自由之子事件

ake），同時也是Sn Shell下部隱藏的Arsen Gear的AI失控，Arsen

經過上次影子摩西島事件後，獵狐犬部隊叛軍中的成員——實際身份是三重間諜的Revolver ocelot（左輪山貓）將Metal Gear設計圖紙傳入黑市，一時之間，核武的威脅籠罩全球。 索利德?斯內克（SOLID SNAKE、簡稱：Snake、意為：固體蛇）加入了反Metal Gear的國際性組織，與OTACON博士合作調查新型“METAL GEAR”的詳細資訊，並向全世界發表以阻止其生產。Snake潛入停泊在港口的美軍的一部運載著新型“METAL GEAR”的名叫DIscovery（探索）號的油輪內，搜尋所需的資料。但是上船後不久就發生了突發事件，軍艦被一夥似乎是俄軍的武裝組織占領，Snake從望遠鏡裡面看見武裝中其中一人是蘇聯GRU的上校GURLUKOVICH。
油輪篇
在油輪的船艙中，Snake確認了Metal Gear Ray的存在。油輪遭到了與山貓聯手的格魯格維奇上校為首的俄國武裝部隊的劫持。隨後Snake先是和武裝成員，GURLUKOVICH的女兒OLGA展開槍戰，後終於找到了新型號的METAL GEAR RAY。找到METAL GEAR RAY後，便用手持數位相機拍照做為證據。利用電腦將照片傳送給了OTACON。 在對峙中，美軍海軍司令Scott和格魯格維奇被突然叛變的山貓所殺。最為令Snake震驚的是，利奎德·斯內克（Liquid Snake、簡稱：Liquid、意為：液體蛇）竟藉由移植了其遺體右臂的山貓而還魂，占據了山貓的軀體，駕駛著Metal Gear Ray摧毀了油輪，逃逸到深海之中。 Snake生死不明，並且背上了殺害Scott、奪走Ray以及摧毀油輪的污名。
大貝殼篇
兩年以後，在油輪沉沒的曼哈頓近海，泄漏石油的清理設施Big Shell（大貝殼）建成。自稱Dead Cell的恐怖分子團體劫持了到此視察的總統及政府官員並要脅政府支付巨額的贖金。 獵狐犬部隊的新人特工雷電受命潛入Big Shell營救總統及人質。 雷電在行動中遇到了被外界傳聞已死的Snake的幫助，隨著行動的深入，雷電發現Big Shell事件不過是對多年前的“影子摩西島事件”的一個模擬，而一切的操縱者就是超越了國家與政權的神秘的愛國者組織。Dead Cell的首腦——前任總統，也是雷電的養父索利達斯·斯內克（Solidus Snake），同時也是Snake與Liquid的克隆兄弟的Solidus正是為了擺脫愛國者的控制才發動的恐怖攻擊，卻未料到自己的行動本身就是計畫的一部分。 最終Big Shell下部隱藏的Arsenal Gear的AI失控，Arsenal Gear撞入曼哈頓。在聯邦紀念館的屋頂，雷電與Solidus父子間的對決不可避免。 故事以Solidus的失敗告終，然而愛國者組織的面目剛剛露出冰山一角。