以治療椎間盤突出為例，臭氧靶點注射治療椎間盤的原理：
盤內注射原理：臭氧具有極強的氧化能力，同時還有抗炎和鎮痛作用。將它注射入突出的椎間盤髓核組織內可以瞬間氧化髓核組織內的蛋白多糖及破壞髓核細胞，使蛋白多糖的功能喪失，細胞產生蛋白多糖減少，髓核組織的滲透壓不能維持，導致水分喪失而萎縮，從而降低椎間盤內壓力，消除對神經根的壓迫。
盤外注射原理：突出的髓核及纖維環壓迫硬脊膜、神經根及周圍靜脈，引起回流障礙，出現滲出和組織水腫。纖維環斷裂後釋放的糖蛋白和β蛋白等作為抗原物質，使機體產生免疫反應，形成無菌性炎症。臭氧可刺激氧化酶過度表達，中和炎症反應中過量產生的反應性氧化產物，拮抗炎症反應中的免疫因子釋放，擴張血管，改善回流，減輕神經根周圍的水腫。總之盤內溶核盤外注射拮抗無菌性炎症讓椎間盤達到真正治療的目的。兩者結合，有人將治療椎間盤突出症這一方法稱為臭氧溶核術（ozone chemonucleolysis）。此療法主要治療，頸腰椎間盤膨出、突出，椎管狹窄，椎體滑脫。
而對於關節炎的治療，採用臭氧靶點關節腔注射治療，效果最佳，其原理及步驟為：
關節腔內臭氧注射根據患者不同病情，通過關節腔穿刺將不同濃度的臭氧注射到病灶處，以達到治療的目的。1.關節腔內穿刺，用生理鹽水反覆多次沖洗病變關節腔，以利將原病變關節液中的炎性滲出物和脫落的細小病變組織碎屑排除，減少致炎物質 2.通過在關節周圍和關節腔內注入濃度為20—80ug/ml臭氧5--20毫升，1--3分鐘消除節滑膜的炎症和滲出.3.根據病情可酌情配合藥物同時注射，向關節腔內給予適當補充機體內生理需要物質的透明質酸鈉，增加其潤滑和抵抗機械力作用的生物學功能。關節腔內臭氧注射療法能夠在6-24小時內消除關節腫脹，緩解關節疼痛，達到治療骨性關節炎，恢復關節功能的目的。是目前治療關節炎的唯一最佳治療方案克服了關節腔藥物注射易反彈的難題。
在對抗股骨頭壞死病症上，採用臭氧靶點髖關節腔內注射治療。
臭氧治療股骨頭壞死原理是：缺血是股骨頭壞死的罪魁禍首，因股骨頭長期處於缺血狀態，關節囊得不到充足的血液供應便出現了攣縮狀態，致使髖關節的各種功能活動受到限制，如果解決了缺血問題，就從根本上治好了股骨頭壞死。臭氧具有瞬間強氧化性，注射後就還原成氧，增加了血液氧濃度，使股骨頭供血正常，也就從根本上治癒了股骨頭壞死。同時臭氧能迅速解除局部無菌性炎症，使積液消失，骨質得以修復。疼痛可得到迅速緩解，還能氧化膽固醇及各種毒性，並能刺激和增強機體的免疫力，改變股骨頭的骨質由於長時間缺血而造成的缺氧狀態。另外臭氧可以直接作用於神經末梢，達到鎮痛的效果。臭氧介入針只有0.3毫米粗，患者根本就感覺不到疼痛。一般患者2-3針，就能取得滿意效果，而重症患者也只需四五針效果就非常顯著。如果再配合“局部關節囊針刀松解”療法效果更佳。
腰肌勞損、肩周炎、急慢性腰扭傷等軟組織的急慢性損傷是造成無菌性炎症的主要原因。對其採用病變局部注射臭氧，是治療此類病症的最佳療法，利用臭氧拮抗無菌性炎症炎鎮痛的作用，改善不適症狀。梨狀肌綜合症治療主要是要緩解梨狀肌的充血、水腫、痙攣和增生肥厚等一系列急、慢性無菌性炎症過程，解除其對坐骨神經的刺激和壓迫，利用臭氧治療無菌性炎症，可以迅速止痛，而且能減少組織充血、促進水腫消散、改善功能從而達到治療目的。將臭氧注入腰大肌及椎旁間隙用於治療腰肌勞損、腰腿疼、急性腰扭傷效果顯著，採用頸椎旁肌肉注射臭氧治療頸痛及頸僵直。
隨著我國臭氧技術的發展，臭氧治療廣泛，其主要的適應症是頸腰椎間盤突出、膝關節滑膜炎、滑囊炎、骨性關節炎、頸椎病、骨質增生、肩周炎、風濕、類風濕、股骨頭壞死、強直性脊柱炎等引起的疼痛。
據專家說，臭氧治療疼痛關鍵要選好適合臭氧治療的適應症，比如CT或MRI檢查顯示為椎間盤輕度或中度突出，與臨床定位症狀一致，且臨床症狀與腰椎退行性改變關係不大者效果都很好。但對腰間盤突出鈣化、合併椎體滑脫的效果就不很好。而對治療骨性關節炎、頸椎病、骨質增生、肩周炎、風濕、類風濕、股骨頭壞死、強直性脊柱炎等引起的疼痛效果是最好的，這是現今任何藥物注射或針灸、按摩、中藥、膏藥等不能夠相比的。目前北京中科恆健和山東對這方面的研究和套用處於領先地位。
