存在問題
蕪湖縣城灣沚港該運河因歷史原因未整治開發，航道等級低，水位變化大，航道深淺不一，且礙航橋樑多，大多為6至7級和等外航道標準，只能通行60噸級至100噸級甚至更小的船舶。因此，長期以來，蕪申運河一直未得到充分利用。
開發利用
運河改造
隨著蘇南經濟的快速發展和上海浦東的開發、開放，航行在蘇南運河的船舶越來越多，航道通而不暢的矛盾日漸突出。為從根本上緩解蘇南運河的航行壓力，有關專家建議，對現有的蕪申運河按三級航道標準進行整治，可起到緩解蘇南運河航行壓力的效果，同時也減輕長江的航運壓力。蕪申運河改造完成後，可通航1000噸級駁船，不僅減輕蘇南運河航運壓力，航程也比從長江上通行縮短了170公里。預計4年完成。
從蕪湖經南京至上海的長江水道走向是一條弧線，而蕪申運河幾乎是一條直線。據統計，南京籍船舶經長江至無錫、上海等地的千噸級以下船舶每年超過2萬艘次，載貨量達500多萬噸。這些船舶改由蕪申運河航行，每年僅節省油費產生的經濟效益就達上億元。蕪申運河縱貫皖、蘇、滬，穿越長三角，歷史上就是長江入滬的重要通道。蕪申線航道整治項目，是規劃中的長三角地區“兩縱六橫”高等級航道網中的重要“一橫”，也是我省“兩縱四橫”主骨架航道中的關鍵“一橫”，對於改善長三角水運交通條件、完善區域綜合交通體系、充分發揮水路運輸優勢、促進沿線經濟社會發展等，具有重大而深遠的意義。蕪申線江蘇段航道里程約254.7公里，分為高溧段（高淳至溧陽段）、溧宜段（溧陽至宜興段）和太湖湖區段三部分，按三級航道標準建設，設計最大船舶通航能力為1000噸級。
項目規劃
2006年08月安徽水運“一號工程”之稱的蕪(蕪湖)申(上海)運河(安徽段)航道整治工程可行性研究報告完成，勘察設計正式進行國內公開招標。
2006年1月20日， 蕪申運河宜興繞城段航道整治工程順利通過交工驗收。
總投資21.8億元的蕪申運河南京段航道2009年9月27日上午在南京高淳開工建設。
41公里長的蕪申運河安徽段改造是分段實施，繼蕪申運河宣城和馬鞍山段陸續啟動工程後，蕪湖段也在推進前期工作，力爭2011年年底開工。
