一 科學預測
也就是說，它們固然是科學理論的背景因素，但是總的來說，畢竟沒有進入具體的科學理論，並不構成科學推理的邏輯前提，從而把它放在科學理論之外是比較恰當的。我們在前面已經看到，“在科學理論的結構中，往往有相當人為的成分” 。與之相比，在科學的形上學基礎即科學預設中，這種人為的成分比科學理論的三大構成要素要多得多，乃至占絕對主導地位。從下面的分析和討論中，我們會不時地窺見到這一點。
經查閱有關詞典，在漢語中沒有“預設”（預先假定、預先設立）這個詞，它是英語presuppositions的中譯名，其意為“預先假定”、“預料”、“預先推測”、“預先構想”、“以……為先決條件”。presuppositions還有一個意思，即在邏輯、數學或事實中要求作為前件、前項或先行的東西（antecedent）。在這個意義上，預設被認為無疑是真的東西，是作為某個結論的前提：如果甲預設乙，就說乙可以從甲推演出來。我們意指的“科學預設”與“預設”的後一意思大相逕庭。我們意謂：
科學預設是科學理論賴以開始的、大半未言明的起點，也是科學理論賴以立足的、不易察覺的深層根基，因而是極其自然的和不可避免的，而且在很大程度上是先驗的和集體無意識的。它們是否為真，是不好斷定且不必斷定的，也不是科學家所關注的，他們也許根本就沒有意識到它們的存在。科學預設包括：科學世界觀，科學信念，科學傳統，科學方法，科學基旨（theme或thema），指導原則等。因此，科學預設不像科學公理那樣是某個理論的基本概念和基本假設，而是某個學科（比如物理學或生物學）的所有理論、乃至全部科學科學理論的公共基礎或共同假定，以它們作為邏輯前提——這隻有在清醒地意識到它們時才有可能——根本無法推出具體的科學命題或科學定律。也就是說，它們並不是哪個具體的科學理論的真正的構成要素或組分：它們不是作為某個科學理論的邏輯前提，而是作為科學的背景假定起作用的。
難怪彭加勒把這樣的背景假定稱為“極其自然的假設”，並認為它們“只是外觀看來是假設，它們能還原為隱蔽的定義或約定”。在揭示出它們的自然性、隱蔽性和約定性後，彭加勒也洞察到它們的不可避免性、公共性和穩固性。他說，這種假設人們幾乎不能避免它，比如人們難得不假定，十分遙遠的物體的影響完全可以忽略，小位移遵循線性定律，結果是其原因的連續函式，對稱性給予的條件。事實上，這一切假設形成了數學物理學所有理論的公共基礎，它們是最後應該被捨棄的東西。
二、科學需要預設和存在預設
科學需要言明的或未言明的預設，在科學中確實也存在這樣的預設。 多爾比斷言，所有的認知活動都是在預設的框架內進行的。通常很容易足夠明晰地考慮框架假定，但是我們無法同時注意它們全部，一些假定可能從未引起我們注意而被暴露出來。當我們在任何認知水平上致力於認知活動時，典型地是，其他水平隱含地和間接地是該框架的一部分，從而影響我們的判斷。 科學作為人的一種重要的認知活動，順理成章地也離不開預設的眶架。霍奇森揭示出，科學存在於生活在人類社會的人的精神之中，時代的觀念、信念和概念不可避免地在科學上設立了它們的限度。這些預設可以與科學的自然預設一致，它們使科學繁榮，也可能與之相反而致使科學受到阻礙、窒息甚或根本不能存在。 科梅薩羅夫在肯定科學預設存在的同時，一併點明了這種預設的形上學性質：
科學具有哲學的內容，或者更恰當地講，它依賴於一組哲學預設，哲學預設進而能夠被鑑別和被批判。特別地，我們能夠概括經典科學的理論視野，我們決定這就是客觀主義的觀點。
托蘭斯也斷定，所有的科學探究都有預設，宇宙是固有地有序的，因為不這樣它就不會是可以理解的，或不會在任何地方對理性的研究和描述敞開。 隆季諾則從價值學的角度闡明了科學無法擺脫預設。
科學預設可謂五花八門，形形色色。霍奇森從科學的歷史中窺見，在科學誕生的與境中，比較容易研究它的預設，因為它必然攜帶著它誕生時的世界觀。除非科學家堅定而明確地堅持一組相當特殊的、連鎖的關於世界和關於他對世界的恰當的態度的信念，否則科學甚至不能開始存在。他必須相信，世界是有秩序的和合理性的，這種秩序和合理性對人的精神是敞開的，否則他的事業注定要失敗。他必須相信，
