天鳳五年，琅琊人樊崇在莒縣起事，得到青、徐等州回響，隊伍發展到幾萬人。為與官兵相區別，該軍眉塗紅色，始有赤眉軍之稱。此後赤眉軍活動在今山東、江蘇、安徽、河南諸省交界的地區，聲勢越來越大。
地皇四年(23年)正月綠林軍攻南陽，圍宛城，隊伍已發展至十餘萬人，及後擁立劉玄為帝，恢復「漢」的國號，建元更始。更始政權派王鳳、王常、劉秀等攻占昆陽(今河南葉縣)、定陵(今河南舞陽東北)等地；又派劉演攻宛城。王莽發兵四十三萬企圖消滅綠林軍，於是有昆陽之戰，莽軍主力被殲，各地紛紛起兵反新莽。時劉演兄弟聲名日盛，新市、平林諸將勸劉玄殺劉演，隨即分兵兩路，在各種反新莽力量的配合下奪取長安。王莽被殺，新朝統治結束。
劉玄進入長安後，更始政權內部矛盾爆發，部分將領被殺，另有一部分則投奔赤眉軍。赤眉首領樊崇與劉玄曾有聯絡，劉玄不願與赤眉軍合作，只許空頭官爵，於是赤眉立劉盆子為帝，並於公元25年攻占長安，劉玄投降後被殺。由於關中豪強隱匿糧食，組織武裝頑抗，赤眉軍被迫退出長安進入安定、北地一帶，又遭到隗囂等武裝力量襲擊而折回長安，引兵東歸。
劉秀在劉演被殺後，到黃河以北地區發展，得到信都、上谷、漁陽等地的地主官僚支持，勢力已相當強大，故就在高稱帝，不久定都洛陽，建元建武(元年為公元25年)。後赤眉軍東歸之路為劉秀部隊截斷，於建武三年投降。同年夏樊崇等再起兵，被殺。至此，各地勢力被平，漢室重新復興。
