背景
鴉片戰爭中的海戰在第一次鴉片戰爭中，直接與英國侵略軍交戰的林則徐深刻感受到近代海軍的威力，提出“師夷長技以制夷”的主張，最早提出了建立近代海軍的構想。但當時朝野卻仍昧於世界大勢，還認為中國是位於世界中心的“天朝上國”，外國仍是遠遜於中國的 “蠻夷之邦”，“師夷造船”有失“天朝”體制，所以不僅安於現狀，而且反對買船造船。林則徐提出購買、仿造近代軍艦的想法和實踐遭到朝野上下的激烈反對，道光帝甚至在林則徐建議造船的奏摺上批道：“一片胡言”。
林則徐建立近代海軍的方案被否定，有名無實、落後腐敗、早就不堪一擊的綠營水師仍是當時中國惟一的水軍。雖然後來在鎮壓太平天國的運動中，湘軍在江南多次與太平軍進行水戰，不得不建設水師，但仍然都是舊式水軍。第二次鴉片戰爭時期，英法侵略軍從海上進攻，最後直入都城，使朝野深受震動，一些人開始認識到近代海軍的厲害。從19世紀60年代初清廷開始考慮仿造或向西方購買軍艦，這時，距林則徐提出的建立近代海軍的建議已整整20年矣！而就在這20年間，西方的海軍取得了飛躍性發展，蒸汽艦已逐步取代帆艦成為海軍主要艦隻。
李鴻章1874 年末，李鴻章曾上洋洋萬言的《籌議海防折》，使清廷開始較以往重視海軍建設，開始北洋海軍的初創。但與中國漫長的海岸線和面臨的險惡的國際形勢相比，清廷對海軍的重視顯然不夠，所以海軍發展很不理想，除北洋海軍外，其餘南洋、福建、廣東3支水師發展極其緩慢。更重要、現在看來也更難理解的是，全國竟然沒有一個統一的海軍指揮機關，各支水師皆由當地督撫管轄，本就很難協同作戰，而各督撫更將水師看作是自己的私產，更難調遣。例如，福建屬南洋管轄，南洋大臣名義上有對福建水師的節制權，但1879年5月，兩江總督兼南洋海防大臣沈葆楨曾奏請將南洋各省兵輪每兩月調至吳淞口會操一次，以便彼此協調，遇到緊急情況才能更好地互相支援作戰，對此，福州將軍慶春、閩浙總督竟以種種理由推託。南海海防大臣的號令都很難在自己所轄的福建水師中貫徹，全國海軍的整體狀況便可想而知。簡單說，清廷仍是用管理傳統水師方法管理近代海軍，根本未意識到近代海軍裝備技術相當複雜，必須統一，系統管理高度遠非當年水師可比。何況，朝野許多人都認為建立一個中國傳統 “六部”所沒有、只有“狄夷”才有的新機構，意味著“以夷變夏”，約略相當於今天可能會被某些人指為“西化”的罪過。
1884年8月的中法馬江戰役，是中國近代海軍組建以來對外第一仗，卻以福建水師幾乎全軍覆沒慘告結束。海軍的慘敗，才使清廷開始重視海軍建設，在 1885年6月發布上諭，承認雖然與曾建立造船廠、建有海軍，但“造船不堅、制器不備、選將不精、籌費不廣”是失敗主要原因。表示“當此事定之時，懲前毖後，自以大治水師為主”，並要沿海各督撫 “各抒所見，確切籌議，迅速具奏”。
發展歷程
醇親王奕譞檢閱北洋海軍的留影總理海軍事務衙門創立於中法戰爭之後。此前，沿海雖組建有若干水師，但全國並沒有統一的組織指揮機構。中法戰爭後，清王朝鑒於海戰失利的教訓，在創建海軍，組建海軍中樞機構問題上很快取得共識。光緒十一年九月初五日，慈禧發布懿旨，聲稱：“海防善後事宜關係重大，著派醇親王奕譞總理海軍事務，所有沿海水師，悉歸節制調遣，並派慶郡王奕劻、大學士直隸總督李鴻章會同辦理。正紅旗漢軍統領善慶、兵部右侍郎曾紀澤幫同辦理。現當北洋練軍伊始，即責成李鴻章專司其事。其應行創設籌議各事宜，統由該王大臣等詳慎規畫，擬立章程，奏明次第興辦”。根據這道任命，醇親王奕譞等一改以往推諉、觀望之態，僅用12天即籌劃就緒，於九月十七日（1885年10月24日）奏請設立“總理海軍事務衙門”，同日懿旨允準 。其速度之快，在有清一代的歷史上頗屬罕見。從此，中國近代化的海防力量由中央政府直接運籌。
設立海軍衙門旨在統一全國海軍的行政管理﹐按1874年(同治十三年)清政府海防決策﹐先練北洋海軍﹐由李鴻章負責。因此海軍衙門的實際權力掌握在李鴻章手中。並且由於大部分經費撥給北洋﹐也使北洋海軍的地位遠居南洋海軍之上。但海軍衙門總經費拮据﹐不僅各省應解海軍專款多數不能如期繳納﹐而且尚需從有限的經費中經常撥支奉獻內務府﹐作為修繕頤和園等皇家宮苑的費用。
慈禧太后海軍衙門的設立不是偶然的。它首先是中華民族與帝國主義列強矛盾日趨激化的產物。也是晚清封建統治集團日益感受到西方列強的海上威脅，抵禦外侮、加強海防的重大舉措。鴉片戰爭以來，英、法等列強憑藉海上優勢，在我東南沿海殺人越貨、肆虐橫行，不僅使中國人民遭受到巨大災難，也衝擊、動搖著封建統治的基石。清王朝面對有海無防、處處挨打的局面，一改歷代備邊多在西北的格局，轉而重點加強海防建設。這在慈禧於同治末年到光緒初年多次召見曾國藩、郭嵩燾、曾紀澤等主持洋務官員時得到印證，表示出對洋人要挾的憤懣，聲稱“此仇何能一日忘記” ，主張將練兵、制械、加強海防、徐圖自強作為立國“一件大事”，鼓勵他們不必顧及反對派的指責，盡心興辦。這不僅在一定程度上體現了最高統治者對洋務派的信任與倚重，更重要地是反映了清王朝國防重點的轉移。正是在這種思想指導下，中國沿海地區陸續開始了造船、造炮、修築炮台，編練水師的活動。
1888年北洋艦隊建成﹐制訂《 北洋海軍章程》﹐規定每三年特派大臣會同北洋大臣出海校閱一次。以後﹐1891年和1894年均按例舉行。1889年光緒帝親政後﹐奕譞仍總理海軍事務﹐但衙門章奏不會銜。1891年1月奕譞病死﹐奕劻繼為總理。幫辦善慶﹑曾紀澤也在此前故去﹐遺缺一度由台灣巡撫劉銘傳補任﹐後又由正白旗漢軍都統定安﹑兩江總督兼南洋大臣劉坤一繼任。
中日甲午戰爭中﹐北洋海軍於1895年2月在山東威海衛覆滅﹐次月海軍衙門即裁撤。
評價
正面評價
海軍衙門的設立又適應了洋務運動發展的需要，說明當時中國已初步具備建立海軍的條件。清王朝自60年代以來廣泛設廠制械、造槍造炮、製造船艦，逐步改變著中國軍隊陳舊落後的武器裝備。這不僅使陸軍由千年一貫的大刀長矛向近代先進的新式槍炮迅速轉化，創建海軍的條件也日趨成熟。海軍衙門成立前，福州船政局、江南製造局等中國企業自製的大小船艦已達40餘艘，均配備新式槍炮、分撥南北洋，為使舊式水師向新式海軍轉化創造著條件。同時，民用工業的迅速發展，如煤、鐵資源的發掘，交通運輸、電報通訊的創辦，也無一不適應著這種轉化。為加速海軍成軍，清政府在中法戰爭前即籌措巨款定造“定遠”、“鎮遠”兩艘大型鐵甲艦和“濟遠”號快船，至此已全都竣工，即將回國，並繼續在英、德訂造船艦。當時許多西方報刊敏銳地察覺到這一動向，預言：“由此觀之，不數年間，中國陸路之兵，將舍弧矢之戲，而專恃洋槍之威，水師之船，將舍風蓬之笨，而獨取火輪之速矣”。這種種情況表明，洋務運動的發展已為創建海軍、加強海防提供了一定的物質基礎。晚清最高統治集團能夠順應趨勢，遂使海軍衙門應時而生。
總理海軍事務衙門關防儘管背景頗為複雜，海軍衙門的設立仍是中國近代史上的重大事件。它標誌著清王朝自鴉片戰爭屢遭列強打擊之後，終於將加強海防、創建海軍做為頭等大事。醇親王奕譞雖然才識有限，但為光緒帝的未來和清王朝的鞏固，還是將創建海軍、加強海防做為盡忠報國的畢生事業。他受命之後，敢於拋棄陳腐觀念，密切注視國際風雲，虛心向洋務派請教，並以其特殊地位爭取慈禧的同情與支持，為推進以海軍建設為中心的近代化事業創造了有利環境。海軍衙門遂成為指導後期洋務的中心。
負面評價
但是，也應看到海軍衙門的設立又籠罩在沒落王朝專制、腐朽的陰影之中。儘管創設海軍衙門之議早已提出，利害關係已經剖明，但直至中法戰爭爆發，才在總理衙門內增設一個“海防股”。慈禧久久不下決斷的重要原因，是對長期主持洋務的奕訢集團心懷疑忌，對海防人選頗費斟酌。當時，暫主中法戰爭全局的奕訢與總理衙門擬委李鴻章總攬海防，李鴻章則建議“仿東西各國之例，在京添設海部”。正當他們往返函商之際，慈禧搶先一步，於1884年4月8日罷黜奕訢為首的軍機處，改造總理衙門，換上了以禮親王世鐸為首的軍機處，並以慶郡王奕劻主持總理衙門，同時特諭：“軍機處遇有緊要事件，著會同醇親王奕譞商辦”。從此，清王朝中央體制發生了重大變化。原由奕訢一人統轄的軍機處和總理衙門被分為二，既防止權力過於集中某一大臣，又便於慈禧直接操縱。尤引人注目的是，使親貴中頗得慈禧寵信的光緒帝生父奕譞得以參與機要，開始其“隱握朝綱”的政治生涯。但這種參政形式使奕譞雖有太上之尊，並無主管機構實權。慈禧又抓住加強海防之機，任命奕譞主持總理海軍事務衙門，使其由台後走到台前。因此，海軍衙門的設立，又是晚清中央權力再分配的結果，從而將海軍大權集中於慈禧信任的滿族親貴手中。
遺憾的是，海防建設長期各自為政，缺乏中央的統一組織，不利於從全體規模上協調力量、保證重點，抵禦強敵。創設海軍衙門很快提到議事日程。比較有代表性的是光緒八年九月前駐日公使何如璋的奏疏。他強調指出：“防海異於防陸，陸軍可以分省設守，海軍則巡防布置必須聯絡一氣，始無分兵勢散之虞。七省瀕海之地，港漢紛錯，互有關涉，風輪飈忽，瞬息千里，苟分省設防則事權不一，呼應不靈，守且不能，何有於戰？”急切籲請“特設水師衙門，以知兵重臣領之，統理七省海防，舉一切應辦之事，分門別類，次第經營”，以達“固海防”，張國威”之目的。這份奏疏洞中癥結，建議及時得體，但清廷沒有立即採納。中法戰爭中，海防“事權不一，呼應不靈”的弊病徹底暴露。法國艦隊乘機重創福建水師，攻擊、封鎖台灣，造成沿海七省處處戒嚴。慘痛的教訓使創設海軍衙門之議引起朝野高度重視。張佩綸、劉銘傳、李鴻章、曾國荃及總理衙門等交章呼籲於下，慈禧肯定於上，稱統一事權，大練海軍“為目前第一要務”，從而使海軍衙門得以迅速創立。
