組織結構
其組織結構通常分為：
（1）項目招商部：招商引資，項目洽談，企業進駐審批，收集各類科技、經濟信息和市場情報，推薦投資合作項目，翻譯，三資企業工商註冊服務等。
（2）產業服務部：企業生產、科研、市場行銷、財務管理、智慧財產權、標準化等全過程服務，內資企業工商註冊、稅務登記"一條龍"服務，進駐企業畢業認定，協助高新技術企業、產品和各類項目的申報，研究企業發展模式，指導和培訓進駐企業進行現代化管理，做好企業數據統計，科技中介機構的管理等。
（3）綜合服務部：對外宣傳，接待，文秘，檔案，內部財務管理，信息調研，內部管理等。
（4）物業管理部：孵化基地的水、電、設備、環境衛生、保全、企業策劃等一系列物業後勤配套服務。
（5）信息部：孵化基地計算機網路管理及相關專業技術信息服務等。
一個成功的孵化器離不開五大要素：共享空間、共享服務、租用企業、孵化器管理人員、扶植企業的優惠政策。企業孵化器為創業者提供良好的創業環境和條件，幫助創業者把發明和成果儘快形成商品進入市場，提供綜合服務，幫助新興的小企業迅速長大形成規模，為社會培養成功的企業和企業家。
現狀趨勢
發展狀況
中國科技企業孵化器起源於 20 世紀 80 年代中後期， 1987 年中國誕生了第一個科技企業孵化器——武漢東湖創業服務中心。經過 15 年的發展，科技企業孵化器的數量持續增長，孵化能力不斷增強。
據 2003 年底的統計，全國已有包括創業服務中心、留學人員創業園和大學科技園在內的各類科技企業孵化器 489 家 , 詳見表 1 、表 2 和表 3 。
表 1 創業服務中心發展概況 (1997 ～ 2003 年 )
| 1997 | 1998 | 1999 | 2000 | 2001 | 2002 | 2003 | |
| 創業服務中心數 ( 個 ) | 80 | 77 | 110 | 131 | 280 | 334 | 386 |
| 場地面積 ( 萬平方米 ) | 77.4 | 88.4 | 188.8 | 272.1 | 509 | 541.2 | 1125.4 |
| 在孵企業數 ( 個 ) | 2670 | 4138 | 5293 | 7693 | 12821 | 18658 | 24309 |
| 當年新孵化企業 ( 個 ) | 807 | 1244 | 1711 | 2389 | 5048 | 6750 | 7840 |
| 在孵企業人數 ( 人 ) | 5600 | 68975 | 91600 | 128776 | 263596 | 332069 | 441532 |
| 累計畢業企業數 ( 個 ) | 825 | 1316 | 1934 | 2770 | 3994 | 5849 | 8415 |
目前，中國已經形成具有較大規模的孵化器隊伍，數量位居世界前茅，列開發中國家之首。經過孵化器這個“高新技術企業搖籃”培育的科技型中小企業得到了很好的發展，不僅湧現出一大批成熟的畢業企業，為我國高新技術產業發展提供了源源不斷的後備力量，而且一批畢業企業已經成為高新技術產業發展中的中堅。科技企業孵化器已經成為我國高新技術產業發展的重要因素。
發展趨勢
我國科技企業孵化器的發展已形成自己的特色並開始呈現多種形態。孵化器正朝著形式多樣化、功能專業化、投資主體多元化和組織網路化方向發展。
在形式多樣化方面：不僅有綜合性的創業中心，而且近年來發展了一批留學人員創業園、大學科技園和海外創業園等。如今，已有依託清華大學、上海交通大學、武漢大學、重慶大學、四川大學、廈門大學等高等院校建立了 58 家大學科技園孵化器；北京、上海、蘇州等地依託創業中心和高新區建立了 50 多家留學人員創業園，為海內外留學人員和海外華人提供創業的全程服務；在美國、俄羅斯、新加坡、英國等地建立了海外創業園。
在功能專業化方面 ：興建了一批以中小型的軟體開發企業為主要培育對象的軟體園；廈門軟體園（海西股權投資中心）、上海張江生物醫藥孵化器、北京醫科大學醫藥孵化器、北京 863軟體孵化器、北京北內製造業孵化基地、北京新材料孵化器、陝西楊凌農業專業孵化器、天津塘沽海洋技術專業孵化器等一批專業技術孵化器已經投入運營。
在投資主體多元化方面：除了有政策性孵化器外，商業性孵化器的發展呈現良好態勢；管理體制已從事業型為主，向企業型、事業單位企業化管理並重模式轉變。一批國有和民營大中型企業、風險投資機構和跨國公司已經在中國創建了企業孵化器，以孵化器數量最多的北京為例，在 2000 年統計的 25 家孵化器中，大學投資的孵化器占 5 家，國企投資的孵化器占 7 家，民營企業投資的占 1 家，政府投資的占 7 家，國外公司投資的占 2 家，其他孵化器占 3 家。
在組織網路化方面：為促進孵化器優勢互補，協同發展，企業孵化器的工作組織網路也應運而生。 1993 年高新技術產業開發區協會建立了高新技術創業服務中心專業委員會，這是第一個全國性的科技企業孵化器網路( 組織 ) ，目前已擁有 100 多家正式會員，每年都舉辦研討、交流活動並與國外同行建立聯繫。設立在科技資源比較豐富的中心城市，連線本城市各類型孵化器的城市孵化器網路，目前已在北京、上海、武漢等地建立；中西部 12 個省市、華北、東北和華東地區先後建立了區域科技企業孵化器網路。此外，中國還積極參與了國際孵化器網路組織的有關活動。
孵化器在對中小型科技企業的孵化的實踐中，在創業投資、綜合服務方面進行了大膽嘗試與探索。目前已有 50% 左右的孵化器以孵化基金、擔保公司等多種形式對孵化企業提供投資、貼息及擔保等多種方式的投融資服務。截止 2003 年底，全國各地已建立孵化基金 33.3 億元，並初步形成了一支創業投資管理專業隊伍。許多孵化器將科技、管理、金融、財稅、貿易、中介等機構引入中心，一方面保證了政府給創業企業的優惠政策到位，另一方面為創業企業搭建一個全面服務的平台。
當前，中國科技企業孵化器的發展處於從經典型的綜合性孵化器向現代多種類型的專業孵化器發展的轉型時期；由政府單一投資建立的社會公益性孵化器擴展到政府、大學、研發機構、企業、投資機構獨立或合作建立的社會公益性、非營利性或營利性孵化器共存的多元化發展時期；由單獨依靠科技資源向依託科技資源與產業資源最佳化重組相結合的方式轉變；由在高新區內建立向以高新區為基地輻射到任何有條件地方發展；由只建立孵化機構向建立以孵化器為核心，以網路為手段、吸引創業資本、相關中介服務機構和研發機構共同參與的科技創新孵化體系過渡。
同時，隨著我國改革開放的不斷深入和孵化器實踐的不斷深化，在孵化器這一新生事物的運行中，也出現了與原有體制和機制的碰撞、理論和現實的矛盾、觀念和理解的差異，政策性、事業型孵化器普遍存在體制上的缺陷，孵化器管理人員的約束和激勵機制尚不健全。
一些地方重數量輕質量、數量增長快、服務功能滯後，相當一部分孵化器管理人員缺乏企業管理的經驗和能力，對入駐企業缺乏判斷和識別能力；孵化器物業建設出現追求“豪華”的傾向，導致孵化器建設和運營成本上升，對創業企業和孵化器發展不利。
外部需求
作為一種特殊形式的中介機構，孵化器的基本任務是為被孵化企業提供各種外部資源的服務。被孵化企業對外部資源的需求一般應包括：
（1）創業支持：包括企業創辦手續服務、基礎條件的提供等；
（2）諮詢與培訓：包括政策、財務、稅務、人事管理的諮詢及相應的培訓等；
（3）要素資源服務：包括人才、技術、產品、資金和市場協作網的建立和有效服務；
（4）信息化服務：包括建立數位化網路平台、提供網上培訓、展示、電子商務服務等。
孵化器要進行服務方式的創新，引入社會力量為孵化器及其在孵企業提供服務，推進孵化服務的社會化。孵化器要發揮自己的優勢，對於自身沒有優勢的服務項目，要充分發揮和藉助社會機構的力量，引入專業化的服務；要探索有償服務的方式和方法，通過有償孵化服務促使孵化器提高服務質量和服務效率，使在孵企業能獲得水平和質量不斷提高的個性化孵化服務。
有關政策
一、自2008年1月1日至2010年12月31日，對符合條件的孵化器自用以及無償或通過出租等方式提供給孵化企業使用的房產、土地、免徵房產稅和城鎮土地使用稅；對其向孵化企業出租場地、房屋以及提供孵化服務的收入，免徵營業稅。
二、對符合非盈利組織條件的孵化器的收入，自2008年1月1日起按照稅法及其有關規定享受企業所得稅優惠政策。
三、享受本通知規定的房產稅、城鎮土地使用稅以及營業稅優惠政策的孵化器，應同時符合下列條件：
1、孵化器的成立和運行符合國務院科技行政主管部門發布的認定和管理辦法，經國務院科技行政管理部門認定，並取得國家高新技術創業服務中心資格；
2、孵化器應將向孵化器企業出租場地、房屋以及提供孵化器服務的業務收入在財務上單獨核算；
3、孵化器內提供給孵化企業使用的場地面積應占孵化器可自主支配場地面積的75%以上（含75%），孵化器企業數量應占孵化器內企業總量的90%以上（含90%）。
四、本通知所稱“孵化企業”應當同時符合以下條件：
1、企業註冊地及辦公場所必須在孵化器的孵化場地內；
2、屬新註冊企業或新申請進入孵化器前企業成立時間不超過2年；
3、企業在孵化器內孵化的時間不超過3年；
4、企業註冊資金不超過200萬元；
5、屬遷入企業的，上年的營業收入不超過200萬元；
6、企業租用孵化器內孵化場地面積不低於1000平方米；
7、企業從事研究、開發、生產的項目或產品應屬於科學技術部等部門頒布的《中國高新技術品目錄》範圍，且《中國高新技術產品目錄》範圍內項目或產品的研究、開發、生產業務取得的收入占企業年收入的50%以上。
五、本通知所稱“孵化服務”是指為孵化企業提供的屬於營業稅“服務業”稅目中“代理業”、“租賃業”和“其他服務業”的諮詢和技術服務範圍內的服務。
六、國務院科技行政主管部門負責對孵化器是否符合本通知的各項條件進行事前審核確認，並出具相應的證明材料。
七、各主管稅務機關要嚴格執行稅收政策，按照稅收減免管理辦法的有關規定為符合條件的孵化器辦理稅收減免，加強對孵化器的日常稅收管理和服務。主管稅務機關要定期對享受稅收優惠政策的孵化器進行監督檢查，發現問題的，及時向上級機關報告，並按照稅收征管法以及稅收減免管理辦法的有關規定處理。
