叛亂背景
藤原仲麻呂得到了姑母光明皇后的信任，歷任大納言、紫微令、中衛大將，勢力逐漸崛起。孝謙天皇即位後，孝謙天皇以光明皇太后的權威為後盾，是實際上的最高權力者。757年（天平勝寶9年）3月，當時的皇太子道祖王被廢。4月，藤原仲麻呂暗中勸孝謙天皇立大炊王（當時娶藤原仲麻呂之子的未亡人粟田諸姉，並居住於藤原仲麻呂的私邸中）為皇太子，獲得了孝謙天皇的同意。
758年（天平寶字2年）8月，大炊王（淳仁天皇）即位，藤原仲麻呂升為大保（右大臣），受賜惠美押勝（藤原惠美朝臣押勝）的姓名。
760年（天平寶字4年）1月，藤原仲麻呂成為日本歷史上首位非皇族出身的大師（太政大臣）。藤原仲麻呂陸續將藤原南家子弟和親朋故舊提拔至要職，培植自己的勢力，但在6月光明皇太后去世之後，藤原仲麻呂的權勢開始由盛而衰。而且此時孝謙上皇為了祈求自己病癒，開始寵信道鏡，藤原仲麻呂通過淳仁天皇勸諫孝謙上皇不要過於寵愛道鏡，但反而激怒了孝謙上皇。
762年（天平寶字6年）6月，孝謙上皇出家為尼，並同時宣告“淳仁天皇主持祭祀等小事，國家的賞罰、大事由朕行使”。孝謙對道鏡的信任逐漸加深，反而開始壓制淳仁天和藤原仲麻呂。
763年（天平寶字7年）9月，道鏡被任命為少僧都，勢力更加擴張。
叛亂準備
深感焦慮的藤原仲麻呂意圖憑藉軍事力量與孝謙上皇和道鏡對抗，在764年（天平寶字8年）9月，被任命為新設“都督四畿內、三關、近江、丹波、播磨等國兵事使”。雖然原本的規定是諸國各派兵20人，集中在平城京訓練，但藤原仲麻呂卻命令大外記高丘比良麻呂向各國動員600人，意圖集中兵力，奪取政權。這時太政官印仍然控制在藤原仲麻呂手裡。9月5日，藤原仲麻呂與船親王商議要改變孝謙上皇施政的錯誤。而池田親王已經在夏季開始集結兵馬。船親王、池田親王是藤原仲麻呂所擁立的淳仁天皇的兄弟。但受命集結兵馬的高丘比良麻呂卻畏懼被追究責任，向孝謙上皇密告動員計畫。和氣王和平素受藤原仲麻呂信賴的陰陽師大津大浦也得知了藤原仲麻呂即將叛亂，密告於孝謙上皇。
叛亂過程
9月11日，得到多個叛亂密告的孝謙上皇派遣少納言山村王前往淳仁天皇居住的中宮院，收回發動皇權所必需的鈴印（御璽和驛鈴）（一種說法認為淳仁天皇也在此時被軟禁在中宮院內）。得知此事的藤原仲麻呂派兒子藤原訓儒麻呂襲擊山村王的歸路，奪回了鈴印。孝謙上皇立即派授刀少尉坂上刈田麻呂、授刀將曹牡鹿島足射殺了藤原訓儒麻呂。藤原仲麻呂派中衛將監矢田部老支援藤原訓儒麻呂。矢田部老卻也被授刀舍人紀船守射殺。孝謙上皇下詔，將藤原仲麻呂一族逐出藤原氏、剝奪官位、沒收全部財產，並命令三關封閉關門。當夜，藤原仲麻呂逃出平城京，進入宇治，意圖逃往藤原仲麻呂長年擔任國司，被其稱之為地盤的近江國的國衙。
孝謙上皇將當時任造東大寺司長官的吉備真備升為從三位，令其誅伐藤原仲麻呂。吉備真備率領的討伐軍緊追在藤原仲麻呂之後。吉備真備在官場上長期被藤原仲麻呂壓制，在這一年的正月已經邁入古稀之年，這時充分運用了其在大唐所學習到的軍事知識。予測到藤原仲麻呂行動的吉備真備命令山背守日下部子麻呂、衛門少尉佐伯伊多智率兵搶先到達勢多橋，將勢多橋燒毀，斷了藤原仲麻呂進入東山道的路途。藤原仲麻呂不得已，只得將逃亡的目的地改為其子藤原辛加知擔任國司的越前國，以圖東山再起，經同琵琶湖的湖西，北上越前。
沒有將淳仁天皇一同帶出的藤原仲麻呂，將同行的自己一派中的皇族中納言冰上鹽燒（新田部親王之子）擁立為“天皇”，並授與自己的兒子們親王和三品的位階。還利用所奪取的太政官印，發諸國發出政令。此時，兩個朝廷並立於日本。孝謙上皇一方則懸重賞以取藤原仲麻呂之命，詔令北陸道諸國不要遵從由太政官印下達的政令。佐伯伊多智率領的討伐軍急馳至越前，將尚對政變不知情的藤原辛加知斬首，授刀舍人物部廣成等進駐愛發關（近江和越前國境處的關所）固守。藤原仲麻呂軍的先發部隊精兵數十人攻打愛發關時受挫。不知道藤原辛加知死訊的藤原仲麻呂避開愛發關，乘舟意欲渡至琵琶湖東岸，因逆風而舟破，只得死心，在鹽津登入，計畫攻破愛發關。佐伯伊多智指揮防禦戰，將將藤原仲麻呂軍擊退。
藤原仲麻呂軍退至三尾（近江國高島郡），據古城以守。討伐軍進攻三尾，但藤原仲麻呂軍懷必死之心應戰。9月18日，討伐軍方面有時任討賊將軍的備前守藤原藏下麻呂率領的援軍到達，從海陸兩方面猛攻三尾，藤原仲麻呂軍戰敗。藤原仲麻呂攜妻兒乘舟意圖逃至琵琶湖中，全家都被軍士坂上石楯所斬殺，同時被殺的還有鹽燒王。
