琿春河大麻哈魚國家級水產種質資源保護區總面積4375公頃，長度43.75公里，其中核心區面積為1094公頃，實驗區面積為3281公頃。 保護區位於吉林省琿春市境內圖們江一級支流琿春河段，範圍在東經130°15′00″-130°30′07″，北緯42°43′00″-43°50′08″之間，呈南北走向，保護區最大寬度1公里。 核心區範圍在東經130°27′15″-130°36′45″，北緯42°54′00″-42°58′30″；實驗區範圍在東經130°14′30″-130°29′45″，北緯42°43′40″-42°58′25″。