圖書信息
作 者： 李軍 等 著
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內容簡介
《生物軟體選擇與使用指南》提供了生物軟體的選擇、獲取和使用建議，旨在為生命科學工作者更好地開展自己的研究工作打開方便之門。《生物軟體選擇與使用指南》主要內容包括：生物軟體選擇指南、綜合序列分析、用BLAST進行序列相似形搜尋、用Clustal（X/W）進行多序列比對、進化樹構建、序列格式轉換、序列信息遞交、引物設計、質粒繪圖、用ANTHEPROT進行蛋白質序列分析、用同源建模伺服器SWISS-MODEL進行蛋白質三維結構預測、蛋白質結構比對、用RasMol/PyMol/Swiss-PdbViewer/進行生物分析三維結構顯示和分析、計算機輔助基因識別、計算機輔助疫苗設計。
目錄
第1章 生物軟體選擇指南
1.1 生物科學工作者常用軟體
1.1.1 實驗準備階段
1.1.2 實驗實施階段
1.1.3 實驗結果輸出階段
1.2 網際網路上的生物軟體資源
1.2.1 通過搜尋引擎進行搜尋
1.2.2 通過生物信息學資料庫進行查找
1.2.3 通過生物資源主題網站進行查找
1.2.4 軟體的索取、安裝及使用
第2章 綜合序列分析
2.1 綜合序列分析軟體LaserGene
2.1.1 引言
2.1.2 用GeneQuest發現新基因
2.1.3 用protean進行蛋白質結構分析
2.1.4 用MegAlign進行序列比對和構建進化樹
2.1.5 序列組裝、引物設計、限制圖譜和序列編輯
2.2 綜合序列分析軟體BioEdit
2.2.1 引言
2.2.2 File：檔案選單
2.2.3 Edit：編輯選單
2.2.4 Sequence：序列選單
2.2.5 Alignment：排列選單
2.2.6 View：視圖選單
2.2.7 Accessory Application：應用程式選單
2.2.8 RNA：RNA序列分析選單
2.2.9 World Wide Web：網路選單
2.2.10 Options：選項選單
2.2.1l Window：視窗選單
2.2.12 Help：幫助選單
2.3 綜合序列分析線上程式
2.3.1 EMBOSS
2.3.2 SeWeR
參考文獻
第3章 用BLAST進行序列相似性搜尋
3.1 引言
3.2 局部比對搜尋基本工具BLAST
3.2.1 BLAST簡介
3.2.2 BLAST檢索的基本知識
3.2.3 BLAST檢索工具的分類
3.2.4 BLAST檢索中採用的資料庫
3.2.5 BLAST檢索的步驟
3.2.6 通過BLAST搜尋發現序列的生物學意義
3.2.7 用BLAST發現新基因
參考文獻
第4章 用Clustal(X/W)進行多序列比對
4.1 引言
4.2 Clustal X
4.2.1 Clustal X功能詳解
4.2.2 用Clustal X進行蛋白質多序列比對
4.3 Clustal W
第5章 進化樹構建
5.1 引言
5.1.1 進化樹構建的基本程式
5.1.2 進化樹構建的方法選擇
5.1.3 進化樹構建的軟體選擇
5.1.4 數據分析及結果推斷
5.1.5 總結
5.2 PHYLIP——免費的集成的系統分析軟體包
5.2.1 概述
5.2.2 實例：用PHYLIP軟體包構建GPD蛋白家族的系統進化樹
5.3 MEGA4——免費的本地建樹工具
第6章 序列格式轉換
6.1 常見的分子序列格式
6.2 序列格式轉換軟體
6.2.1 SeqVerter 1.3
6.2.2 ForCon 1.0
6.2.3 序列格式轉換線上程式READSEQ
第7章 序列信息遞交
7.1 引言
7.2 用Banklt遞交新基因序列
7.3 用sequin遞交新基因序列
第8章 引物設計
8.1 引言
8.2 通用引物設計軟體Primer Premier 5.00
8.2.1 Primer Premier 5.00的序列編輯視窗
8.2.2 Primer Premier 5.00的引物設計視窗
8.2.3 Primer Premier 5.00的引I物檢索結果輸出視窗
8.2.4 Primer Premier 5.00的引物編輯視窗
8.2.5 用Primer Premier 5.00進行巢式PCR引物設計
8.2.6 用Primer Premier 5.00進行簡併引物設計
8.2.7 Primer Premier 5.00的其他功能
8.2.8 Primer Premier 5.00程式存在的不足
8.3 通用引物線上設計程式Primer 3
8.3.1 Primer 3概述
8.3.2 實例：套用Primer3設計針對p53基因mRNA編碼區的特異引物
8.4 簡併引物線上設計程式GeneFisher
8.4.1 簡併引物設計過程及原則
8.4.2 簡併引物設計程式GeneFisher
第9章 質粒繪圖
9.1 質粒繪圖軟體WinPlas
9.1.1 WinPlas的操作界面
9.1.2 WinPlas的操作方法
9.1.3 WinPlas的操作實例
9.2 質粒作圖線上程式PlasMapper 2.0
9.2.1 PlasMapper 2.0的基本功能與操作方法
9.2.2 PlasMapper 2.0程式運行實例
參考文獻
第10章 用ANTHEPROT進行蛋白質序列分析
10.1 引言
10.2 工具列與基本功能
10.2.1 工具列
10.2.2 基本功能
10.3 蛋白質序列編輯功能
10.4 蛋白質基本分析功能
參考文獻
第11章 用同源建模伺服器SWISS-MODEL進行蛋白質三維結構預測
11.1 SWISS-MODEL
11.2 運行實例：用SWISS—MODEL伺服器進行蛋白三維模型構建工作
11.2.1 實例之一：用首選模式進行牛血清白蛋白的同源建模與結構解析
11.2.2 實例之二：利用項目模式進行蛋白的同源建模
11.2.3 實例之三：利用比對模式進行蛋白的同源建模
11.2.4 實例之四：寡聚蛋白的同源建模
11.3 蛋白質分子結構預測方法
11.3.1 同源建模
11.3.2 反相摺疊
11.3.3 從頭預測
參考文獻
第12章 蛋白質結構比對
12.1 蛋白質結構分類
12.1.1 按結構域分類
12.1.2 系統性分類
12.2 蛋白質結構比對工具
12.2.1 VAST——矢量比對工具
12.2.2 DALI距離矩陣(distance matrix alignment)
12.2.3 Structure
12.2.4 SSAP
第13章 用RasMol/PyMOL/Swiss-PdbViewer進行生物分子三維結構顯示和分析
13.1 引言
13.1.1 分子坐標表示方法
13.1.2 分子表面
13.1.3 分子圖形顯示模型
13.1.4 蛋白質結構測定方法
13.2 RasMol
13.2.1 RasMol的操作視窗
13.2.2 RasMol的命令行視窗
13.2.3 RasMol套用實例
13.3 RasTop簡介
13.4 Swiss-PdbViewer
13.4.1 Swiss-PdbViewer簡介
13.4.2 Swiss-PdbViewer運行實例
13.5 PyMOL
13.5.1 PyMOL簡介
13.5.2 PyMOL套用實例
第14章 計算機輔助基因識別
14.1 引言
14.2 GENSCAN——基因預測的首選工具
14.2.1 影響GENSCAN預測準確度的因素
14.2.2 GENSCAN的操作流程
14.3 WebGene——基因結構分析和預測工具集
14.4 GeneBuilder——基因結構預測系統
14.5 ORF Finder——NCBI的開放閱讀框(()RF)識別工具
14.6 CpGPlot/CpGReport/Isochore——EMBL的CpG島計算工具
14.7 tRNAscan-SE——tRNA基因識別工具
第15章 計算機輔助疫苗設計
15.1 引言
15.1.1 計算機輔助疫苗設計技術誕生的時代背景
15.1.2計算機輔助疫苗設計技術的原理與方法
15.1.3計算機輔助疫苗設計的產業前景
15.2 IMGT工具包
15.3 蛋白酶體酶切位點的預測
15.3.1 NetChop 3.0伺服器
15.3.2 ProPrac
15.4 MHC結合區域的預測
15.5 T細胞表位的預測
15.6 免疫學資料庫
參考文獻
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