歷史沿革
瑪瑙寺清同治年間（1862－1874）和民國十年（1920），瑪瑙寺兩次重建，據說，民國期間建好的寺院體量非常大，至今在一些西湖老照片上，還可以看到它的“大屋頂”。
寺院在歷代屢有興廢。現存的建築為清同治年間重建，主要由山門、廂房及園林等組成，大殿已毀，僅存遺址。
1929年，為拓寬北山街，當時政府部門倉促之間毀壞了瑪瑙寺，只留下了大殿。而到了文革期間，就連這大殿也被拆得片瓦無存。
2004年在北山街保護整治工程實施過程中，遷出了瑪瑙寺內的居民，全面整修了留存的古建築及庭院，保護歷史遺蹟原狀，並參照《清代園林圖錄》瑪瑙寺圖，修復一亭、一閣、廊宇和後山門，保存了古剎庭園和景觀的格局，這座寺廟一千多年積澱下來的書卷氣息和藝文傳統馨香再度煥發生命。
寺院住持
瑪瑙寺智圓（976-1022），俗姓徐，字無外，號中庸子，錢塘（今杭州）人。幼歲即出家做小沙彌；長大成人後在龍興寺受具足戒。青去年少時就發憤儒釋雙修而以釋為本，修身養性，勇猛精進。曾師從精通天台三觀的源清大和尚。當時“孤山孤絕誰肯廬”，但智圓返鄉卻隱居孤山瑪瑙坡“閉門樂道”，與“梅妻鶴子”的林逋成了“隔壁鄰居”和至交好友。
南宋紹興21年（1151），因孤山擴建四聖延祥觀，瑪瑙寺又遷回葛嶺山麓。這一次回歸的意義重大，當時瑪瑙寺的僧人元敬和元復從“拆遷”整理的資料中，收集了從東晉鹹和到南宋紹興800多年間30位杭州高僧的事跡，留下了傳世的《武林西湖高僧事略》，而這，就是瑪瑙寺歷史中最重要的文化典籍。
來源傳說
瑪瑙寺但殘酷的戰亂卻讓葛洪萌生倦意，他選擇了急流勇退。東晉政權建立後，司馬睿當了皇帝，他下詔書賜予葛洪高官厚祿，卻被葛洪婉拒。
從此以後，葛洪過上了中國古代知識分子嚮往的“清心養頤，閒遊方外”的生活。幾經輾轉，葛洪來到了杭州寶石山西嶺，對這坐靈秀的小山情有獨鍾，他對徒弟說：“此地背山面水、龍脈環抱，如乘輦而絕塵，是養丹之所也。”
此後幾年，葛洪一直在寶石山西嶺結廬煉丹，修行自身、普救世人，也在這裡寫成了道家傳世經典《抱撲子》的一部分。後來，寶石山西嶺就被人稱為“葛嶺”或者“葛洪川”，葛洪曾經的印記，讓這座小山多了一種神奇玄妙的味道。唐朝時著名的三生石故事，一說就是發生在此地。
而葛洪當年所結的草廬，後來成為了著名道教勝地“抱撲道院”，今天從西湖邊遠遠望去，還能從葛嶺半山腰的層林掩映中，看到抱撲道院的黃瓦飛檐。宛若一位隱士，千年不變地凝望著杭州的變遷。
葛洪留下的遺蹟還不止此，據說因為他煉丹燒藥，讓葛嶺一帶山上的岩石都“染了仙氣”，產生了奇妙的變化，後人有記載說，這裡的山岩“碎石文瑩，質若瑪瑙”。瑪瑙寺最初的興建就在葛洪仙去以後的幾十年，因為建在“質若瑪瑙”的山坡上，所以就有了這個浪漫的名字。
寺院活動
2008年12月18日，國民黨榮譽主席連戰，在國台辦主任王毅、海協會會長陳雲林、浙江省委書記趙洪祝等人的陪同下，來到北山路上一處靠山面湖的僻靜所在，追尋那些鮮有人知的過往。
連戰來到的地方，是改建成的台灣文化館，它的原名叫“瑪瑙寺”。而那段“奇妙的緣分”，則是指80多年前，連戰祖父連橫在瑪瑙寺寓居的故事。
