運行方式
由於綜合物流中心的種類不同，其內部的規劃、設備配置、業務流程、運行方式也會有所區別，這裡僅就集約了鐵路運輸貨站、公路運輸貨站的綜合物流中心運行方式為例，探討其運行的特點。
我國傳統的公路運輸，很少有大規模的貨運站，雖然最近些年，公路運輸承擔的貨運量越來越高，但是發、到轉運設施並沒有相應的發展;我國的鐵路運輸，過去是我國貨運的主要運輸方式，為提高鐵路的服務水平，解決末端運輸的部分問題，鐵路通過廣泛設貨站和建立專用線的形式，使鐵路能夠貼進貨主。在一個城市有幾個、十幾個、幾十個貨站、廠、專用線的情況是非常普遍的。為此，還需要建立較大規模的“編組站”才能使各個站接運的或者到達的車皮按方向編組成列或者對到達的列車進行分解，再發運到各個貨站去。這是減緩鐵路運輸速度、增加鐵路運輸費用的重要因素。綜合物流中心把大型的鐵路貨站和公路貨站集約在一處，使公路、鐵路運輸實現了有效銜接，在這個物流中心，有效地運用物流裝卸、搬運設備，有效地進行物流組織，有效地設計物流流程同時又有效地實現了幹線運輸和配送的轉換，從而可以減少傳統物流系統中在這些環節的多次搬運、裝卸、儲存，如果實行有效的計畫，甚至可以大規模地實現汽車、火車之間的“不落地裝卸”。
另一方面，經濟規模到達一定程度的大、中城市之間，綜合物流中心可以實現相互的直達列車運行，從而不再採用傳統的必須經過大規模編組站進行編組的鐵道運輸方式。在一個城市建立一個大規模的綜合物流中心，充分利用鐵路幹線運輸大數量、低成本、高速度的優勢和汽車末端運輸靈活、到戶的優勢，就可以不再採用傳統的小貨站、專用線接、發鐵道貨物的運行方式。
產生條件
綜合物流中心是經濟發展的必然產物
(1)城市之間經濟交往的擴展造成的物流量的急聚增加。城市之間因為經濟交往的擴大從而促成物流量的急劇增加,這是建立綜合物流中心的最基本條件。物流量增加，就可以大規模的實現城市之間直達貨車的開通，就可以實現班車式的直達專列，這樣就可以不再採用必須經過編組、湊整的傳統鐵路運輸方式，這就給綜合物流中心提供了設立的可能性。
(2)末端物流配送系統的廣泛建立。城市之間物流數量的增加促成城市之間可以實現鐵路直達列車運行，這隻解決了幹線運輸問題。如果沒有有效的方式來代替分布在城市各個方位的小貨站和專用線的問題，城市之間的貨運量不能集中在綜合物流中心，而出現較大的貨運量分流，這就無法保證綜合物流中心之間的大規模直達列車的貨運。因此，解決末端物流的問題便成為綜合物流中心的非常重要的支撐要素。
由於配送方式在城市中的廣泛採用，綜合物流中心與若干配送中心相銜接，或者綜合物流中心本身就具備城市配送系統的配送中心作用，就能夠解決利用汽車運輸覆蓋整個城市的問題。而且，由於汽車具有“到戶”的優勢，這就從更高的水平上超越了小貨站、專用線的運輸方案，使綜合物流中心之間的幹線運輸與在城市區域內的配送有效地組合成新型的現代物流系統，從而完善了整個物流。
(3)城市更加注重可持續發展。城市對可持續發展展的重視也是建立綜合物流中心的重要條件。交通阻塞、車輛噪音、尾汽污染、車禍事故等作為現代城市的重要問題日益受到了我國城市的重視。因此通過合理的物流規劃和物流組織，限制汽車在城市中的運行時間和運行數量，減少貨運鐵路、專用線、貨運站埸在城市內的占地是各個城市都十分重視的問題。採用綜合物流中心的方案，可以有效地為解決這些問題提供可行的選擇，因此受到了重視。
(4)科技進步對綜合物流中心提供了全方位的科技支持。綜合物流中心的方案之所以在過去不可能被採用，重要原因是科技不能支撐這種大規模集約型的物流據點。現在科學技術已經可以給綜合物流中心的若干關鍵領域提供有力的支撐。例如，高效的信息系統給完善的計畫提供了保證，完善的計畫系統可以對時間做出精確的安排，有效地末端物流系統可以保證集貨、配送的準時，先進的裝卸系統可以實現多種形式的火車與汽車之間直接銜接，計算機網路可以保障各個業務環節的暢通等等。所以，由於現代科學技術的作用，可以實現這一系統的創新。
作用
綜合物流中心的集約作用。主要表現在：量的集約，將過去許多個貨站、場集約在一處;貨物處理的集約，表現在將過去多處進行分散的貨物處理，集約在一處;技術的集約，表現在綜合物流中心中採用類似生產流程式的流程和大規模處理設備;管理的集約，可以利用現代化手段進行有效地組織和管理。
綜合物流中心的有效銜接作用。主要表現在實現了公路、鐵路兩種不同運輸形式的有效銜接。
綜合物流中心對聯合運輸的支撐作用。主要表現在對已經套用的集裝、散裝等聯合運輸形式，通過綜合物流中心使這種聯合運輸形式獲得更大的發展。
綜合物流中心對於聯合運輸的擴展作用。受過去條件的限制，聯合運輸僅止在集裝系統等領域才獲得了穩固的發展，其他散雜和分散接運的貨物很難進入聯合運輸的領域。採用綜合物流中心之後，可以通過綜合物流中心之間的幹線運輸和與之銜接的配送、集貨運輸使聯合運輸的對象大為擴展。
綜合物流中心對提高物流水平的作用。主要表現在縮短了物流時間，提高了物流速度，減少了多次搬運、裝卸、儲存環節，提高了準時服務水平，減少了物流損失，降低了物流費用。
綜合物流中心對改善城市環境的作用。主要表現在減少了線路、貨站、貨場、相關設施在城市內的占地，減少車輛出行次數，集中進行車輛出行前的清潔處理，從而起到減少噪音、尾氣、貨物對城市環境的污染。
綜合物流中心對促進城市經濟發展的作用。主要表現在降低物流成本對降低企業生產成本從而促進經濟發展方面的作用，以及完善物流系統在保證供給、降低庫存從而解決企業後顧之憂方面的作用。
體制弊端
我國建立綜合物流中心的體制條件是不具備的。雖然幾經改革，但是，在我國經濟領域中，部門分割的問題、地區分割的問題是阻礙包含綜合物流中心在內的物流大系統得以建立和完善的重要原因。作者在探討這個問題的時候，對一些大城市作了調查，發現我國重要的大城市在制定下一個世紀的發展規劃時，公路交通領域在規劃自己的各級樞紐和物流中心，鐵路部門也在規劃自己的貨運站、場及線路、編組站，而很少有統籌幾個方面的綜合規劃。值得重視的是，如果交通、鐵道都按各自的規劃，投入巨資建成了獨立運行的物流中心，而不事先綜合規劃，一旦建成之後，就會更加促使不同運輸方式的分割，使不同運輸方式的有效銜接更加困難。屆時，再提出綜合物流中心這樣的“綜合設施”或“綜合樞紐”的問題便為時已晚。雖然，經濟發展的要求會逐步解決這個問題，但是走彎路、貽誤了時間、浪費了大量的投資等問題是不可避免的。
革除這個制度的缺陷，需要在物流領域採取更高層次的計畫手段，解決過分分散和部門分割的問題。
科技創新需要
綜合物流中心作為現代物流系統的重要組成部分，作為“建設統一的交通運輸體系”是勢在必行的。但是，我國在這方面還沒有進行認真的探索，不可能有現成的經驗。因此，經濟體制並不是建立綜合物流中心的唯一障礙，這方面科技進步的不足也是不可忽視的重要障礙。在科技方面應該抓緊做好以下工作：
抓緊研究綜合物流中心的模式、功能; 抓緊研究綜合物流中心的總體規劃和設計工作; 抓緊研究綜合物流中心的可行性研究的方法和程式; 抓緊研究綜合物流中心的建築設計和建築技術; 抓緊研究綜合物流中心設備配置和工藝流程; 抓緊研究開發綜合物流中心的信息系統、管理系統、業務系統等軟體。
系統解決方案
基本信息系統：公用的子系統,提供所有其他子系統的基本數據,是系統必要的部份,凡是其他子系統要參照的數據、組織人員信息與貨主有關的供應商、客戶的信息均包括在內。
訂單系統：是客戶服務部門接受訂單之後，將訂單錄入系統，從而開始單據在物流系統中的流轉過程，同時對訂單進行跟蹤管理，並與客戶之間保持聯繫，向客戶及時的提供訂單的執行情況。
倉庫系統：倉庫系統是物流中心信息系統的重要組成部分，是整個供應鏈管理中不可或缺的一個環節，倉庫系統的高效運作，也必然將推動整個物流系統的高效運作。
本系統是專門面對第三方物流企業的倉庫管理軟體，融合現代物流的管理思想，為物流企業的倉庫管理提供了一個良好的套用平台，並為企業電子商務的套用預留了可擴展的接口。倉庫系統實現了對倉庫運作全過程的管理，包括入庫、出庫、盤點、不良品處理、庫存實時查詢齊備的功能，同時系統實現了對貨品的批次進行精確的跟蹤，提供完善的單據報表，採用嚴格的許可權控制，從而保證了倉庫運作的嚴格、有序、高效。
運輸系統：是物流中心信息系統的重要組成，是整個供應蓮管理中不可或缺的一個環節，運輸的效率直接影響整個物流系統的運作。
本系統是專門面對第三方物流企業的運輸管理軟體，融合現代物流的管理思想，為物流企業的運輸管理提供了一個良好的套用平台，並為企業電子商務的套用預留了可擴展的接口。運輸系統實現了對運輸操作的全過程的管理，包括調度、車輛外協、裝車、短撥、費用處理、投訴受理等功能，同時系統實現了對運輸過程的跟蹤，提供完善的單據報表，採用嚴格的許可權控制，從而保證了運輸操作的嚴格、有序、高效。
客戶收益：該系統要求建立在計算機網路之上，實現數據共享減少數據冗餘，確保數據一致性;同時對大量的運輸信息能進行及時正確的處理，有利於服務客戶，爭取貨源達到擴大市場份額的效果;對運輸生產過程進行管理和監控，加強對資金、人員、車輛等方面管理，促進物流公司物流整體效益的提高。
綜合物流中心繫統系統特點
可維護性好：由於系統採用B/S 模式，所以所有系統的維護工作只需要在伺服器端進行，不需要在客戶端進行任何的升級和維護，大大提高了系統的可維護性
跨地域操作：在任何地點，都可以通過Internet連線上伺服器。對於大型物流公司，必定在全國設有分支機構，通過提供這種方式，就可以使各分支機構間使用同一套系統，實現數據的共享和及時互動。
界面友好、簡單易用：系統採用創新的WEB風格界面，簡明清晰，生動自然，從選單樹中點擊進入功能，使用戶一目了然，易於上手。
清晰的流程：系統的業務流程參照先進的物流理念和多家業界領先的物流公司實際的運營流程，同時深入了解了物流公司自身的運作，制定了清晰的業務流程，使操作人員能夠按照流程清晰的進行實際的操作，保證物流運作有序而高效的進行。
東京綜合物流中心
在物流業高度發達的日本，許多大型企業已不滿足單一從事自營物流，他們通過改造升級原有倉儲設施，並引進最新物流技術，提高了物流運營實力，在不斷拓展3PL業務中向綜合物流企業轉變,東京綜合物流中心就是眾多企業之一。
東京綜合物流中心( 以下簡稱中心)是日本水產株式會社(以下簡稱日水)的下屬企業，過去該企業的經營是以冷藏為主的單一保管業務，除擔負本公司產品的冷藏物流外,還對外出租冷庫。隨著經濟的發展和市場需求的變化，企業只靠出租冷藏庫提供簡單的保管服務難以長久生存。為了生存和發展，也為了滿足社會對冷鏈物流多樣化的需求，日水於1999年（己卯年）10月投資約60億日元新建了東京綜合物流中心，裝備了業界技術水平一流的現代化的倉儲設施。新中心的建設定位在同時擁有保管機能和物流中心機能的多功能型物流中心。目前，該中心是關東地區頗具規模的一流食品冷藏物流據點，產品部分來自日本各地，部分來自海外。除了作為日水商品的物流據點外，中心還開展了以保管為主的食品冷藏庫業務、量販店的物流中心業務等為食品生廠商、零售商和大規模連鎖飲食業的3PL業務，業務覆蓋東京區域的80家超市和部分餐廳、商店，業務量占總公司業務量的20%,年銷售目標15億日元。
為了更好地提供3PL服務，正確、安全、快速地應對客戶訂單，滿足客戶365天全天候對物流服務的需求，實現供應鏈管理，成為真正的綜合物流企業，中心靈活地運用現代化的東京綜合物流中心已有的豐富的食品物流運營經驗,大量採用高水平的冷凍、冷藏保管技術,購置了業界領先的大福公司生產的現代化物流設備,為開展綜合服務積極構建最適合的物流環境。
從幾年來的發展情況看, 中心從自營物流向綜合物流的轉型非常成功。其中，正確決策和資金投放是先決條件，先進的技術設施和嚴格的管理是必要的保障。
先進的倉儲環境
中心的主建築是一座鋼筋混凝土結構的5 層建築物，總建築面積3.54萬平方米，總存儲能力3.53萬噸。內設常溫、冷藏、冷凍、超低溫4個溫度帶，其中：SF級(超低溫冷藏庫)庫容量890 噸，F級冷藏庫(AS/RS)庫容量1.67萬噸，F級冷藏庫(平置)庫容量9606噸(包括C&F級庫容量2647噸)，C級冷藏庫庫容量 5486噸，恆溫倉庫庫容量2645噸。
分級冷藏條件完全滿足各類食品貯藏對溫度的要求，特別是深海魚保鮮冷藏對溫度的苛刻要求，拓展了客戶服務範圍。
中心的冷庫作業自動化，最大限度地保證了食品在冷庫中的品質，滿足了冷鏈物流對溫度的要求。另外，中心在庫區相關部位安裝了對接密封裝置和空氣密封裝置，使分揀作業場所和站台等區域的溫度可以保持在5～10攝氏度，這對冷鏈物流來說是非常關鍵的。
此外，針對日本是地震多發地的特點，中心建設時採用了防震構造設計方案，以確保地震時商品不易遭受損壞。
一流的技術裝備
中心的自動冷藏庫全面引進配置了日本大福公司生產的高速搬運台車、高速自動分類裝置、移動貨架等最新物流系統，實現了各流程作業的機械化和自動化，提高了作業效率，減少了作業失誤率，使人工作業更簡單、強度更低。
從接收進貨到出貨的物流過程全部使用計算機管理，條碼技術和計算機系統提高了庫存管理和進出貨管理水平，簡化了管理程式。
中心的主要搬運管理設備有：AS/RS集約系統(防震構造)F級，約1萬個托盤,12台堆垛機;高速搬運台車[分類搬運台車SortingTransferVehicle(STV)]15台;移動架(移動貨架)F級，約3000個托盤;高速分類裝置(滑塊式分揀機)16斜槽;350米的傳送帶。
此外，中心還具備商品的小分類、再包裝、標價、驗貨等物流加工機能，因倉儲作業中可以平行進行分揀作業，故在減輕客戶負擔的同時能夠提供快速配送服務。另外,中心採用了先進的HACCP(危害分析重要管理點)概念進行安全設計,使作業更安全、運營更高效。
