劇情簡介
海報持續旅行的小智與皮卡丘一行人，遇到以表演水中神奇寶貝秀而聞名的小碼頭馬戲團的“廣美”。從可與水系神奇寶貝心靈相通的“水之民”的後裔廣美口中，小智得知在水之民所建造的海之神殿亞克夏裡面，藏有被稱為“海之王冠”的秘寶。但是，據說人類的眼睛沒有辦法看到神殿。就在此時，海盜“幽靈”來襲想要搶走廣美所持有的蛋。在激烈的爭奪之中，蛋突然發出強烈的光芒，被稱為瑪納霏的夢幻神奇寶貝，就這樣在小遙的手中誕生了。而這隻瑪納霏正是能解開神殿秘密的關鍵。神奇寶貝保育家“阿傑”的任務是護送瑪納霏平安返回神殿。小智他們與阿傑一同航行跟在瑪納霏後面。途中，瑪納霏為了找回小遙被風吹落海里的頭巾，而消失在海中。小智他們為了尋找瑪納霏也來到了神殿，此時幽靈突然出現在他們面前。他的目的是神殿內水之民的秘寶。可是當幽靈拿走秘寶的瞬間，天花板突然大量進水，亞克夏也開始沉沒。蒼海的王子瑪納霏，現在將引發奇蹟。
角色介紹
 神奇寶貝：神奇寶貝保育家與蒼海的王子瑪納霏 |
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 神奇寶貝：神奇寶貝保育家與蒼海的王子瑪納霏 |
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 神奇寶貝：神奇寶貝保育家與蒼海的王子瑪納霏 |
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 神奇寶貝：神奇寶貝保育家與蒼海的王子瑪納霏 |
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 神奇寶貝：神奇寶貝保育家與蒼海的王子瑪納霏 |
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[角色介紹資料來源]
動畫製作
演員表
| 角色 | 演員 | 備註 |
| 松本梨香 | 小智 | 簡介 主角，來自真新鎮的少年。 |
| 大谷育江 | 皮卡丘 | 簡介 小智的第一隻神奇寶貝。 |
| 上田祐司 | 小剛 | 簡介 為成為神奇寶貝飼育家同小智旅行。 |
| KAORI | 小遙 | 簡介 女主角，神奇寶貝協調訓練家。 |
| 山田恭子 | 小勝 | 簡介 小遙的弟弟。 |
| 林原惠美 | 武藏 | 簡介 火箭隊三人組成員。 |
| 三木真一郎 | 小次郎 | 簡介 火箭隊三人組成員。 |
| 犬山犬子 | 喵喵 | 簡介 火箭隊三人組成員。 |
| 白鳥由里 | 瑪納霏 | 簡介 滄海的王子。 |
職員表
| 製作人 | 吉川兆二、松迫由香子、岡本順哉、盛武源 |
| 監製 | 石原恆和 |
| 原著 | 田尻智、增田順一、杉森建 |
| 導演 | 湯山邦彥 |
| 副導演（助理） | 於地紘仁、飯島正勝、淺田裕二、鎌倉由実、えんどう てつや、徳本善信、高橋ナオヒト、宮尾佳和 |
| 編劇 | 園田英樹 |
| 配樂 | 宮崎慎二、一之瀬剛、青木森一 |
[演職員表資料來源]
動畫音樂
主題歌曲
片尾曲：該守護的東西（守るべきもの）
作詞：Yoshihiko Nishio、作曲：Yoshihiko Nishio、編曲：L.O.E 、演唱：Sowelu
原聲唱片
| 音軌 | 曲目譯名 | 曲目原名 | 藝術家 |
| 1 | 大海里的神奇寶貝們 | 海のポケモン達 | 宮崎慎二 |
| 2 | 幽靈登場 | ファントム登場 | 宮崎慎二 |
| 3 | 神奇寶貝保育家登場!!～任務EOP～ | ポケモンレンジャー登場!!～ミッション・オブ・EOP～ | 宮崎慎二 |
| 4 | 劇場標題主題曲2006 | 劇場タイトルテーマ2006 | 宮崎慎二 |
| 5 | 序幕～水中神奇寶貝秀～ | オープニング～水中ポケモンショー～ | 宮崎慎二 |
| 6 | 小光的夢 | ハルカの夢 | 宮崎慎二 |
| 7 | 大嘴雀～捕獵啟動～ | オニドリル～キャプチャオン～ | 宮崎慎二 |
| 8 | 幽靈軍團來襲!! | ファントムトループ來襲!! | 宮崎慎二 |
| 9 | 水之民的遺蹟 | 水の民の遺蹟 | 宮崎慎二 |
| 10 | 亞克夏的傳說 | レジェンド・オブ・アクーシャ | 宮崎慎二 |
| 11 | 朝向野心 | 野望に向かって | 宮崎慎二 |
| 12 | 年輕人為了冒險不要猶豫 | 若さとは冒険をためらわないこと | 宮崎慎二 |
| 13 | 出發！去航海吧！ | 出発！航海へ！ | 宮崎慎二 |
| 14 | 各自的所想 | それぞれの思い | 宮崎慎二 |
| 15 | 為了瑪納霏 | マナフィのために | 宮崎慎二 |
| 16 | 和瑪納霏遊玩！ | マナフィと游ぼう！ | 宮崎慎二 |
| 17 | 尋找瑪納霏!! | マナフィを探せ!! | 宮崎慎二 |
| 18 | 海之神殿亞克夏 | 海の神殿アクーシャ | 宮崎慎二 |
| 19 | 神殿的華爾茲 | 神殿のワルツ | 宮崎慎二 |
| 20 | 朝向海之王冠 | 海の王冠へ | 宮崎慎二 |
| 21 | 神殿下沉 | 沈みだす神殿 | 宮崎慎二 |
| 22 | 救救神殿!! | 神殿を救え!! | 宮崎慎二 |
| 23 | 只要還有一口氣… | 息の続く限り… | 宮崎慎二 |
| 24 | 擁抱海之王冠 | 海の王冠に抱かれて | 宮崎慎二 |
| 25 | 光之戰士小智 | 光の戦士サトシ | 宮崎慎二 |
| 26 | 水之民的節日 | 水の民のカーニバル | 宮崎慎二 |
| 27 | 蒼海的王子 | 蒼海の王子 | 宮崎慎二 |
| 28 | 主題歌‘該守護的東西’（電影版） | 主題歌“守るべきもの”（映畫バージョン） | Sowelu |
| 29 | ‘衝刺’（TV版） | “スパート！”（TVバージョン） | 松本梨香 |
| 30 | ‘喵喵的大日子’（電影版） | “ビッグ・ニャース・ディ”（映畫バージョン） | 犬山犬子、動感女孩 |
[原聲唱片資料來源]
發行信息
上映日期
| 國家/地區 | 發行/上映時間 | 國家/地區 | 發行/上映時間 |
| 日本/Japan | 2006年7月15日 | 韓國/South Korea | 2006年7月20日 |
| 美國/USA | 2007年3月23日 | 荷蘭/Netherlands | 2007年11月18日 |
| 西班牙/Taiwan | 2007年12月1日 | 中國台灣/Taiwan | 2008年3月26日 |
| 德國/Germany | 2008年7月10日 | 義大利/Italy | 2009年11月30日 |
[上映日期資料來源]
電影票房
《神奇寶貝保育家與蒼海的王子 瑪納霏》在日本電影院線自2006年7月15日始，至2006年8月27日止，共上映7周。截至2006年8月27日，電影的票房達到$26,851,324，在日本2006年票房榜上排名第13。
影片評價
•融入喜劇元素
與《夢幻之神奇寶貝 洛奇亞爆誕》和《裂空的訪問者 代歐奇希斯》相似，《神奇寶貝保育家與蒼海的王子 瑪納霏》引入了一些有趣的喜劇內容（例如火箭隊一行人被心靈交換的短片段）來彌補自身情節上的不足，傑克·渥卡這個角色本身同樣起到了活躍氣氛的作用。
•角色利用不足
小遙在最後躲入了救生艙。同樣地，傑克·渥卡和廣美在電影的高潮部分也沒能發揮自己的作用。讓小智充當救世主的設計再度重現。如若其他人參與其中，力挽狂瀾，勢必將更為合理。電影的這一情節設計中清楚地表現出了性別歧視——也錯失了一個讓小遙和小智心靈交換的好機會。
•劇情存在冗餘
電影的中段存在著大量缺乏意義、缺乏表現目的的劇情，直到最後片長半小時的高潮來臨時電影的劇情節奏已有接近片尾之感。如果適當刪減，那么小遙和瑪納霏的劇情也不會像《七夜的許願星 基拉祈》中的那樣相似，而事實上現有的劇情設計使小遙和瑪納霏的分別缺乏感染力。幽靈·杜魯布、瑪納霏和一眾人等間的衝突缺乏吸引力。情節太過平淡，趨於模式化。
