基本思路
相對進化速率檢驗（relative-rate test）是檢驗分子鐘或分子序列相對進化速率的常用方法。以三個物種為例簡單來說，就是利用第三個物種（外群）來檢驗兩個物種是否以相同的速率進化。
我們無法對兩條DNA序列的祖先序列的狀態有直接的了解，並且兩條序列（兩個物種）的分歧時間我們無法直接得知，因此兩條序列的進化速率無法直接比較。為了理解物種基因的進化，一個基本的想法是分別比較兩個物種與一個參照外群的遺傳距離，即相對速率檢驗的思路。
方法原理
下面結合圖示（圖1）闡述該檢驗方法的基本原理。假設比較物種A和B的進化速率，C為選取的外群，在這裡A、B、C都是實際存在的物種；實際上，A和B物種的DNA序列來源於其祖先類群O，因為我們無法得知O的狀態，因此用C來代替，也即我們用AC和BC代表兩個物種和祖先的遺傳差異。
相對進化速率檢驗的零假設為：AC-BC=0，即物種A和B分別與C的遺傳差異相同，這時候A和B有相同的進化速率。該檢驗假定核酸替代數目符合泊松（Poisson）分布，那么就可以用標準化常態分配來檢驗A和B兩個支系中核酸替代數是否相同，如果顯著差異，則推翻零假設，即認為進化速率存在差異。
選擇參照外群的標準
一般情況下，AO和BO要小於比AC和BC。在具體的計算中，所計算的是AC-BC（也即比較A和B分別與C的差異是否顯著）。因此，從理論上來說，選取參照外群的標準是：選擇的參照序列應該使AC-BC能夠很好的模擬AO-BO，也即使OC最小，也即選擇的外群與假定的祖先類群序列差異最小。
根據上面的內容，參照序列（或物種）的選擇的指導原則應該是：選擇與內群最近的外群。因此，相對速率檢驗往往依賴於物種間可靠的系統發育關係。並且研究發現，增加外群的數目並不能使得檢驗的可靠性增加，也就是說，儘可能選擇一個最近的外群足矣。
其他關鍵問題
1）有研究發現，當增加所比較的內群序列數目時，相對進化速率檢驗的可靠性會提高。
2）保證系統發育關係的可靠性。
