概述
病原論認為，許多疾病的原因是微生物。雖然這理論剛出現時，爭論很多，但這種理論，現在是現代醫學和臨床微生物學的基石。它導致發明抗生素和提倡公共衛生。
看法
不同歷史時期對疾病的看法也不同。古代認為疾病是自發地發生的，而不是由能繁殖的微生物所引起的。
馬庫斯·特倫修斯·瓦羅（116BC-27BC）在他的關於農業著作中提出警告，如果一個範圍靠近沼澤，此地可能出現一些很小的的物種，是肉眼所看不見的，它們漂浮在空氣中，通過嘴和鼻子進入人體而引起嚴重的疾病。
吉羅拉英·弗拉卡斯楚（1478-1553）1546年提出流行病是由可以傳播的很小實體所引起的。直接或遠距離接觸都可以引起疾病。
列文虎克（1632-1723）首先觀察到微生物，他可稱為微生物之父。
義大利的阿戈斯蒂諾·巴斯（1773-1856）是第一次提出疾病的細菌理論的人。他提出這種理論的基礎是他觀察絲蠶的流行病的致死原因。1835年他把昆蟲的死亡是由一種肉眼能看見的粉狀孢子所引起的。
路易斯·巴斯德（1822-1895）證明發酵和有營養的肉湯內微生物的生長並不是自發的。他把肉湯放在空氣中，但用過濾器過濾空氣，不讓所有的顆粒進入肉湯。或者不用過濾器，但用曲折的管子阻擋空氣中的微粒進入，肉湯內也不生長微生物。證明肉湯內的微生物是由外面來的，而不是肉湯自己產生的。
義大利物理學家弗朗西斯科·雷地（1626-1697）提出反對自發產生微生物的進一步證明。他設計了一個實驗，他用三個長頸瓶。每一個瓶內都放一塊肉麺包。他打開一個瓶的瓶口，另一個則封好瓶口，用沙布蓋在最後一個瓶口上。過幾天后，他看到在開口的瓶內的肉麵包已經長蛆。用沙布封口的瓶口上，沙布的表面已經長蛆。但蜜封瓶口的瓶子，內外都沒有長蛆。他還注意到，只有蒼蠅能接近的地方才長蛆。從這些結果，他的結論是；疾病的自發是不正確的。
約翰·斯諾（1813-1854）調查倫敦流行霍亂的分布情況。他能追朔到瘟疫的源頭是局部地區的水源。如果水源是從市區以外的地方來的，則霍亂影響範圍減小。斯諾指出環境內某些毒素或看不見的小物體是流行的瘟疫的原因。
