分類學研究
畢氏南鯨事實上角齒海豚科Squalodelphidae是被視作和鯊齒鯨科Squalodontidae 及恆河豚科Platanistidae的姐妹群並歸屬於淡水豚總科。峰豚科Acrodelphidae是歸屬於劍吻鯨總科Rhabdostoidea，峰豚科包括以下屬種：峰豚屬Acrodelphis ，裂海豚屬Schizodelphis ， 始恆河豚屬Eoplatanista及鱷豚屬Champsodelphis。在形態上峰豚科Acrodelphidae具備了和劍吻鯨總科的一些共有衍生特徵 ，但一些屬種如峰豚屬Acrodelphis ，裂海豚屬Schizodelphis 及鱷豚屬Champsodelphis是否歸屬於峰豚科Acrodelphidae還是存有爭議的。而始恆河豚屬Eoplatanista及裂海豚屬的Schizodelphis sulcatus的聽覺區化石部分是一樣 , 頭骨形態是相似的 , 但Schizodelphis sulcatus和劍吻鯨科Rhabdosteidae還有很大的相似性。
於角齒海豚科中 ，南鯨屬Notocetus是作為角齒海豚屬Squalodelphis及Phocageneus屬的姐妹群 ，後方的牙齒已失去了額外的尖端 ， 鼓室前剌長度增加， 有良好發育的接合邊緣。鼓室有細小，呈直線升高的腹溝 ，並有明顯的側溝。角齒海豚科Squalodelphidae包括了以下的屬種： 中新世早期巴塔哥尼亞（南美一地區；位阿根廷及智利之南部）的南鯨屬Notocetus（是最原始的屬種）及中新世中期義大利及巴塔哥尼亞，美國馬里蘭州的角齒海豚屬Squalodelphis。於北卡羅來納州Lee Creek Mine的Pungo River地層也出土了另類形式角齒海豚屬的化石 ,這些化石包括了耳外骨及鼓室並由F. C. Witmore研究 。此外還有中新世中期卡爾弗待地層出土了可能屬於新的南鯨 Notocetus屬種 , 南鯨屬種可能於中新世中期擴展至北半球。Phocageneus屬不被認為是屬於恆河豚科但卻被視作角齒海豚科原因在於其聽覺部分的化石形態和角齒海豚科的相似。
鯊齒鯨科包括以下的屬：鯊齒鯨屬Squalodon ，原鯊齒鯨屬 Prosqualodon，始鯊齒鯨屬Eosqualodon ，澳大利亞鯊齒鯨屬Australosqualodon ，偽鯊齒鯨屬Parasqualodon ， 小鯊齒鯨屬Microcetus及坦噶拉鯨屬Tangarosaurus ， 南鯊齒鯨屬Neosqualodon , Kelloggia屬， 素拉鯨屬Sulakocetus及Phoeberodon屬。於鯊齒鯨科成員間沒有共有衍征(synapomorphy) ，這可能是近源井系(paraphyletic)或同功異源的多系群(polyphyletic taxon)。
主要特徵
大多數鯊齒鯨科Squalodontidae成員是被視作淡水豚總科是因為肩胛保留了共有衍生特徵 ， 至於素拉鯨Sulakocetus ， 它是有這特徵， 但卻排除在淡水豚超科外。再者， 鯊齒鯨科Squalodontidae和喙鯨科Ziphiidae間存有顯著的相似性 ，這顯示它們的先祖是具備角齒形態並和抹香鯨總科Physeteroidea存有關係。鯊齒鯨類具備了恆河豚類的特徵，但同時也和劍吻豚總科Rhabdostoidea具有一定的相似性 ， 而這些正代表了近祖共性(symplesiomorphies)。此外,鯊齒鯨科和漸新世時斯的齒鯨類諸如祖鯨Patriocetus,阿哥洛鯨Agorophius及沙拿鯨Xenorophus相似 , 這顯示了早期的齒鯨類都具備了角齒。順帶一提，祖鯨屬Patriocetus有奧地利的Patriocetus ehrlichi(ehrlichii) 及哈薩克斯坦的Patriocetus kazakhstanicus二種。
恆河豚科Platanistidae 上頜有高度的發展，頭骨眼窩上有額嵴，這種結構於其他齒鯨類是沒有的。恆河豚科Platanistidae包括恆河豚屬Platanista ，中新世中期卡爾弗特的Zarachis屬及中新世中期至晚期佛羅里達lower Valley地層的蓋豚屬Pomatodelphis，它們之間的耳外骨及鼓室表垷了有衍生特徵。
畢氏南鯨Notocetus vanbenedeni顯示了和淡水豚超科的一些共有衍生特徵 ：
1. 肩胛沒有喙突coracoid process
2. 骨頭前緣的肩峰acromion沒有岡上窩supraspinous fossa 。
畢氏南鯨Notocetus vanbenedeni 顯示了淡水豚超科及角齒海豚科的一些共有衍生特徵 :
1. 耳外骨的後突側緣有補充的接合發展 (於淡水豚超科中這結構是相當厚的 ,這突出的關節邊緣是改變成鉤狀突)。
2.鱗狀骨尖刺狀突背部有大且近圓的小窩。
3.鼓大刺前方有良好的發展 , 鼓室前外側的凸面被顯要的凹口所分開。
4.牙齒齒根是單根的。
畢氏南鯨Notocetus vanbenedeni一些特徵暫時被視作和角齒海豚科Squalodelphidae有共有衍生特徵
1. 耳外骨有呈方形的耳蝸:
2. 耳蝸溝背孔寬闊且存有幼緣。
3.中耳錘骨的垂管manubrium頂端延長。
4. 寰椎(第一頸椎)橫突背面有發育且腹突(ventral process)減少。
