出家
紫柏年少時，性格剛烈勇猛，貌偉不群，慷慨具俠義氣。十七歲辭親遠遊，本欲立功塞上，途經蘇州閶門，因大雨不能前進，投宿虎丘雲岩寺。一日，行至蘇州閶門，忽遇大雨，不能前進。當時，虎丘僧明覺禪師在蘇州辦事，偶然見到他，壯其偉岸，知是法器，遂以傘蔽之，並邀請真可禪師同歸虎丘雲岩寺，共進晚餐。那天晚上，真可禪師聽見寺僧唱誦八十八佛名，心大開悅，即將腰間所纏十餘金，贈給明覺禪師，並請求出家。明覺禪師遂予落髮 。
受具足戒後，真可禪師曾在嘉興東塔寺，碰到一位僧人在抄寫《華嚴經》，心生恭敬，便跪在一旁觀看，嘆道：“吾輩能此，足矣！”於是，他便來到武塘景德寺，掩關三年。出關後，真可禪師便回到吳門雲岩寺，辭別明覺禪師，決志策杖遊方，以究明生死大事。
一日，真可禪師無意間聽到一位僧人唱誦張拙秀才的悟道偈，至“斷除妄想徒增病，趨向真如即是邪”這兩句時，忽然生起大的疑情。從此以後，真可禪師每至一處，都要把這兩句話寫在牆上，時時提撕，以至廢寢忘食，頭面俱腫。後來，終於有一天用齋的時候，真可禪師豁然大悟。他感慨道：“使我在臨濟德山座下，一掌便醒，安用如何若何！”
真可禪師悟道後，即遍歷禪席，居無定所。他曾經到過廬山，一度深究法相精義，後又朝五台山，不久又游京師，參禮燕京大千佛寺真圓遍融禪師。遍融禪師是一代華嚴宗匠。
禪學
明代的佛教以禪宗最盛，但是宗風卻極端的衰微。對於晚明禪宗密室傳帕、冬瓜印子的宗風，真可、德清等人就感到相當的不恥。有鑒於宗風的衰敗頹廢，有志之士發憤振興，提出禪淨雙修、禪教一致的口號。佛門僧侶幾乎都兼修各宗各派之學，就連禪門也不例外，禪淨法門不二、經教不廢等觀點也出現在禪僧的語錄中。諸宗融合成為明末佛教的特色之一。這不僅使得禪學有了復興的跡象，同時也帶動了整個佛教復興的浪潮。對於這股風潮的推動，明末的四大師功不可沒。四大師一致認為沒有經教做為背景，便無法獲得真正的禪悟。他們從實踐到理論，都有促進佛教融合復興的傾向，指引出禪宗入清以後的發展方向。以真可而言，他一生視復興佛門、振興曹溪法運為己任。有鑒於叢林空講自心佛性，徒以冬瓜印子相為印可的劣陋。身為禪者，真可不僅力振禪門風氣，同時強調“文字般若”的重要，特別揭示經教在禪修中的功能。而他對於唯識學的重視，也激起晚明研究唯識學的風潮。
明末思想界中，普遍存在三教同源的思想，佛門的高僧多兼通外學。明末四大師都與儒學有著密切的關係：蓮池袾宏原是個儒生，憨山德清年少時“習舉子業”，蕅益智旭也有援佛入儒的著作。同樣，紫柏真可也主張三教同源，在他的文集《長松如退》序言中就自稱出入於儒釋道之間。
紫柏真可主張儒、道、佛一致，不執守佛教的一宗一派，融會性、相、宗義，貫通宗、教。德清大師曾稱讚紫柏：“予以師之見地，足可遠追臨濟，上接大慧之風。”紫柏主張佛、道、儒一致，他融和佛教的五戒與儒家的五常，提出：“不殺曰仁，不盜曰義，不婬曰禮，不妄語曰信，不飲酒曰智。”並寫有五首偈頌，對照佛、儒二家五種人倫道德。
紫柏對佛教各宗派思想主張調和態度，“不以宗壓教，不以性廢相，不以賢首廢天台”。同時認為文字經教是禪僧得悟的先決條件，不通文字般若便不能契會實相般若。其《石門文字禪序》道：“夫自晉宋齊梁學道者，爭以金屑翳眼。而初祖東來，應病投劑，直指人心，不立文字，後之承虛接響，不識藥忌者，遂一切峻其垣，而築文字於禪之外，由是分疆列界，剖判虛空，學禪者不務精義，學文字者不務了心。夫義不精，則心了而不光大；義精而不了心，則文字終不入神。”可見紫柏深入文字般若與實相般若，並能貫通融會，交相套用。又紫柏所訂“禮佛儀式”，除發願禮拜十方三世一切諸佛外，還教示禮拜西天東土歷代傳宗判教並翻傳秘密章句諸祖，此亦調和各宗的具體表現。
開悟
紫柏真可大師銅像一日，聞一僧誦秀才張拙的開悟偈，至“斷除妄想重增病，趨向真如亦是邪”，內心大疑，四處書此二語於壁上，苦思不得其解。一日齋時，忽然大悟：“使我在臨濟、德山座下，一掌便醒，安用如何若何？”自是氣宇超絕諸方。不久，參雲谷禪師，叩華嚴宗旨。後至匡山，深究相宗奧義。
萬曆元年（西元1573），紫柏轉至北京法通寺，親近華嚴宗匠遍融和尚，又從禪門耆宿嘯岩、暹理等禪師參學。兩年後，至嵩山少林寺參謁大千常潤法師。不久，南徙至浙江嘉興，密藏道開法師欽仰紫柏的風範，特來訪謁，紫柏留他為侍者。
嘉興楞嚴寺原為宋代名僧子璇著經疏處，然已荒廢甚久，紫柏遂發願重修，太宰陸五台願為護法，道開任幹事，陸五台之弟雲台施建禪堂，五楹既成，禮請紫柏作聯，紫柏刺血書之：“若不究心，坐禪徒增業苦；如能護念，罵佛猶益真修。”
紫柏真可禪師悟道因緣白話解說
徑山紫柏達觀真可禪師，俗姓沈，江蘇吳江灘缺人。真可禪師少時性格雄猛，卓爾不群，坐若熊蹲，行如象步。十七歲時，欲立功名，辭親仗劍遠遊。一日，行至蘇州閶門，忽遇大雨，不能前進。當時，虎丘僧明覺禪師在蘇州辦事，偶然見到他，壯其偉岸，知是法器，遂以傘蔽之，並邀請真可禪師同歸虎丘雲岩寺，共進晚餐。那天晚上，真可禪師聽見寺僧唱誦八十八佛名，心大開悅，即將腰間所纏十餘金，贈給明覺禪師，並請求出家。明覺禪師遂予落髮。
受具足戒後，真可禪師曾在嘉興東塔寺，碰到一位僧人在抄寫《華嚴經》，心生恭敬，便跪在一旁觀看，嘆道：“吾輩能此，足矣！”於是，他便來到武塘景德寺，掩關三年。出關後，真可禪師便回到吳門，辭別明覺禪師，決志策杖遊方。
一日，真可禪師無意間聽到一位僧人唱誦張拙秀才的悟道偈，至“斷除妄想徒增病，趨向真如即是邪”這兩句時，忽然生起大的疑情。從此以後，真可禪師每至一處，都要把這兩句話寫在牆上，時時提撕，以至廢寢忘食，頭面俱腫。後來，終於有一天用齋的時候，真可禪師豁然大悟。他感慨道：“使我在臨濟德山座下，一掌便醒，安用如何若何！”
真可禪師悟道後，即遍歷禪席，居無定所。他曾經到過廬山，一度深究法相精義，後又朝五台山，不久又游京師，參禮燕京大千佛寺真圓遍融禪師。遍融禪師是一代華嚴宗匠。
初到大千佛寺，遍融禪師便問：“從何來？”
真可禪師道：“江南來。”
遍融禪師又問：“來此作么？”
真可禪師道：“習講。”
遍融禪師道：“習講作么？”
真可禪師道：“貫通經旨，代佛揚化。”
遍融禪師道：“你須清淨說法。”
真可禪師道：“只今不染一塵。”
遍融禪師便令真可禪師脫掉外衣，施給旁僧。
真可禪師遂依旨奉行。
遍融禪師於是回頭看著真可禪師，說道：“脫了一層還一層。”
真可禪師一聽，便微笑點頭，於是決定留在遍融禪師座下學習經教。
此外，真可禪師還參禮過禪門大德笑岩、暹理等禪師。九年後，真可禪師又重新回到虎丘，並於松江閉關百日。
明神宗萬曆三年（1575），真可禪師前往嵩山少林寺，參禮大千常潤禪師，請求印可。剛到少林寺，正趕上常潤禪師上堂說法，為大眾講解禪宗公案。真可禪師以為常潤禪師以口耳為心印，以帕子為真傳，遂感嘆道：“西來意固如是耶？”於是決定不入參請，旋即回到南方。
在嘉興，真可禪師看到古楞嚴寺久已荒廢，被當地的大戶人家占用，變為園亭，心生感慨，曾作詩詠道：“明月一輪簾外冷，夜深曾照坐禪人”。於是他四處活動，發心修復。在五台居士的護持下，古楞嚴寺很快修復一新。真可禪師後應五台居士之弟雲台居士的邀請，撰聯云：“若不究心，坐禪徒增業苦；如能護念，罵佛猶益真修。”
真可禪師曾經感嘆法道陵遲，綱宗墮地，自誓要以荷擔大法為己任。他認為，以往所刻大藏經，卷帙浩大，不便於普及，於是四處奔走央告，寡資招賢，雕刻方冊大藏經，以便流通。真可禪師在世時，此藏尚未完成。後人秉其遺願，繼續雕刻，至清初才完成，是為《徑山藏》。
真可禪師與憨清禪師交往甚為密切。二人曾商定共修明代《傳燈錄》。後因憨山大師被告以私建寺院之罪，被捕入獄，此事終成泡影。萬曆二十八年（1600），南康知府吳寶秀因拒絕執行朝廷徵收礦務稅的命令，被彈劾逮捕，其夫人哀憤自縊而死。這兩件事對真可禪師的刺激甚大。他曾經感慨道：“憨山不歸，則我出世一大負；礦務不止，則我救世一大負；《傳燈》未續，則我慧命一大負。若釋此三負，當不復走王舍城矣。”
此語後被傳到宦官的耳朵里，他們欲置真可禪師於死地。萬曆三十一年，真可禪師因“妖書”事件，遭誣陷被捕入獄，幾經拷問，始終不屈。後來雖查無實據，但是執政者仍不放過他，將他定為死罪。真可禪師聽說過，遂說偈云：
“一笑由來別有因，那知大塊不容塵。
從茲收拾娘生足，鐵橛花開不待春。”
又云：“世法若此，久住何為！”
於是，真可禪師便索湯沐浴，囑咐侍者性田道：“吾去矣，幸謝江南諸護法！”
性田侍者聞言，痛哭不已。真可禪師呵斥道：“爾侍餘二十年，仍作此去就耶？！”
當時，有位姓吳的讀書人亦在場。吳生向真可禪師請問大法。真可禪師遂作偈云：
“事來方見英雄骨，達老吳生豈夙緣。
我自西歸君自北，多生晤語更冷然。”
說完，便端坐而化。
御史曹學程聽說真可禪師已坐化，急忙前來探視。他撫摸著真可禪師的手說：“師去得好。”
真可禪師又張開眼睛，向曹御史一笑而別。一時獄中香氣不絕，六天之後，真可禪師顏色如生。春秋六十一歲。
雕經
明神宗萬曆初年，紫柏至大雲寺參訪雲谷禪師，在場的法本法師談起袁了凡居士慨嘆梵夾本大藏經，卷帙重多，不易流傳，希望改為方冊，俾使藏經得以廣為流通，紫柏當下贊同，發願作刻藏的旗鼓，同時撰“刻藏緣起”，陳說刻藏的利益，鼓勵募刻全藏，得到陸光祖、馮夢禎、曾同亨及瞿汝稷等人的熱心贊助。
紫柏命道開負責開雕方冊藏經事宜，法本協助參與刻藏工作，並於萬曆十四年，與道開東訪僻居東海牢山海印寺的德清大師，德清特由京城回訪，二人相見恨晚，暢談達旦。為刻藏之事，兩人曾多次出入京城竭力奔走，當慈聖皇太后得知刻藏之舉，本欲發內帑下令詔刻，紫柏卻不願接受，表示“宜令率土沾恩”，言明此事應讓全國民眾共同出資營辦，普沾法益。
方冊藏經的開雕，歷經多年辛苦籌備，終於在萬曆十七年創刻于山西五台山妙德庵，以明代北藏為基本，對校明代南藏，由紫柏門人如奇法師等主持。後因山中苦寒，不便刻經工作，再加以地處偏僻，材料運送十分費事，四年後即南移至浙江杭州徑山寂照庵續刻，故以“徑山藏”（明藏萬曆版）稱之。其後又在嘉興、金壇等處開刊。門人吳用先修復徑山下院化城寺，作為貯存經版之處，並施資刻經數百卷。後因各版皆在嘉興楞嚴寺印行，故又名為“嘉興藏”。
德清
萬曆二十年，紫柏五十歲，北游房山雲居寺，朝禮隋代高僧靜琬和尚所刻石經，於石經山雷音洞佛座下得和尚所藏佛舍利三枚。慈聖皇太后得知紫柏已至京城，命近侍陳儒備辦齋供，供養僧伽黎。紫柏辭謝道：“自慚貧骨難披紫，施與高人福更增。”太后遂恭請佛陀舍利入宮供養三日，並賜內帑造大石函，將舍利重藏於石窟。
靜琬和尚刻石藏經處，像設擁蔽，石經薄蝕，而琬公塔院也早已被寺僧所賣，紫柏於是以太后所施齋銀將塔贖回。適巧德清來訪，二人便共往石經山禮讚，紫柏請德清為舍利的發現及琬公塔院的復興，撰寫<復涿州石經山琬公塔院記>及<涿州石經山雷音堀舍利記>，紫柏則撰寫<房山縣天開骨香庵記>。
其後，紫柏與德清兩人在都門西郊相對暢談四十晝夜，共議復修明朝《傳燈錄》，並相約前往曹溪，復興法脈。萬曆二十三年，紫柏在廬山等候德清一同前往曹溪時，卻獲知德清弘法致難的訊息，於是獨自先行。紫柏行至京師，才知德清被謫戍雷州，便在江滸之地等待。時值嚴冬，兩人相見於下關旅泊庵，紫柏握著德清的手說：“公不生還，吾不有生日！”並發願為德清誦《法華經》百遍，祈求佛力加被。
蒙冤
明太祖的佛教政策，對於明朝的佛教發展起了決定性的影響。明太祖規定所有的僧侶分為禪、教、講三類，除了從事瑜珈事業的教僧之外，禪、講諸僧只能在叢林中專事於禪修與經教的研習，使得僧侶多被限制于山林之內，斷絕了與世俗之間的來往。這應該也是明中葉以前，歷史上極少有高僧住世之相關記載的主要原因。
這種嚴格的僧俗隔絕規定，也是在妖書事件發生時，真可被詢以“如何不在山中修行”的主要原因。這種“離群索居”、“經懺佛教”的佛教型態，與明太祖的佛教政策有著極大的關係。明成祖永樂因受僧人的幫助篡奪帝位，一改太祖對佛教嚴統的態度。成祖對佛教的尊崇，帶動了以後各朝的佛教發展。各朝的帝王，幾乎都好佛。由於帝王對於佛教的崇信，無論是在藏經的刻印，寺院的興建，都有很大的幫助。王室支持的態度，對於明末僧人佛教事業的推動有極正面的影響。如紫柏真可與憨山德清在復寺與刻經的事業上，就都得到曾慈聖皇太后的贊助。然而帝王的崇信佛教，對於教團的發展也絕非只是正面的影響。朝廷錯誤的宗教政策，使得僧團過度的發展，導致僧侶素質的低落，這也是造成明末佛門衰敗的最主要原因之一 。
萬曆二十八年，朝廷徵收礦稅，宦官乘機擾民，南康知府吳寶秀拒不執行徵稅命令而被逮捕，夫人憤死。紫柏多方調護，授以毘舍浮佛偈予吳寶秀：“假借四大以為身，心本無生因境有；前境若無心亦無，罪福如幻起亦滅。”諄囑其誦十萬頌，當可出獄。紫柏憂心忡忡地感嘆道：“老憨不歸，則我出世一大負；礦稅不止，則我救世一大負；《傳燈》未續，則我慧命一大負。”
紫柏慷慨激昂的言論，終於引起朝廷的側目，門下弟子與德清等人皆力勸他儘速離京。不久，謗言四起，忌者乘機誣陷他濫用公帑，乃朝廷內部傾軋，匿名“妖書”的造作人，紫柏遂蒙冤被捕下獄。
萬曆三十一年十二月，執政法司定罪論死，紫柏以世法如此，久住何為？即說偈云：“一笑由來別有因，那知大塊不容塵。從茲收拾娘生足，鐵橛花開不待春。”言畢，端坐安然而逝，世壽六十一，法臘四十一。遺骸浮葬於西郊慈慧寺外，後移龕至浙江餘杭徑山寂照庵，萬曆四十四年於開山前文殊台荼毘立塔。
