反映肝細胞損傷的項目
以血清酶檢測常用，包括丙氨酸氨基轉移酶（又稱谷丙轉氨酶，ALT）、門冬氨酸氨基轉移酶（又稱穀草轉氨酶，AST）、鹼性磷酸酶（ALP）、γ－谷氨醯轉肽酶（γ－GT或GGT）等。在各種酶試驗中，ALT和AST能敏感地反映肝細胞損傷與否及損傷程度。各種急性病毒性肝炎、藥物或酒精引起急性肝細胞損傷時，血清ALT最敏感，在臨床症狀如黃疸出現之前ALT就急劇升高，同時AST也升高，但是AST升高程度不如ALT。而在慢性肝炎和肝硬化時，AST升高程度超過ALT，因此AST主要反映的是肝臟損傷程度。在重症肝炎時，由於大量肝細胞壞死，血中ALT逐漸下降，而此時膽紅素卻進行性升高，即出現“膽酶分離”現象，這常常是肝壞死的前兆。在急性肝炎恢復期，如果出現ALT正常而γ-GT持續升高，常常提示肝炎慢性化。患慢性肝炎時如果γ-GT持續超過正常參考值，提示慢性肝炎處於活動期。
反映肝臟分泌和排泄功能的項目
包括總膽紅素（TBil）、直接膽紅素（DBil）、總膽汁酸（TBA）等的測定。當患有病毒性肝炎、藥物或酒精引起的中毒性肝炎、溶血性黃疸、惡性貧血、陣發性血紅蛋白尿症及新生兒黃疸、內出血等時，都可以出現總膽紅素升高。直接膽紅素是指經過肝臟處理後，總膽紅素中與葡萄糖醛酸基結合的部分。直接膽紅素升高說明肝細胞處理膽紅素後的排出發生障礙，即發生膽道梗阻。如果同時測定TBil和DBil，可以鑑別診斷溶血性、肝細胞性和梗阻性黃疸。溶血性黃疸：一般TBil＜85μmol/L，直接膽紅素/總膽紅素＜20%；肝細胞性黃疸：一般TBil＜200μmol/L，直接膽紅素/總膽紅素＞35%；阻塞性黃疸：一般TBil＞340μmol/L，直接膽紅素/總膽紅素＞60%。另外γ-GT、ALP、5＇-核苷酸（5＇－NT）也是很敏感的反映膽汁淤積的酶類，它們的升高主要提示可能出現了膽道阻塞方面的疾病。
反映肝臟合成貯備功能的項目
包括前白蛋白（PA）、白蛋白（Alb）、膽鹼酯酶（CHE）和凝血酶原時間（PT）等。它們是通過檢測肝臟合成功能來反映其貯備能力的常規試驗。前白蛋白、白蛋白下降提示肝臟合成蛋白質的能力減弱。當患各種肝病時，病情越重，血清膽鹼酯酶活性越低。如果膽鹼酯酶活性持續降低且無回升跡象，多提示預後不良。肝膽疾病時ALT和GGT均升高，如果同時CHE降低者為肝臟疾患，而正常者多為膽道疾病。另外CHE增高可見於甲亢、糖尿病、腎病綜合徵及脂肪肝。凝血酶原時間（PT）延長揭示肝臟合成各種凝血因子的能力降低。
反映肝臟纖維化和肝硬化的項目
包括白蛋白（Alb）、總膽紅素（TBil）、單胺氧化酶（MAO）、血清蛋白電泳等。當患者患有肝臟纖維化或肝硬化時，會出現血清白蛋白和總膽紅素降低，同時伴有單胺氧化酶升高。血清蛋白電泳中γ球蛋白增高的程度可評價慢性肝病的演變和預後，提示肝巨噬細胞(枯否氏細胞)功能減退，不能清除血循環中內源性或腸源性抗原物質。此外，最近幾年在臨床上套用較多的是透明質酸（HA）、層黏蛋白（LN）、Ⅲ型前膠原肽和Ⅳ型膠原。測定它們的血清含量，可反映肝臟內皮細胞、貯脂細胞和成纖維細胞的變化，如果它們的血清水平升高常常提示患者可能存在肝纖維化和肝硬化。
反映肝臟腫瘤的血清標誌物
目前可以用於診斷原發性肝癌的生化檢驗指標只有甲胎蛋白（AFP）。甲胎蛋白最初用於肝癌的早期診斷，它在肝癌患者出現症狀之前8個月就已經升高，此時大多數肝癌患者仍無明顯症狀，這些患者經過手術治療後，預後得到明顯改善。現在甲胎蛋白還廣泛地用於肝癌手術療效的監測、術後的隨訪以及高危人群的隨訪。不過正常懷孕的婦女、少數肝炎和肝硬化、生殖腺惡性腫瘤等情況下甲胎蛋白也會升高，但升高的幅度不如原發性肝癌那樣高。另外，有些肝癌患者甲胎蛋白值可以正常，故應同時進行影像學檢查如B超、CT、磁共振（MRI）和肝血管造影等，以此增加診斷的可靠性。值得提出的是α-L-岩藻糖苷酶（AFU），血清AFU測定對原發性肝癌診斷的陽性率在64%～84%之間，特異性在90%左右。AFU以其對檢出小肝癌的高敏感性，對預報肝硬變並發肝癌的高特異性，和與AFP測定的良好互補性，而越來越被公認為是肝癌診斷、隨訪和肝硬變監護的不可或缺的手段。另外血清AFU活性測定在某些轉移性肝癌、肺癌、乳腺癌、卵巢或子宮癌之間有一些重疊，甚至在某些非腫瘤性疾患如肝硬化、慢性肝炎和消化道出血等也有輕度升高，因此要注意鑑別。另外在患有肝臟腫瘤時，γ-GT、ALP、亮氨酸氨基轉肽酶（LAP）、5＇-NT等也常常出現升高。
