該系目前設五年制套用心理學專業1個，正在申報五年制精神醫學專業1個；前兩屆心理衛生專業畢業生計76人分別於2004年6月和2005年6月畢業，說明我院該專業畢業生為華東地區首屆，在國內亦是開設該專業較早的院校之一；目前該專業在校學生尚有五屆計242人。預計在“十一五”期間兩個專業在校學生數將達600人左右。
該系目前有神經生物學、套用心理學兩個碩士點，另外生理學碩士點亦隸屬該系；在校研究生數32人,首屆研究生已於2005年6月畢業。“十一五”期間將另爭取申報生物物理、精神病學及精神衛生學、基礎心理學三個碩士點，計畫每年招收碩士生20人左右。該系目前設心理學教研室1個，計畫在“十一” 期間設生理學與神經生物學，基礎心理學、精神醫學等四個教研室。該系目前設心理與行為研究中心、細胞電生理研究室兩個研究機構；計畫在“十一五”期間設心理與行為、神經科學兩個研究所，並分別下設若干研究室。
該系目前有專職教師10人，兼職教師3人，其中正高級職稱及博士學位占20%；副高職稱占20%；碩士學位占70%，中級及以下職稱占60%；本科及以下學位占10%；管理人員3人。計畫在“十一五”期間，專職教師達20-25人，其中正高20-30%，副高30-40%，管理人員5-7人。
該系目前已擔任主編專業教材2人計7部；參編專業教材5人計10部；新近全國高等醫藥教材研究會和衛生部教材辦公室已決定由劉新民教授擔任衛生部18門專業教材的主編人之一，另有參編5-6人。近些年，該系已獲得省及國家級獲獎項目8項；省級以上刊物發表論文已30餘篇。劉新民教授、汪萌芽教授在同行中知名度較高。
該系專業實習基地起點高，技術力量雄厚，多數在經濟發達地區，如深圳康寧醫院、無錫市神衛生中心、常州德安醫院、江蘇省揚州五台山醫院、鎮江四院等。在這些醫院中，目前設有心理衛生臨床學院1家，教學醫院12家，這些單位每年均優先錄用本系的優秀畢業生，已形成較好的實習錄用機制。04年、05年兩屆心理衛生專業畢業生，就業率都達100%。2005年，該系被評為“皖南醫學院就業工作先進單位”，並榮獲一等獎。
該系目前系主任為副主任醫師方繼經同志，系秘書為講師張建英同志，教研室主任為教授劉新民同志，細胞電生理研究室主任為教授汪萌芽博士。
