GPI 錨定蛋白的C末端是通過乙醇胺磷酸鹽橋接於核心聚糖上,該結構高度保守, 另有一個磷脂結構將GPI 錨連線在細胞膜上。核心聚糖可以被多種側鏈所修飾, 比如乙醇胺磷酸鹽基團,甘露糖, 半乳糖,唾液酸或者其他糖基。一些複雜的側鏈結構如N-乙醯氨基半乳糖在哺乳動物和原蟲中都發現。另外,像1,2-二醯基甘油,1-烷基-2醯基甘油, 單醯基甘油以及神經醯胺都可作為GPI 錨結構的類脂成分。而且某些GPI 錨定蛋白的醯基取代基也可能是功能結構的一部分。這些醯基基團通過抑制磷酸鹽的形成來使GPI 錨不受PI-PLC( phosphat-idylinosito-l specific phospholipase C) 的影響。葡糖胺核心極少被修飾, 不過NETNES( 克氏錐蟲的一個糖蛋白) 的GPI 錨例外。
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