生態系統方法的發展
2000 年，《生物多樣性公約》正式將生態系統方法作為行動的基本框架，號召各締約方和其它國家政府、國際機構套用生態系統方法。2003 年 聯合國千年生態系統評估項目在其第一本報告《生態系統與人類福祉：評估框架》中，明確指出其概念框架與生態系統方法是完全一致的。
目前，《生物多樣性公約》積極在其成員國中推行生態系統方法。此外，世界 自然保護聯盟（IUCN）成立的生態系統管理委員會，也將推動生態系統方法的套用作為首要任務。2005 年 啟動的中國—歐盟生物多樣性項目，將生態系統方法作為示範項目的核心內容，以推動生態系統方法在中國的套用，提高中國對《生物多樣性公約》的履約能力。
生態系統方法自其出現以來得到不斷的發展和完善。概括而言，其發展主要經歷了3 個階段：①20世紀70 年代以來，在美國五大湖流域管理與森林管理中的探索與套用過程中，形成了生態系統方法的基本概念與內涵；②20 世紀90 年代中期以後，該概念被《生物多樣性公約》所接受，逐步發展成該公約的指導原則；③21 世紀初來，生態系統方法在《生物多樣性公約》以及相關國際機構的促進下，在全世界生物多樣性保護、生態系統管理與自然資源管理中進行了推廣套用。
鑒於生態系統方法在實踐中取得的成功，1995 年 11月在印度尼西亞召開的《生物多樣性公約》第二次締約方會議上建議將生態系統方法作為履約的基本行動框架[16]。1996 年 6 月在皇家浩魯威環境研究所（Royal Hollow ay Institute for Environm ental R esearch）召開的第一屆研討會上討論了生態系統方法的涵義，提出了生態系統管理的10 條原則。1998 年 1 月26 ～28 日，《生物多樣性公約》在非洲馬拉威首都利隆圭召開了一個關於生態系統方法的研討會上，在原先的生態系統管理的10條原則的基礎上制定了生物多樣性管理的 生態系統方法（Ecosystem Approach to Biodiversity Management）的12 條原則（又稱為馬拉威原則），並把它提交給了《生物多樣性公約》第四次締約方會議。1998 年 5 月在斯洛伐克召開的《生物多樣性公約》第四次締約方會議注意到了馬拉威研討會的成果，並要求其科學、技術和工藝諮詢事務附屬機構制定生態系統方法的原則和 實施指南。
2000 年 5 月在肯亞召開的《生物多樣性公約》第五次締約方大會上正式採納生態系統方法及其12 條原則。2004 年 2 月在馬來西亞召開的《生物多樣性公約》第七次締約方會議上總結了各國已有的經驗，為各條原則增加了實施準則。至此，生態系統方法的12 條原則成為全世界推進生物多樣性保護與生態系統管理的指導原則。許多國際組織與眾多的國際合作項目，都以生態系統方法的12條原則為指導，在世界各地開展 示範與推廣；生態系統方法的發展從此進入了推廣與套用的新階段。
生態系統方法的原則
2000 年《生物多樣性公約》締約方大會所制定的生態系統方法的12 條原則，內容如下：
（1） 土地、水和生物資源的管理目標是一個社會選擇問題。
（2） 應將管理權下放到最低的適當一級。
（3） 生態系統管理者應考慮其活動對相鄰和其它生態系統的（實際和潛在）影響。
（4） 考慮到管理可能帶來的利益，因此，通常需要從經濟的角度理解和管理生態系統：a. 減少對生物多樣性有著不利影響的市場扭曲現象；b. 調整獎勵措施，促進生物多樣性的保護和可持續利用；c.使特定生態系統的成本和效益內部化，直到實現可行性。
（5） 保護生態系統的結構和機能，以維持生態系統服務，這是生態系統方法的優先目標。
（6） 必須在生態系統的功能限度內管理生態系統。
（7） 應在適當的時空範圍內套用生態系統方法。
（8） 由於生態系統過程具有的不同的時間尺度和滯後效應，生態系統管理的目標應當是長期性的。
（9） 管理必須認識到變化的必然性。
（10） 生態系統方法應尋求生物多樣性保護和利用的適當平衡與統一。
（11） 生態系統方法應考慮所有形式的相關信息，包括科學知識、鄉土知識、創新做法和傳統做法。
（12） 生態系統方法應讓所有相關的社會部門和學科參與。
生態系統方法的套用
生態系統方法作為一種新的生態系統管理和生物多樣性保護的策略，其套用的範圍非常廣泛，比如，在森林管理、漁業管理和水資源管理等方面都有實際套用，這些套用都強調資源保護和利用的合理平衡和統一，以實現資源的可持續利用。
生態系統方法並沒有一個固定的模式，也不存在一個在局地、省級、國家、區域乃至全球尺度上都適用的模式。它要求從生態系統的角度來看問題，是一個極具個性特色的方法。依據個人或集體的認識和經驗結合所要解決的問題，採用生態系統方法會產生出各 種各樣的實際套用。生態系統方法這個術語通常以“某某的生態系統方法（EcosystemApproach to ⋯）”的形式出現，比如漁業的生態系統方法（Ecosystem Approach to Fisheries）、環境保護的生態系統方法（Ecosystem Approach to Environm ental Protection）、自然資源保護的生態系統方法（Ecosystem Approach to Conservation of Natural Resources）、水資源管理的生態系統方法（Ecosystem Approach to WaterManagem ent）等。此外，與生態系統方法意思相近的術語還有“以生態系統過程為導向的方法”（Ecosystem Process-Oriented Approach）、“生態系統管理方法”（Ecosystem Managem ent Approach）和“基於生態系統的方法”（Ecosystem -Based Approach）等。
《生物多樣性公約》還制定了套用生態系統方法的5 條操作指南：①關注生態系統內部的功能關係和過程；②加強利益共享；③採用適應性管理方法；④在一個適合解決問題的尺度上進行管理，並且把管理權下放到適當的最低一級；⑤ 加強跨部門合作。
