遊戲玩法
遊戲準備
桌布指示物：除了套牌之外，還需要有大量的傷害指示物與4個異常狀態指示物。在一張神奇寶貝卡上放置1個傷害指示物代表它被扣除了10點HP，放置中毒指示物代表它陷入了中毒狀態，放置灼傷指示物代表它陷入了灼傷狀態。可以用硬幣來代替傷害指示物與異常指示物，但必須使用不同的硬幣以區分傷害指示物、中毒指示物與灼傷指示物。
硬幣：在對戰中，有的神奇寶貝的技能是需要使用硬幣來進行判定附加效果的，同時灼傷、睡眠、混亂的判定也需要用到硬幣。最好使用與指示物不同的硬幣以區分。
遊戲桌布（非必要）：為了不把套牌、棄牌堆等弄混，你可以使用一個遊戲桌布來放置這些東西。遊戲桌布可以讓你們的遊戲變得更有秩序。
勝利條件
1、對方後備區沒有神奇寶貝時出戰神奇寶貝被擊倒。2、取得6張獎品卡。
3、輪到對方從己方套牌中抽卡時對方無卡可抽。
遊戲階段
遊戲開始→抽卡階段→準備階段→作戰階段→回合結束
神奇寶貝卡當大家明白了基本的設備,流程之後,便到了說明遊戲玩法的時候了,我們以基本流程作為明的方向吧。獎品就是拿來做賭注的卡片，最多6張，最少可以沒有，至於要用什麼卡做賭注，自己和對手決定，可以隨便也可以互相選定卡片，贏的人可以拿走對方的獎品，
如果有條件的話，還可以使用遊戲場地。一般在盒裝的卡片裡，都會附帶有一個場地。場地包含有以下的元素：場地最左邊是六個PRIZECARD格子（獎勵卡），你的六張獎勵卡可以放在這裡。場地的前方是一個ACTIVEPOKEMON格子（前場神奇寶貝），你當前出戰的神奇寶貝就放置在這裡，它的ENERGYCARD（能量卡）、POKEMONTOOL（裝備卡）、當回合使用的SUPPORTER卡（輔助卡）則置於它的旁邊。場地的後方是一個很大的格子，寫著BENCH（後場），你的後場神奇寶貝全部都放在這裡。為了避免誤會，一般後場神奇寶貝的能量卡要置於它的前方，而它的進化則直接放置在它身上，並且後場神奇寶貝不允許裝備POKEMONTOOL（裝備卡）。
場地的右邊有兩個格子，一個是DECK（卡組），你的卡組就放在這裡，摸牌要從這裡摸。另一個格子是DISCARDPILE（棄牌組、墓地），你使用完的TRAINER（訓練師卡）、SUPPORTER（輔助卡）、失效的STADIUM（場地卡），以及被消耗的ENERGYCARD（能量卡）、被擊倒的POKEMON卡（神奇寶貝卡）全部都要棄置在這裡。
有必要的話，雙方還需要規定一個地方用來放置STADIUM卡（場地卡），並且要在自己的場地里找到一個LOSTZONE（迷失地帶）。
遊戲開始
雙方先洗牌後把套牌放置在場地上的套牌區，然後從己方套牌里抽7張牌。如果有基本神奇寶貝卡或化石卡，則將它面朝下置於出
神奇寶貝卡雙方將自己的套牌上方6張牌移動至獎品卡區。如果雙方手中還有基本神奇寶貝卡或化石卡，此時可以繼續放置在後備區。然後猜拳或猜硬幣正反面決定雙方的回合先後順序，由勝方開始第一回合。雙方將出戰神奇寶貝翻開正面，遊戲開始。
1、抽1張卡：你回合開始時,先抽一張牌,並將其放到你手上。你手上的牌並沒有最多數量的限制。當你開始一場新遊戲時,先手的玩家第一回合跳過這一部份。在這個階段中你只能抽一張牌。接下來,你可以做以下2-7中的任何一件事,任何順序都可以。你也可以都不作。
2、放一個神奇寶貝到你的後備區：從你手上拿一個基本的神奇寶貝，並將其面朝上放到你的後備區。如果你的出戰神奇寶貝被擊倒，則立刻由後備區放一個神奇寶貝過去取代，否則你就輸了這場遊戲。在每個回合你可以放任意數量的基本神奇寶貝，任何時間內後備區的最大上限是五個神奇寶貝。
3、貼一個能量卡到你的一個神奇寶貝上：從你手上拿一個能量卡,並將其放到你場上的一個神奇寶貝下方。你一個回合只能放一個能量卡。
4、進化神奇寶貝
5、使用訓練家卡：當你使用一個訓練家卡，則照卡上所說的去作，之後將其面朝上放到棄牌堆。你的一個回合內可以使用任意數
神奇寶貝卡6、撤退你的出戰神奇寶貝：如果你的出戰神奇寶貝上面有很多傷害指示物，而且快要被擊倒了，你也許想要撤退它改由後備區的神奇寶貝來戰鬥。為了撤退你的出戰神奇寶貝，你需要支付它的撤退費用（在卡的右下方），撤退費用表示上每有一個能量符號，你就必須從它上面棄掉一個能量卡。接下來，將其與你後備區的一個神奇寶貝交換。當它們交換時，保持其原有的的傷害指示物、進化卡、以及能量卡（除了那些原本你必須棄掉的之外）。如果你撤退了，你這回合仍然可以使用新的神奇寶貝攻擊。你每回合只能撤退一次。
7、使用特殊能力：有些神奇寶貝具有特別的“Poke-Power”，當它們在場上時可以使用。（請記住，後備神奇寶貝也是在場上的，所以它們也可以使用它們的Poke-Power）。每個Poke-Power都是不同的，所以請仔細閱讀該能力是如何作用的。你每回合可以使用任意數量的Poke-Power。
8、用你的出戰神奇寶貝攻擊：你回合內能做的最後一件事就是攻擊。如果你的神奇寶貝不能攻擊，或是你不想攻擊，則你這回合現在就結束了。你每回合只能攻擊一次。
攻擊方法
攻擊階段
你可以使用出戰神奇寶貝身上的一個技能。首先檢查發動該技能需要的能量卡數量*（新手容易犯的錯誤：發動技能丟棄能量卡。
神奇寶貝卡如果基礎數值中帶有+號、-號或×號，則需要先發動技能的追加效果計算出基礎傷害，然後才對對方的出戰神奇寶貝造成基礎傷害。
在神奇寶貝進行攻擊之後，攻擊階段即告結束，不能再使用訓練家卡或進行其他的活動。
回合結束階段
在回合結束階段，你需要進行一些特殊的操作。比如，將麻痹狀態的神奇寶貝恢復正常等。檢測階段
檢測階段位於兩個回合之間。回合結束階段結束之後，雙方的神奇寶貝都要進行異常狀態判定，如灼傷狀態的擲硬幣等。這之後，輪到對手從他的抽牌階段開始行動。異常狀態的檢測順序為：中毒→灼傷→睡眠→麻痹。
其他效果沒有固定的檢測順序，由效果的擁有方決定哪個效果先發動。（在擲硬幣決定前要先聲明）
如果雙方的最後一隻神奇寶貝同時瀕死，則使用瀕死模式決出勝負。
特殊說明
神奇寶貝卡進化神奇寶貝有兩個條件限制：1、雙方各自的第一回合不能進化；2、剛出場的神奇寶貝不能進化。升級神奇寶貝除了以上兩點之外，還有第三個限制：只能為出戰神奇寶貝升級。這些限制都是為主動從手牌中進化/升級神奇寶貝所設的，通過特殊能力、訓練家卡等效果進行的進化或升級不受這些限制。進化神奇寶貝的方式是將進化卡放置在要進化神奇寶貝的上方，原有的神奇寶貝卡不能丟棄，並且不能主動退化。
進化匹配：從手牌中主動進化場上神奇寶貝必須滿足一個條件，手牌中進化卡上所寫的進化來源與場上要進化的神奇寶貝卡名一致，除此之外一概不論。只要進化卡上標明的“由……進化而來”與場上神奇寶貝的卡名一致，就可以進行進化，與兩隻神奇寶貝是否是同一卡包、是否是相同屬性無關。
EX神奇寶貝、訓練師的神奇寶貝與某某某的神奇寶貝和普通神奇寶貝視作名字不同的神奇寶貝，但三角洲神奇寶貝、Lv.X神奇寶貝視作相同名字的神奇寶貝。
剛出場的概念
神奇寶貝卡例如，使用退化噴霧可以令場上的神奇寶貝退化一次。此時退化後的神奇寶貝就是剛出場的，不能在同一回合內再進化。
阿勃梭魯的技能“襲擊”，擁有效果“若自身是本回合上場的，這次攻擊的基本傷害為‘40’。”，如果這隻阿勃梭魯是在遊戲準備階段覆蓋在場上的，那么很顯然，它在第一回合開始前就已經存在了，所以先攻方第一回合使用“襲擊”並不具備特效。
神奇糖果
神奇糖果擁有不受限制跨階段進化的效果，使用神奇糖果的動作也視為進化神奇寶貝。所以同樣不能在第一回合使用神奇糖果。
派出小精靈在每個回合里,你都可以從手上派出基本小精靈。通常情況下，每回合只能派出一隻基本神奇寶貝。
但要注意的是,每位玩家的BENCH（後場）中,最多只可以同時有五隻神奇寶貝.
關於使用特殊卡片
使用TRAINER卡時,要遵照進行卡片上的指示.
除非TRAINER卡有特別的標明,否則TRAINER卡通常在使用後便要廢棄至墓地.
如果使用TRAINER卡放置了一張能量卡上場或者交換等一回合只能進行一次的操作時，不會計算在操作次數裡面，也就是說，如果你使用TRAINER卡交換了前場與後場的一隻神奇寶貝，你還可以通過正常方式再交換一次。
有一種TRAINER卡，右上角標的是POKEMONTOOL（道具），這種卡一般只能對前場神奇寶貝使用，並且使用後要裝備在神奇寶貝身上，到特定的時候再發動效果（比如LUCKYEGG，效果是當前場神奇寶貝被擊倒時從卡組裡抽牌直到手中有7張牌。那么，在前場神奇寶貝被擊倒前LUCKYEGG都不會發生效果）。
SUPPORTER卡與TRAINER卡基本類似，但是它的功能更為強大，所以對它進行了一些限制，也就是一回合只能使用一張SUPPORTER卡片。在你使用過SUPPORTER卡之後，要將它放置在前場的神奇寶貝旁邊，在回合結束後才把它棄置到棄牌組裡。
STADIUM卡則是長期生效的卡片直到有另一張STADIUM卡上場，並且它對雙方都有效，所以一般都會放在雙方的遊戲場地中間。
關於撤退小精靈
當小精靈受到一定的傷害時,又或者玩家有甚么遊戲策略需要令小精靈撤退的話,便可在這個階段令小精靈撤退.不過要令小精靈撤退可是要付出代價的,那就是撤退費用了.撤退費用就是代表玩家在小精靈身上要廢棄的能量(ENERGY)數目.沒有足夠的能量便不能撤退,要知道這個世上是沒有免費的午餐呢!
並且，一回合只能夠撤退（交換）一次（使用TRAINER卡的次數不計算在內）
還有,雙無色能量(DOUBLECOLORLESS)是可以同時當作兩點能量來廢棄的.
擲硬幣的規則
有些小精的攻擊是需要拋硬幣的,但這樣卻惹來了不少麻煩.因為拋硬幣的準則人人不同,所以準則必需統一,那么便會少了很多紛爭了.基本上,拋硬幣的時候,硬幣(COIN)必需在空中翻過三個筋斗,最後要落在桌上,才算成功.如果落在地上便重擲一次吧!
關於異常狀態
常見的異常狀態如下：
POISONED（中毒）：在每個你的回合的判定階段，如果中毒的神奇寶貝是你的ACTIVEPOKEMON（前場神奇寶貝），那么放置1個傷害指示物在它的身上（等同於扣除10點HP）
BURNED（燒傷）：在每個你的回合的判定階段，如果燒傷的神奇寶貝是你的ACTIVEPOKEMON，進行一次擲硬幣的判定。如果結果是正面，那么放置2個傷害指示物在它的身上。如果結果是反面，則沒有任何事情發生。
PALAYZED（麻痹）：如果麻痹狀態的神奇寶貝是你的ACTIVEPOKEMON，它將不能進行攻擊或者交換。在每個你的回合的結束階段，將麻痹狀態的神奇寶貝恢復正常。
ASLEEP（睡眠）：在每個你的回合的開始階段（在判定階段也可以，但是一個回合只能判定一次），進行一次擲硬幣的判定。如果是正面，將睡眠狀態的神奇寶貝恢復正常。睡眠狀態下的神奇寶貝將不能進行攻擊或者交換。
CONFUSED（混亂）：每次你使用混亂的神奇寶貝進行攻擊，棄掉需要使用的能量卡之後，進行一次擲硬幣的判定。如果是反面，攻擊立刻停止，不造成任何結果，並且放置3個傷害指示物在混亂的神奇寶貝的身上。當你將前場混亂的神奇寶貝與後場的神奇寶貝進行正常交換（即不是通過TRAINER卡、SUPPORTER卡、STADIUM卡進行的交換）時，先棄掉交換需要的能量卡，接著進行一次擲硬幣的判定。如果結果是反面，交換失敗，不解除混亂狀態。
當神奇寶貝在後場時，它不會陷入麻痹、睡眠、混亂狀態。如果是在這些狀態之下回到後場，那么這些狀態即刻解除。但是中毒與燒傷在後場依舊保留，不過在後場時不造成傷害。
麻痹、睡眠、混亂三個狀態不能共存，如果已經陷入了其中一種狀態，則在解除之前絕對不會陷入另外一種狀態。中毒與燒傷亦不可共存，但是麻痹與中毒、睡眠與燒傷之類是可以共存的。
LOSTZONE（迷失地帶）
迷失地帶在場地里並沒有特別標明，但是它是一個很可怕的地方。一般的棄牌都是棄到棄牌組裡（DISCARDPILE），但是有些特殊的技能或卡片是可以將牌棄到LOSTZONE里的。如果一張牌被棄到了LOSTZONE裡面，那么它在這場遊戲裡基本就無法再重新使用了，即使是從棄牌組裡重新拿卡回卡組或手牌里的TRAINER或SUPPORTER卡，也對LOSTZONE里的卡無能為力！
另外，有的特殊的神奇寶貝或訓練師卡可以對LOSTZONE里的卡片生效，例如Mew強盛期（夢幻強盛期）就可以利用它的Poke-BODY直接使用LOSTZONE里的神奇寶貝的技能！
關於勝利條件
這個遊戲的勝利條件有兩個：
第一、對方把卡組裡的牌抽完
第二、己方的獎勵卡全部抽到手（如果沒有玩獎勵卡的遊戲，則要事先約定，擊倒對方多少只神奇寶貝算作勝利。另外，有一些TRAINER卡是可以從棄牌組裡取回神奇寶貝的，也要事先約定好，從棄牌組取回神奇寶貝會不會減少擊倒神奇寶貝的數目）。
只要達成以上兩個條件中的任意一個，即算己方勝利。另外，如果玩獎勵卡的遊戲，每擊倒對方的一隻神奇寶貝，你需要從獎勵卡中抽一張卡到手牌里。如果你擊倒的是一隻Pokemon-EX卡或傳說卡（LEGEND），那么你要抽兩張獎勵卡到手牌。
集卡攻略
組一套紙牌前你需要清楚你所用的紙牌的版本,如日文版可使用30張或60張的組合;英文則限定使用60張的組合.以下是組紙牌所需注意的事項:
1.所使用的Pokemon屬性最好不多過兩種;
2.要確保有足夠的Energy(一種Energy最少要有10張);
3.所使用的Pokemon最好有進化,並確保未進化的Pokemon的數量要多過進化的,以免在未進化前被打倒引致不能進化;
4.道具紙牌在紙牌組中最少要有10張.
若果清楚以上的事項便可開始組紙牌,建議如下:
30張的紙牌組:
Pokemon紙牌---10至13張
Energy紙牌---13至15張
道具紙牌---5張左右
60張的紙牌組:
Pokemon紙牌---20至25張
Energy紙牌---25至30張
道具紙牌---10張至15張
注意Pokemon-ex的數量不要太多，除了你確定你可以壓倒性的勝利，否則人家只打倒你的Pokemon-ex三隻便可勝利。
