真如與其派生之世界萬有關係。禪風以“回、互、細、密”著稱。南宋時傳入日本。公元1983～1984年，日本佛教尋根參拜團2次到津市藥山寺尋根，參拜惟儼禪師墓。 在《祖堂集》卷四、《景德傳燈錄》卷十四的<藥山惟儼傳>中記載了惟儼的禪法語錄。惟儼繼承希遷的禪法，認為修行貴在自然，不必執意讀經和修禪觀想。一日閒坐，有僧問他："兀兀地思量什麼？"他回答："思量個不思量底。"問："不思量底如何思量？"答："非思量。"惟儼不要求弟子看佛經，但自己常常看經，《惟儼大師碑》說他常看的經有《法華經》、《華嚴經》、《涅槃經》。有一天他在看佛經，弟子問："和尚尋常不許人看經，為什麼卻自看？"他回答："我只圖遮眼。"弟子問是否可以學他也看經？惟儼則說："若是汝，牛皮也須看透。"（《景德傳燈錄》卷四）（注9）意思是怕弟子無有休止地讀下去而忘記識心見性的本旨。惟儼門下的道吾（圓智）、雲岩（曇晟）是親兄弟。一日，惟儼寫一"佛"字問道吾是何字，道吾說："是佛字。"惟儼則訓斥說："咄，這多口阿師！"（《祖堂集》卷四）示意"佛"字是不能用言語表述的。 在中國哲學思想史上，李翱與惟儼的交往被傳為佳話。李翱（772－841），字習之，貞元十四年（798）進士，官至山南東道節度使，是韓愈、柳宗元倡導的古文運動的積極參加者。他與惟儼相見是在元和十五年（820）出任朗州刺使、湖南觀察使的時候。朗州與澧州毗鄰，治所在今湖南常德市。大概藥山連亘這兩州，所以《宋高僧傳》等史書記載惟儼在"朗州藥山"。《宋高僧傳》<惟儼傳>記載，李翱到藥山初訪惟儼時，惟儼"執經卷不顧"，侍者提醒他"太守在此"。李翱等不及他回應便高聲喊道："見面不似聞名。"於是惟儼直呼李翱名，李翱答應。此後二人相見。從韓愈開始，儒家學者重視探索"道"、"道統"的問題。李翱曾師事韓愈，自然也關心這個問題。他見到惟儼辟頭就問："何謂道耶？"是想探詢佛教對"道"的見解。惟儼運用禪宗接引學人慣用的隱喻方法，用手指天，指淨瓶說："雲在青天水在瓶。"大意是道不可正面表述，但它真實自然，就像雲在青天，水在瓶一樣。據載，李翱當即"警悟"，如同"暗室已明，疑冰頓泮"，立即作偈二首，其一曰："煉得身形似鶴形，千株松下兩函經。我來相問無餘說，雲在青天水在瓶。"此後在太和九年（835）檢校戶部尚書、襄州刺使，充山南東道節度使的時候，又會見在唐州（治所在今河南泌陽）紫玉山傳法的馬祖系的"紫玉禪翁"（據《宋高僧傳》卷十<道通傳>，當為道通的弟子金藏），向他問法。此外，據《景德傳燈錄》》卷七記載，李翱還曾向馬祖的弟子智藏、大義問法。
現任住持
藥山寺明影法師，祖籍河北，1967年生，1989年畢業於北京大學地質系，1990年開始研讀佛經，2001年在河北省趙縣柏林禪寺淨慧上人座下披剃出家，得傳曹洞宗、臨濟宗兩宗法脈。歷任河北柏林禪寺監院，河北真際禪林監院，河北佛學院副院長。現任河北省佛教協會副會長、河北佛學院副院長。2013年12月，應津市市宗教局禮請，任藥山寺住持。在明影法師的主持下，藥山寺於2014年恢復了寺院建設、禪修、誦經、講學、生態農業等生活禪學修功課。
祖庭恢復
藥山寺藥山寺歷經千餘年，屢興屢廢，目前僅存老樹三株，古碑三塊，由民房改造的佛殿幾間。值此國泰民安之際，津市市市委政府為延續千年文脈，開展藥山寺改擴建工程，現任住持明影法師和四眾弟子發心重建祖庭， 希望將藥山寺建成寧靜的國際禪修中心，恢復藥山寺作為禪宗重要道場應有的地位。本著“大眾認同，大眾參與，大眾成就，大眾分享。”的生活禪宗旨，明影法師正在組織社會各界善心人士一起來建設祖庭，希望將藥山寺建成一個散落在田邊林下的唐式精品寺院群。學風和道風是寺院的靈魂，在寺院建設的同時，禪修與講學相結合的各種修行活動正在陸續展開，藥山寺常年接待各界來訪，針對不同需要的參訪團隊，將會安排不同風格的坐禪、行禪、誦經、講學、座談和農禪活動。
農禪並重
禪宗僧人參加農業勞動，自耕自種，將修行融入到農耕活動中，這種修行和生活方式成熟於百丈懷海禪師，百丈禪師提出：“一日不作，一日不食。”農禪並重的生活方式已經成為中華禪宗的重要品格。在藥山寺的規劃中，農禪活動是重要修行內容之一。用傳統生態的方式種植大米和中草藥，利益當代，利益後人。把生活禪的奉獻精神落實到勞作生活中，以陶冶禪心。
寺內藏品
藥山寺藥山寺因文革期間破壞嚴重，現存古代遺蹟不多，寺內古代遺存僅存約2000年樹齡的古榔樹、樟樹各一株，1000多年樹齡的古羅漢松一株。寺院周邊山上，有惟儼祖師塔靜靜地立在山腰，周邊有歷代僧人墓數十座。寺院另有碑刻三塊，均為重點保護文物。
藥山故事
藥山留下禪宗公案很多，除了藥山還銀、榮枯二樹之外，最有名的，就是李翱問道了。
藥山寺李翱，字習之，唐河北趙郡人，韓愈門人，亦為愈之侄婿。不為師之思想所拘，以客觀採取佛學之精華。為朗州刺史時，訪藥山禪師，禪師於松下閱經，不理睬。李曰：“見面不如聞名。”禪師曰：“何得貴耳賤目？”李問：“如何是道？”禪師向上一指，向下一指，曰：“雲在青天水在瓶。”李聞之，茅塞頓開，呈偈曰：
練得身體似鶴形，
千株松下兩函經。
吾來問道無餘說，
雲在青天水在瓶。
後著《復性書》三篇，教人復性滅情。性即本心，情即煩惱。妙覺本心為煩惱所覆，智慧光明為情愛所障。譬如性如水，情如沙，水因沙而混，所謂“眾生心水淨，菩提影現中”。
贊曰
松下問道 示以無言 聞名見面 何說何傳
藥山寺用耳代目 玄中之玄 水在瓶中 雲飛天邊
又說偈曰：
明善復初悟本源 通權達變了循環
青出於藍為俊傑 紫超乎紅拜藥山
水清月現塵沙淨 性定情空煩惱蠲
摩訶般若波羅蜜 如是如是大自然
地位影響
自唐以來，藥山寺就是我國著名的佛教文化聖地。唐貞元初年（705年），南嶽石頭希遷的法嗣弟子惟儼移居藥山傳授禪法，使禪宗南宗得以發揚光大。惟儼因此成為南中國禪系中頗具影響的一代禪師。藥山寺寺院被列為國家級非物質文化遺產、國家重點寺院，信眾曾遍布東亞、東南亞各地。
藥山山水
藥山山水藥山為武陵余脈，山勢連綿起伏，丘林崗坡植被茂盛，最高處海拔 377.1米。藥山景色四季分明，春賞花，夏聽雨，秋觀葉，冬看雪，無不引人入勝。作為嘉山國家森林公園最著名的景區，藥山不僅以山聞名，更以水為特色。藥山屬湖南沅水和澧水水系之間的丘陵地帶，境內雨水充沛，水質優良。域內水庫湖泊眾多，山環水抱相映如畫。
