簡介
職 稱: 副研究員
職 務: 碩士生導師
研究方向: 進化基因組學
06/09-現在 副研究員,中國科學院北京基因組研究所,北京,中國
02/09-06/09 加州大學伯克利分校,整合生物系,博士後
09/04- 12/08 加州大學伯克利分校,整合生物系,博士
09/02-08/04 康奈爾大學,生物統計系,碩士
09/97-06/02 中國科學技術大學,生物系,本科
主要研究領域:
1.群體遺傳學(Population Genetics),我對種群遺傳的裡面的很多問題都有興趣。例如,如何通過全基因組數據查找受過自然選擇的區段,種群的演化歷史的推斷(Demographic History Inference),特別是人類遷移進化的歷史,種群間/內多態性的分布(例如涉及代謝酶種內多態性的藥物基因組學(Pharmacogenomics),個體化基因組學(Personalized Genomics) ),平衡選擇(Balancing Selection) 作用下種群的動態性等等。
2.癌症/腫瘤基因組學(Cancer Genomics),和吳仲義,呂雪梅兩位老師一起,我有幸接觸到腫瘤遺傳學裡很多有趣的問題。例如腫瘤群體的進化演變的過程中,癌症致病突變(cancer causing mutation)在腫瘤群體進化過程中的作用, 個體發育(development)和衰老(ageing) 過程中體突變積累和發展過程, 癌症轉移細胞群和原發癌群相互關係等等。
3.分子進化(Molecular EVOLution),分子進化主要研究物種之間分化的過程,很多問題都很有意思。例如:gene tree/species tree concordance, 物種形成模式(Speciation mode), 以及如何通過物種間不同基因的比較(dN/dS),查找那些在物種間分化過程中受過正選擇的基因片段等等。
4.疾病相關性研究(Disease Association study), 例如在全基因組疾病相關性(Genome Wide Association Study) 研究中如何做experimental design,基因組marker選擇以及疾病基因和自然選擇之間關係等等。
5.病毒和細菌類的進化(Viral and Microbial Evolution),我對很多病毒的進化都有很多興趣,特別是感冒病毒(Influenza virus),HBV(Human Hepatitis Virus), HPV (Human Papillomavirus) 的進化模式,自然選擇的作用和分布以及和pandemics/epidemics 之間的相互關係,host-parasite evolution等等。
另外,我對Statistical Genomics特別是machine learning一些手段在基因組數據下的一些套用,隨機過程特別是continuous time Markov Chain 在分子進化中的套用和推廣等問題有著很多興趣。
歡迎有著共同興趣,或者有興趣建立合作研究的同學/老師,聯繫我。
代表論著:
Weiwei Zhai, Melissa .J. Todd, Rasmus Nielsen Is Haplotype Block Identification Useful for Association Mapping Studies? Genet Epidemiol. 2004 Jul;27(1):80-3.
Weiwei Zhai, Montgomery Slatkin, Rasmus Nielsen Exploring Variation in the d ( N ) /d ( S ) Ratio Among Sites and Lineages Using Mutational Mappings: Applications to the Influenza Virus J Mol Evol. 2007 Sep;65(3):340-8
Zhai W, Nielsen R, Slatkin M. An investigation of the statistical power of neutrality tests based on comparative and population genetic data. Mol Biol Evol. 2009 Feb;26(2):273-83.