醫院床位編制1200張，開設二十二個病區，擁有副主任、副教授以上高級職稱百餘人，有60餘位學科帶頭人在國家級、省級學會擔任主要職務。設有二十多個臨床一級學科，下設十多個臨床二級學科，配備有檢驗科、影像科 、功能科和病理科等科目齊全的醫技輔助科室。擁有核磁共振（MRI）、多排螺旋CT、數位化血管造影X線儀（DSA）、數字胃腸機、數碼X光機、都卜勒彩超、系列內窺鏡和腔鏡系列、大型全自動生化儀和免疫分析儀等先進醫療儀器設備。具備先進的層流手術室、ICU病房和數十多台血液透析機，開展腹腔鏡手術治療、介入治療
醫院建設有3個國家中醫藥管理局重點學科、4個國家級中醫重點專科專病和12個省級中醫重點專科，是國家中醫藥管理局中醫藥標準化推廣研究基地、中醫藥文化建設單位和福建省中醫臨床研究基地。開設傳統中醫病房、特色診療中心、名中醫工作室和國家級“治未病”預防保健建設項目，開展專科專病門診42個，中醫適宜技術155項，目前已有醫院傳統製劑和專科特色中藥製劑66種，劑型16種，如黃白膠囊、紫白膏、青白散和藿砂合劑等臨床療效顯著。
同時擁有衛生部婦科內鏡診療技術培訓基地、福建中西醫結合研究院微創醫學研究所、骨科臨床研究所、腫瘤臨床研究所，急救量位居全市第二。第一臨床醫學院設有13個臨床教研室、中醫學和中西醫結合學二個一級博士點、中醫學、中西醫結合學、臨床醫學和藥學四個一級碩士點。承擔福建中醫藥大學五年制、七年制的中醫學、護理學、臨床醫學等本科專業理論課堂教學，近年來榮獲省部級科技成果獎數十項。醫院常年承擔國內外、港澳台人員進修學習中醫的教學任務，近年來接待來自美國、德國、芬蘭、丹麥、日本等50餘批海外和港澳台學者來賓。
