發展歷程
福建省港航管理局1985年6月，省交通廳決定對福建港航管理體制進行重大改革，實行政企職能分開。自7月1日起，撤銷“福建省航運管理局”， 原省航管局和福州、廈門港務管理局中事業管理部分劃出，合併組建“福建省港航管理局”， 企業經營部分則組建“福建省輪船公司”。 1994年，福建省航道處撤銷，成立福建省航道局，與福建省港航管理局實行兩塊牌子、一套班子，下設福州分局、閩江分局、航務救撈工程處、勘測設計試驗中心、廈門處、漳州處、泉州處、物資供應站、閩江航道派出所等9個直屬單位。
1996年，經省交通廳上報省編委同意，將省港航管理局所屬“閩江航政監督處”成建制劃出掛靠福州海上安全監督局。1998年，交通部提出對全國水上安全監督管理體制進行改革，在我省成立福建海事局（正廳級單位），原隸屬福州海監局的閩江航政處的人、財、物全部由福建海事局接收，閩江航政處所屬的福州、灣邊、水口、南平四個監督站機構及職能分別直接下放到福州、南平二個設區市交通局。
2000年至2004年，省航道局所屬的福州分局、閩江分局、航務救撈處先後下放福州市，莆田、泉州、漳州航道處及廈門航道分局等也下放所在各地市，各地市行使航道維護、施工與管理職能；省航道局執行全省航道規劃、協調、行業管理職能，勘測設計試驗中心直屬省局，同時加掛福建省港航勘察設計院。2004年，根據福建省人民政府《關於改革全省航道管理體製得通知》（閩政文[2004]1號），將全省沿海與內河航道（含我省負責的航標）的維護、建設、管理職責下放所在的各設區市，福建省航道局改名為福建省航道管理局。福建省航道管理局設在相關設區市的機構的人、財、物成建制下放各所在設區市管理。改革後的省航道管理局仍作為省交通廳直屬的具有對全省航道實施行政管理職能的機構，負責全省航道的行業管理，主要承擔規劃、監督、協調等工作。
2006年3月1日起，福建省地方海事局（福建省船舶檢驗處）的機構和職能正式從福建省運輸管理局劃轉到福建省港航管理局（福建省航道管理局）。2011年2月，根據中共福建省委機構編制委員會辦公室《關於省交通運輸廳所屬事業單位機構編制清理整頓方案的批覆》（閩委編辦[2011]41號）精神，將水路運輸管理職能從福建省運輸管理局調整至福建省港航管理局，撤銷“福建省航道管理局”牌子，“福建省船舶檢驗處”更名為“福建省船舶檢驗局”，與福建省港航管理局、福建省地方海事局合署辦公，負責具體實施全省港口、航道、水路運輸等管理工作，承擔內河水上交通安全監管、內河船舶和水上設施檢驗等工作。
機構簡介
局機關內設10個職能部門，局下轄福建省港航勘察設計院。全局共有職工170餘人，其中具有中高級職稱的專業技術人員占三分之一。
省港航管理局、航道管理局專業齊備，具有豐富的港航建設管理經驗，曾作為建設單位先後承擔了福建省重點工程福州煤碼頭、福州新港區等工程的建設任務。曾榮獲省政府及有關部門授予的“重點項目建設優勝獎”、“重點項目建設先進單位”稱號。先後完成40多項省、部、廳級科研課題研究，其中有11項科技成果分別獲得省部級科技進步二、三等獎。
福建省港航管理局內設處室：辦公室、政治部、財務處、綜合規劃處、港口建設處、航道建設處、港政航政處、政策法規處、科技教育處和監察審計處（紀委）。
