18歲時赴成都求學,後考入陸軍軍官學校學習。1928年畢業後回籍,任萬源縣團練局局長,成立保衛隊,安靖地方秩序,興辦國術館,教練青年習武強身。
1923年,祝鼎三與張懷卿等九人秘密組成“九人團”,試圖以武裝將廖震驅逐出境,謀事未果。
1926年,祝鼎三出席四川省國民代表大會,祝鼎三由成都歸來後,被任為川陝邊防軍前敵指揮部咨議官及中校參謀職。
1928年,祝鼎三隨廖參與鎮壓花萼山農民起義,1929~1930年,祝鼎三隨廖部進剿李家俊領導的川東遊擊軍。1932年,祝鼎三任萬源縣清共總指揮。為抗拒紅軍入川,成立城萬游擊司令部。祝任副司令,兼二支隊隊長。1933年赴廬山軍官訓練團受訓,結業回原部,升上校參謀長。不久,辭退軍職回萬源經商。興辦實業,先後投資獨辦或合辦“鼎立誠”、“鼎立預”、“鼎立祥”、“鼎立興”等鐵廠,祝成為萬源縣首富。1942年9月,祝鼎三當選為萬源縣臨時參議會副會長。他是修建後山公園倡導之一,他也收養過孤兒,賑濟過饑民。
1945年7月16日晚,祝鼎三在萬源縣城大南街遇刺身亡。