1898年(光緒二十四年)“戊戌變法”時，廢科舉，興學堂，童茂倩經推薦擔任順天中學堂監督。變法失敗後，離開北京，回鄉隱居。不久被推舉為皖北教育總會會長。1906年任安徽教育總會會長、安徽咨議局局長。任職期間，興辦了各類學校，如蕪湖安徽公學、安慶尚志學堂、安慶高等學堂等，傳播科學文化知識，還安置不少革命黨人在學校任教。
1908年11月19日，革命黨人熊成基、張勁夫、范傳甲等舉行安慶馬炮營起義，因寡不敵眾而失敗。清軍大肆搜逮革命黨人，童茂倩積極營救，用巧計放走一批，保釋一批，還派人尋找死難烈士張勁夫等人遺體，妥善安葬。1911年辛亥革命中，革命黨人吳谷於10月底在安慶城內起義失敗，清軍閉城搜捕。童茂倩急訪安徽巡撫朱家寶，對他說：“聽說革命黨人帶了幾百枚炸彈進入城內，攻城不成，即與城同歸於盡。為了巡撫的生命安全，為了黎民百姓，最好暫開城門，禁入不禁出，使亡命之徒攜炸彈逃出，以免發生禍害。”因此，革命黨人安然轉移。11月初，吳谷又率革命軍自九江來攻安慶。朱家寶布置兵力堅守。童茂倩又以省咨議局名義勸告朱家寶順應革命大勢，停止抵抗。11月2日，安徽省宣布獨立後，童茂倩先後被推舉為都督、民政長、參議院議員等職，皆堅辭。後因省城局勢混亂，回到家鄉，專意興辦地方教育。創辦“廬陽私立正誼中學”等學校。1926年，安徽省長高世讀派專輪請童茂倩出任安徽大學校長，這時童已68歲，以年老力辭，後擔任名譽校長。1927年“四一二”反革命政變後，童茂倩寫詩給蔣介石，勸他不要倒行逆施、違背總理遺志。蔣令安徽當局監視童茂倩，尋機逮捕。1931年“九一八”事變，東三省淪陷，童茂倩憂慮時局，積鬱成病，於1932年8月29日逝世。北京、上海、合肥、蕪湖、安慶等地召開“童茂倩先生追悼大會”，公謚“憲文”，收其生平事跡於1934年送安徽省通志館立傳。
童茂倩詩詞文章名重當時，但大多散失，僅存《存吾春館詩集》《童茂倩先生詩》等抄本。
民國初年美須髯公童茂倩