早期經歷
藤木麻佑子出生於1975年，今年39歲，比井村雅代年輕得多，她的父親是游泳選手，母親是水上芭蕾選手。7歲開始，藤木進入號稱日本水上芭蕾發祥地的大阪濱寺水練學校開始花游訓練。
運動生涯
14歲在日本單人項目中獲得青少年組冠軍，17歲代表日本參加了青年比賽。高中畢業後，藤木留學美國加利福尼亞，隨後再次入選日本國家隊，參加了亞特蘭大奧運會。
當時因為隊里有前輩後輩的關係，藤木又不是一直在日本訓練，加之人際關係等問題，她只是作為候補參加了比賽，並沒有上場。當時擔任日本花游隊主帥的就是井村雅代。
在亞特蘭大奧運會上，日本花游隊最後獲得了集體的銅牌，藤木作為替補也領到了獎牌。隨後，她再次離開日本，回到美國加利福尼亞發展。1998年和2000年，她代表俱樂部和學校參加了美國全國錦標賽，美國公開賽等賽事。
教練生涯
2000年退役後，藤木很快就擔任了水上芭蕾的教練。此外，當日本隊在海外比賽的時候，英語非常好的藤木還擔任日本花游或者游泳隊的海外經紀人。
2003年，只有28歲的藤木麻佑子受到西班牙隊教練安娜-塔雷斯的邀請，前往歐洲發展，她經過5年時間，將以前只有5-6名水平的西班牙隊帶成了世界強隊，一度壓倒日本，成為世界第二。
藤木率隊參加了2008年的北京奧運會，擊敗了當時由“花游教母”井村雅代率領的中國隊，以及金子正子率領的日本隊，幫助西班牙隊獲得集體和雙人兩塊銀牌，顯示了強大的執教能力。
在2010年之後，藤木離開西班牙，轉而成為美國國家隊的主教練。
2014年10月，擔任中國國家隊主教練。
