主要職能
職責調整
（一）取消已由市政府公布取消的行政審批事項。
（二）將食品衛生許可，餐飲業、食堂等消費環節食品安全監管職責劃入市食品藥品監督管理局。
（三）承擔食品安全綜合協調、組織查處食品安全重大事故的職責。
（四）指導食品企業制定企業食品安全標準並做好標準備案工作，組織實施國家基本藥物制度。
主要職責
（七）負責衛生應急工作，制定衛生應急預案和政策措施，負責突發公共衛生事件監測預警和風險評估，指導實施突發公共衛生事件預防控制與應急處置，發布突發公共衛生事件應急處置信息。
（八）制定轄區內中醫藥中長期發展規劃，並納入衛生事業總體規劃和戰略目標。
（九）規範衛生行政執法工作，按照職責分工負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理，負責公共場所和飲用水的衛生安全監督管理，負責傳染病防治監督。
（十）推進公立醫院改革，組織建立規範的公立醫院管理體制和運行機制；負責醫療機構（含中醫院、民族醫院等）醫療服務的全行業監督管理，制定醫療機構醫療服務、技術、醫療質量和采供血機構管理的政策、規範、標準，組織制定醫療衛生職業道德規範，建立醫療機構服務評估和監督體系。
（十一）組織制定醫藥衛生科技發展規劃，組織實施重點醫藥衛生科研攻關項目，參與制定醫學教育發展規劃，組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。
（十二）指導衛生人才隊伍建設工作，組織制定全市衛生人才發展規劃，組織實施衛生專業人員執業資格考試工作。
（十三）組織開展衛生方面的國際交流活動，落實衛生援外以及與港澳台的衛生合作工作。
（十四）負責市保健對象的醫療保健，負責市直部門有關幹部醫療管理，負責全市重要會議與重大活動的醫療衛生保障。
（十五）承擔市愛國衛生運動委員會和市防治愛滋病工作委員會的具體工作。
（十六）承辦市政府交辦的其他事項。
機構設定
市衛生局共設有13個職能科室.
辦公室
協助局領導組織綜合性政策調研，擬訂衛生工作重大政策；協調機關政務工作，擬訂局機關各項工作制度；負責會議組織、文電處理、秘書事務、機要保密、行政後勤管理、對外接待以及信息、文書檔案、信訪工作；負責組織協調人大代表建議和政協委員提案的辦理工作；負責衛生系統信息化建設等工作；組織協調局機關相關科室落實醫藥衛生體制改革具體工作目標。
黨委辦公室
負責機關和直屬單位的黨建、組織工作；負責全市衛生系統政務公開、行風建設、黨員教育、組織發展、宣傳、統戰、工青婦群、出國政審工作；會同相關科室做好副科級以上幹部的考察任免和直屬班子考核工作；負責機關離退休幹部工作；負責黨群幹部任免。
人事科
擬訂全市衛生人才發展規劃並指導實施；按照幹部管理許可權負責局機關和直屬單位幹部任免、考核和培訓工作；承擔局機關及直屬單位機構編制、人員調配、人事檔案管理、工資保險、獎勵評先、衛生援外、年度考核等有關事宜；承擔直屬單位衛生技術人員職稱考評、聘任工作；指導事業單位人事制度改革。
規劃財務科
擬訂全市衛生事業發展規劃；統籌規劃與協調全市衛生資源配置，管理大型醫用裝備的配置；提出醫療服務價格、藥品價格、基本醫療保險費用結算等政策的建議；組織擬訂全市衛生裝備管理標準辦法和標準；擬訂藥品和醫療器械採購相關規範；負責衛生事業和局機關財務管理工作；負責國有資產管理監督與內部審計工作；負責全市衛生統計工作。
法規科
（食品安全綜合協調與衛生監督科）
承擔食品安全綜合協調職責，擬訂並組織實施全市食品安全發展規劃和年度工作方案，督導有關部門和縣區政府落實食品安全監管責任，建立健全食品安全監督管理部門的綜合協調工作機制，收集食品安全風險信息和資料，會同有關部門對食品安全狀況進行綜合分析，做好高風險食品的監測和預警工作；組織實施食品安全專項整治工作，加強食品安全監管長效機制建設，做好食品安全年度綜合評價和考核工作；指導食品企業制定企業標準並做好標準備案工作；負責食品安全法律、法規及食品安全標準和知識的普及工作；組織查處食品安全重大事故，並做好信息發布工作；指導規範全市衛生行政執法工作，督辦重大衛生違法案件；負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責公共場所、飲用水等的衛生監督管理；負責傳染病防治監督；承擔有關行政複議和行政訴訟工作；承擔機關有關規範性檔案的合法性審核工作；組織開展衛生普法宣傳工作；擬訂並組織實施衛生政策宣傳規劃和規章制度；承擔市食品安全委員會辦公室日常工作 。
疾病控制科
（衛生應急辦公室）
貫徹執行國家《傳染病防治法》等法律法規，擬訂傳染病、地方病、慢性非傳染病以及公共衛生相關疾病的防治規劃和措施；組織指導計畫免疫接種規劃的實施；組織協調有關部門開展地方病防治；承擔法定報告傳染病疫情信息的管理工作；組織調度全市衛生技術力量對重大疫情實施緊急處置，預防和控制疾病的發生和疫情的蔓延；負責轄區內疾病預防控制機構建設、業務指導和考核；負責衛生應急工作；承擔市防治愛滋病工作委員會辦公室日常工作。
農村衛生科
根據國家和省、市政府有關農村衛生政策，制定全市農村衛生髮展規劃，監督指導農村衛生政策的落實；指導各縣（區）農村衛生服務體系建設，組織開展鄉鎮衛生院和村衛生室標準化、規範化建設；負責全市鄉村醫生管理、培訓、考核註冊工作；負責全市新型農村合作醫療管理，指導各縣區制定新型農村合作醫療實施方案並進行考核、評估、監督運行。
基層衛生與婦幼保健科
承擔城市社區醫療衛生服務體系建設工作；擬訂並組織實施婦幼衛生工作發展規劃、規範；擬訂並指導實施城市社區衛生改革與發展規劃、相關政策和服務標準，會同有關部門對社區醫療服務機構組織開展年度績效考核；擬訂並指導實施健康教育、健康促進規劃；擬訂全市婦幼衛生技術標準並組織實施；對婦幼保健實施監督管理，牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作 。
醫政科
（醫療服務監管科、藥物政策與基本藥物制度科）
研究制定全市醫療機構設定規劃；擬訂醫療機構、醫療護理技術套用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範、標準，並組織指導實施；負責醫療機構醫療服務的監管工作；建立醫療機構質量評價和監督體系，組織開展醫療質量、安全、服務監督和評價等工作；整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為；擬訂醫務人員執業標準和服務規範；指導醫院藥事、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作；參與藥品、醫療臨床試驗管理；組織制定市醫療機構醫療服務監管辦法並組織實施；組織實施城市醫院對口幫扶和衛生支農工作；負責重大人員傷亡事件組織緊急醫療救援工作。建立健全以公益性為核心的公立醫院管理體制，承擔推進公立醫院管理體制改革工作；組織實施國家基本藥物制度，擬訂全市基本藥物使用管理制度，建立健全基本藥物使用監督管理體制，加強對轄區內的各類醫療機構臨床用藥監督管理；擬訂全市基本藥物的採購、配送、使用的政策措施，會同有關方面提出基本藥物目錄內藥品生產的鼓勵扶持政策。
中醫科
貫徹執行國家制定的中醫行業方針、政策和法規、條例；制定市中醫行業發展戰略規劃與年度計畫，中西醫結合的醫療護理、康復保健工作的業務指導；負責處理中醫醫療糾紛、執業、醫療氣功、中醫科研教學；加強對中醫藥人員職業道德教育，對中醫、中西醫結合社會團體進行歸口管理。
科學技術科
擬訂醫藥衛生科技發展規劃；組織實施全市重點學科建設和重點醫藥科研攻關項目；指導醫療衛生方面的技術推廣和科學普及工作；組織研究醫學衛生技術標準；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織指導衛生專業技術崗位培訓工作；承擔組織開展醫學類專業繼續教育和畢業後醫學教育工作；負責衛生行業全市性社團的綜合管理、組織協調工作；指導衛生專業人員執業資格考試工作；組織開展衛生方面國際交流活動。
保健科
擬訂並組織實施全市保健工作的政策和規劃；負責市委保健領導小組確定的保健對象的醫療保健和預防保健工作；承擔市重要會議及重大活動的醫療衛生保障工作；負責市保健領導小組辦公室確定的醫療保健工作，組織市重大活動醫療保健工作；負責暑期重要外賓、中央首長及省、市領導醫療保健工作。
安全科
貫徹執行上級有關安全的法律、法規、方針、政策和指示精神；負責督促所屬單位安全責任制度和工作制度的健全和落實；負責對所屬單位安全考核和獎懲；組織開展本系統安全生產的檢查，督促整改隱患，對違法行為和隱患提出意見；組織開展安全生產宣傳教育和培訓工作；協助有關部門調查處理重大安全事故。
紀檢委（監察室）。負機關和所屬單位的紀檢監察工作。
秦皇島市愛國衛生運動委員會辦公室
主要職責：宣傳、貫徹和實施有關法律法規和規章，統一規劃部署、協調並指導本行政區域內的愛國衛生工作；組織實施愛國衛生工作監督檢查、考核鑑定和效果評價；動員全社會參加愛國衛生運動，指導創建衛生城市、衛生縣城和衛生村鎮；指導農村改水改廁，組織開展全民健康教育，消除病媒蟲害和控制吸菸等工作；開展“創建健康城市”、“創建國家衛生城市”活動。
