車站結構
車站樓層福田口岸站的結構共分四層，其中第三層為出境大廳，第二層為入境大廳，而第一層則為車站站廳。兩個側式月台及一個島式站台設於底層，平常使用一個島式月台和一個側式月台。平常使用的兩個月台中，一個側式月台接載從各地往皇崗方向的乘客，而另外的島式月台則接載從福田口岸往少年宮方向的乘客。這種設計在歐洲被稱作西班牙式月檯布局。
福田口岸站有三條軌道，兩條靠月台的是常用軌道，另外一條是事故停車軌道。
地上 三層 | 福田口岸 | 出境大廳、行人天橋往落馬洲支線管制站 |
地上 二層 | 福田口岸 | 入境大廳、行人天橋連線落馬洲支線管制站（入境用） |
地上 一層 | 站廳 | 站廳、售票機 |
地面層 | 側式月台，左邊車門將會開啟 | |
月台 | ←4號線列車往清湖方向 | |
島式月台，左/右車門將會開啟 | ||
月台 | ←4號線列車往清湖方向 | |
側式月台，右邊車門將會開啟 |
站台出口
A出口：通往海悅華庭大廈、裕亨路、漁農村等地。
B出口（只供出站）：通往公交總站西廣場、國花路、福田保稅區海關、商檢大廈等地
公交換乘信息
捷運出口： A公交站名：52、91、203、M204、B689、B618、B685
歷史
車站及口岸啟用
2007年8月15日下午，與皇崗站相連的福田口岸、深圳河對岸落馬洲支線管制站及港鐵落馬洲支線 開通，皇崗站成為另一個深港兩地的過境車站。
站名更改
深圳市規劃局在2008年4月23日公布，皇崗站將會易名為“福田口岸站”，但當時未有指出新名稱何時生效。
同年8月初，部分深圳捷運車站貼出公告，指新名稱會在8月15日生效；深圳捷運系統亦進行調整，調整期間皇崗站與福田口岸站稱謂曾出現共存情況。
2008年8月15日，“福田口岸站”站名正式生效，取代使用了1年左右的“皇崗站”站名。
由2009年7月1日至12月31日，於深圳捷運4號線褔田口岸站內，用成人八達通卡拍一拍特惠站上的閱讀器，即日於落馬洲站入閘即慳HK$3(機場快線除外)。
