組織規劃控制就是將控制的功能置入單位的組織機構之中，不使某一部門擁有過分集中的權力，使權力適當分散，形成互相聯繫、互相制約的格局，防止或減少權力過於集中沒有制衡而導致錯弊發生的可能性。
機構控制和適當分權原則有利於管理控制，但布點過多和過度分散會造成業務效率的下降，有礙經濟效益的提高，因此機構控制應把握合理的限度。要建立健全組織規劃控制，目前必須解決兩個問題 ：
1、設立管理控制機構。例如，目前有些上市公司中依據自身經營特點設立了審計委員會、價格委員會、報酬委員會等就是完善內部控制機制的有益嘗試。機構設定因單位的經營特點和經營規模而異，很難找到一個通用模式。比如設立價格委員會的企業大都是規模很大、採用集中採購方式且採購價格變動較大的企業，這些企業設立價格委員會能夠有效加強採購環節的價格監督與控制。再比如，對於規模大、技術含量很高、高知人員雲集、按勞取酬的企業，通過設立報酬委員會進行管理層持股及股票期權問題研究，能夠提高報酬計畫按勞取酬科學性、加強報酬計畫執行中的透明度和監控力度。
2、推行職務不兼容制度，杜絕高層管理人員交叉任職。交叉任職主要體現在董事長和總經理為一人，董事會和總經理班子人員重疊。在上市公司中，這一問題雖有了較大的改變，但從公司制企業的總體上看，仍普遍存在。這種交叉任職的後果是董事會與總經理班子之間權責不清、制衡力度銳減。關鍵人大權獨攬，一人具有幾乎無所不管的控制權，且常常集控制權、執行權和監督權於一身，並有較大的任意性。交叉任職違背了內部控制的基本原則，必然帶來權責含糊，易於造成辦事程式由一個人操縱的現象出現。事實上，資金調撥、資產處置、對外投資等方面出現的問題重要原因之一在於交叉任職，董事會缺乏獨立性。因此，建立內部控制框架首先要在組織機構設定和人員配備方面做到董事長和總經理分設、董事會和總經理班子分設，避免人員重疊。
