主要職責
市衛生局是市政府主管全市衛生工作的職能部門。
主要職責是：研究起草有關衛生行政（行業）管理的規範性檔案；研究制定全市衛生事業發展規劃和戰略目標；研究提出衛生資源配置方案，審核並監督實施區域衛生規劃。
依法履行衛生全行業管理職能；負責管理和發布衛生信息。依法行使衛生行政監督職能；依法監督管理傳染病防治和食品、化妝品、職業、環境、放射、學校衛生及獻血工作。
貫徹預防為主方針，開展全民健康教育；制訂對人群健康危害嚴重疾病的防治規劃，組織對重大疾病的綜合防治；組織調度全市的衛生技術力量，緊急處置全市重大災情疫情、突發事件。貫徹中西醫並重方針，負責中醫藥的繼承、創新及中西醫結合工作，組織實施中醫藥現代化規劃。
指導、監督和管理全市社區衛生服務、農村衛生服務、初級衛生保健、婦幼保健工作；實施母嬰保健專項技術服務；與計畫生育部門密切配合，根據各自職責，圍繞生育、節育、不育共同做好計畫生育技術服務和生殖保健服務。
制定全市醫學科技和在職教育發展規劃；組織重大醫藥衛生科研攻關項目的實施；組織指導醫學科技成果的轉化和推廣套用工作；組織全市繼續醫學教育、全科醫學教育、高等醫學職業教育工作。研究指導醫療衛生機構改革；負責醫療機構的分類管理和監督。
管理醫療機構內部藥品和醫療器械；負責醫療預防保健機構中的藥品不良反應監測工作；會同有關部門管理醫療機構藥品招標採購工作。
制定全市衛生人才發展規劃；負責全市行業作風建設和職業道德教育；制訂衛生機構編制標準和衛生技術人員資格認定的有關規定，並組織實施；負責組織實施全市初、中級衛生技術人員職稱考評和高級衛生技術人員職稱評審審核推薦工作。
研究制訂全市衛生經濟發展戰略及中長期發展規劃；參與制定衛生服務價格；監管市直屬衛生服務機構的國有資產，協調衛生經濟發展。
負責來舟山的中央、省領導及其他重要來賓的醫療保健工作；負責並管理市保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作。
承擔市愛國衛生運動委員會、市初級衛生保健委員會、市公共衛生工作委員會和市獻血工作領導小組的日常工作。
參與全市城鎮職工基本醫療保險制度改革工作；參與制定定點醫療機構管理辦法實施細則和定點醫療機構服務及管理情況的監督檢查；參與制定定點醫療機構服務設施範圍、支付標準、項目收費標準。
負責管理市級衛生事業單位。承辦市政府交辦的其他事項。
內設機構
辦公室（規劃財務處、法制處）
協助局領導掌握、綜合、分析全市衛生工作情況和對有關工作進行協調、督促、檢查；負責局機關文秘、檔案、保密、信訪、信息、督辦及後勤服務工作；負責衛生業務統計；綜合協調局機關政務工作；制定全市衛生資源配置方案，指導開展區域衛生規劃；負責市、縣（區）、鄉（鎮）重大衛生建設項目的立項和巨觀管理；參與制定醫療衛生服務價格；負責市本級衛生事業經費預決算管理。負責衛生行政複議工作，負責指導全市衛生部門開展普法教育工作。負責上級交辦的其它衛生法制工作事宜。組織人事處
擬訂衛生人才發展規劃，落實人才工作；負責人員錄用調配、轉復軍人接收安置和畢業生招聘等人事工作；做好衛技人員職稱考評工作；配合有關部門研究制訂衛生機構編制標準；負責局機關和直屬單位的機構編制,做好勞動用工、考核獎懲、工資福利、幹部和工人的退休退職和人事檔案等相關工作。擬訂並組織實施組織工作計畫，指導衛直單位加強黨建工作,負責對衛直單位領導班子、領導幹部和其它局管幹部的考察、備案和幹部培訓工作；負責黨員管理和發展工作。協助做好統戰、群團工作和黨校的日常管理工作；負責做好老幹部工作。衛生監督疾病控制處
（市公共衛生工作委員會辦公室、市衛生局應急辦、市打擊非法行醫領導小組辦公室）
研究制訂全市衛生監督工作規劃及計畫；組織實施面向社會的綜合衛生監督執法；指導全市衛生執法工作；負責有關衛生行政許可審查；負責行政處罰案件初審；負責組織全市重大涉及公共衛生危害事故的處理；負責全市公共衛生重大疑難案件的查處工作。
研究制訂全市疾病預防控制規劃並組織實施；組織對全市重大突發疫情、病情實施緊急處置；負責指導管理醫療衛生機構衛生防病工作。
承擔市衛生局應急辦日常工作，負責組織全市突發公共衛生事件的處理；承擔市公共衛生工作委員會的日常工作；負責組織全市打擊非法行醫和非法采供血工作；負責市預防醫學會等社團的聯繫工作。
基層衛生與婦幼保健處（市初保辦）
研究制訂社區衛生、農村衛生、初級衛生保健、婦幼衛生保健（生殖保健）的發展規劃和技術標準；負責城鄉基層衛生網路、婦幼保健機構的建設和管理；制訂提高出生人口素質工作的規劃、措施和技術標準，依法監督母嬰保健專項技術的實施；與計畫生育部門密切配合，根據各自職責，圍繞生育、節育、不育共同做好計畫生育技術服務和生殖保健服務；負責鄉村醫生的執業考試、執業註冊和執業監督管理工作；負責市初保辦的日常工作。
醫政科教處
（中醫藥管理處、市保健委員會辦公室）
研究指導醫療機構改革，監督醫療機構的醫療質量和服務質量；負責執業醫師和護士執業資格的監督管理；負責徵兵、招生等健康體檢的管理工作；負責設備採購計畫和監督管理；負責醫療、預防、保健機構中的藥品質量管理；會同有關部門管理藥品招標工作；組織協調衛生科技重大研究項目的實施；負責衛生科研成果的鑑定、申報、獎勵和科研成果的轉化及推廣套用；組織全市繼續醫學教育、全科醫學教育工作；編制中醫藥事業發展規劃和實施計畫；監督指導中醫（含中西醫結合）醫療、教育、科研等業務工作；負責推行中醫機構執業登記和中醫藥人員執業資格制度；對中醫醫療、預防、保健、康復、護理及臨床用藥等進行監督和業務指導；負責對市醫學會、市醫師協會、市護理學會、市中醫學會等社會團體的聯繫工作；負責血源管理和輸血工作。承擔市保健委員會的日常工作。
市愛國衛生運動委員會辦公室
根據市愛國衛生運動委員會的決定和計畫，組織、協調各委員部門共同履行社會衛生職責；組織開展衛生檢查；指導農村改水改廁、城鄉病媒生物防治；健康教育工作；承擔市愛衛會的日常工作。
