瑪麗亞·安娜於1574年在慕尼黑出生，是巴伐利亞公爵威廉五世和勒妮·德·洛林的第五個孩子，第二個女兒，也是倖存下來的最大的女兒。1600年4月23日，瑪麗亞·安娜在格拉茨大教堂與她的表哥內奧地利大公斐迪南結婚。這場婚姻再次重申了哈布斯堡家族與維特爾斯巴赫家族的聯盟。瑪麗亞·安娜生活在丈夫的陰影下，從未干涉政事。1616年，瑪麗亞·安娜在格拉茨去世，享年41歲。四年後，她的丈夫被推選為神聖羅馬帝國皇帝，並被加冕為匈牙利和波西米亞國王。她被安葬在格拉茨大教堂附近的陵墓內。 瑪麗亞·安娜與斐迪南育有七名子女 ：
•克里斯蒂娜（1601年5月25日-1601年6月12日/21日）
•卡爾（1603年5月25日生、卒）
•約翰·卡爾（1605年11月1日-1619年12月28日）
•斐迪南三世（1608年7月13日-1657年4月2日）神聖羅馬帝國皇帝，三任妻子分別是西班牙的瑪麗亞·安娜、奧地利的瑪麗亞·萊奧波爾迪娜和埃萊奧諾拉·馬達萊娜·貢扎加，有後代。
•瑪麗亞·安娜（1610年1月13日-1665年9月25日）與舅舅巴伐利亞選帝侯馬克西米利安一世結婚，有後代。
•采齊莉亞·雷娜塔（1611年7月16日-1644年3月24日）與表哥波蘭國王瓦迪斯瓦夫四世結婚，無倖存後代。
•利奧波德·威廉（1614年1月5日-1662年11月20日）未婚無後。
