隨著社會的發展進步，養殖業已經成為我國農村經濟建設的重要支柱，在生活和經濟效益得到提高的同時，畜禽糞便帶來的環境污染問題不容忽視。對糞便進行科學管理和無害化處理，並對其進行再利用是減少環境污染，創造經濟效益的有效途徑。
糞便有機肥化再利用技術
直接施用
畜禽糞便是優質的有機肥料。在我國傳統農業生產中，主要是將畜禽糞便直接或經簡單堆漚後施用。有研究表明，新鮮豬糞中的揮發性脂肪酸具有抑制和消除植物土傳病害的作用。因此，將新鮮豬糞作為肥料直接施入大田，既可以為作物提供營養元素，又可以消除一些土壤中的病害。直接施用的方法投資成本低，操作簡便，易於被農民接受和利用。但畜禽糞便中水分含量高，不便於大量施用等原因在一定程度上限制了這種方法的套用。
堆腐後施用
堆肥是在人為控制堆肥因素的條件下，根據各種堆肥原料的營養成分和堆肥過程中對混合堆料的碳氧比、顆粒大小、水分含量和pH值等條件的要求，將計畫中的各種堆肥材料按一定比例混合堆積。在好氧、厭氧或好氧一厭氧交替的條件下，對糞便進行腐解，作為有機肥施用。堆肥過程中的主要影響因素包括通風、溫度、填充料的選擇、堆料含水率、適宜的碳氮比和pH值等。堆肥過程中要嚴格控制好各個堆肥因素，使堆肥條件達到最佳，以加快腐熟。
微生物菌劑發酵後施用
將經過選培的有益微生物菌劑加入到畜禽糞便中，通過微生物發酵堆腐而生成有機肥施用。自然堆肥初期微生物量少，需要一定時間才能繁殖起來，人工添加高效微生物菌劑可以調節菌群結構、提高微生物活性，從而提高堆肥效率、縮短發酵周期、提高堆肥質量。研究表明，施用經微生物菌劑發酵的畜禽糞便製備的有機肥較非菌劑發酵的有機肥更能促進作物生長，增加產量，提高抗病性，改善作物品質。因此，在畜禽糞便中添加微生物菌劑進行發酵後施用，不僅可以提高腐熟速度和肥效，還可以改善作物品質 。
糞便飼料化再利用技術
畜禽糞便不僅是優質的有機肥料，而且是良好的畜禽飼料資源。畜禽糞便中含有未消化的粗蛋白、粗纖維、粗脂肪和礦物質等。對其進行適當處理，可殺死病原菌，提高蛋白質的消化率和代謝能力，改善適口性，作為飼料利用。
直接飼餵
在美國，用雞糞混合墊草直接飼餵奶牛的方式已被普遍使用。在飼料中混入上述糞草飼餵奶牛，其結果與飼餵豆餅的飼料效果相同。此方法簡便易行，效果也較好，但要注意做好衛生防疫工作，避免疫病的發生和傳播。
乾燥法
乾燥法分為自然乾燥法和機械乾燥法兩種。自然乾燥法是將新鮮畜禽糞便單獨或摻入一定比例的糠麩拌勻後，攤在水泥地面或塑膠布上，隨時翻動，讓其自然風乾、曬乾，然後粉碎，摻到其他飼料中飼餵。此法成本較低，操作簡便，但受天氣影響大，且易造成環境污染。
目前，畜禽糞便用機械乾燥法處理後用作飼料套用較為廣泛。機械乾燥法是採用相關設備進行乾燥，以達到除臭、滅菌、除雜草等目的。除傳統乾燥設備外，新型微波處理動物糞便設備採用微波技術使動物糞便通過加熱器受到強大的超高頻電磁波輻射處理，從而達到乾燥、滅菌、殺蟲和除臭的目的，將動物糞便轉化成再生飼料。
熱噴法
熱噴法是將畜禽糞便經過熱蒸與噴放處理，改變其結構和部分化學成分，並經消毒、除臭，使畜禽糞便變為更有價值的飼料。將新鮮雞糞先晾至含水量30%以下，再裝入密閉的熱噴設備中，加熱至200℃左右，壓力為8～15 kg/m ．經過3～4 min處理，迅速將雞糞噴出。其體積可增大30%左右。此法處理後的雞糞膨鬆適口，有機質消化率可提高10%，並可消滅病菌，除去臭味。熱噴技術投資少、能耗低、操作簡便，具有廣闊的利用前景。
糞便能源化再利用技術
直接燃燒
在草原地區，牧民們收集晾乾的牛糞作為燃料直接燃燒，用來取暖或者燒飯，這是糞便直接作為能源利用的最簡單的方法，但是此法利用不夠充分，且易造成空氣污染。
乙醇化利用
畜禽糞便含有豐富的纖維素資源。將畜禽糞便中的木質纖維素進行預處理，轉化為糖，進一步發酵成酒精，可作為乙醇化的原料。畜禽糞便的乙醇化利用可替代糧食生產酒精，創造巨大的經濟效益，但目前尚未見工業化生產的相關報導。
沼氣化利用
畜禽糞便生產沼氣是利用受控制的厭氧細菌分解作用，將糞便中的有機物轉化成簡單的有機酸，再將簡單的有機酸轉化為甲烷和二氧化碳。沼氣可燃燒或發電，沼渣和沼液可作為肥料或飼料。畜禽糞便的沼氣化利用可在多方面代替煤、石油、天然氣等不可再生資源，既節約資源又保護環境，一舉多得，具有廣泛前景，但如何提高沼氣出產率是制約其發展的關鍵問題。
發電利用
將畜禽糞便以無污染方式焚燒，然後發電利用，焚燒過程中產生的灰分還可作為優質肥料。1992年，英國Fibrowatt公司用雞糞作燃料建立了發電廠。
其他糞便再利用技術
熱解技術利用
畜禽糞便在缺氧或無氧條件下熱降解，最終可生成木炭、生物油等。畜禽糞便的低溫慢速熱裂解可製取活性炭產品。目前關於畜禽糞便的中溫熱解處理技術大多處於實驗室研究階段，實現工業化套用還需進一步深入研究。畜禽糞便的高溫閃速熱裂解是在高溫、高壓狀態下使反應物達到超臨界狀態液化而得到高熱值的生物油，此技術目前在套用方面還存在許多困難，國外相關技術僅處於實驗室研究階段，國內尚未見相關報導。
栽培食用菌利用
畜禽糞便含有豐富的有機質和N、P、K等元素，加入一定的輔料堆制發酵後，可用於食用菌栽培。在畜禽糞便中加入含碳量較高的稻草或秸稈調節碳氮比，再添加適當的無機肥料、石膏等，堆制後可作為培養基栽培食用菌。利用畜禽糞便栽培食用菌可作為一個經濟項目向種植戶推廣，增加收益。
