清光緒五年(1879年)，王昌麟以黌案第一入縣學。七年(1881年)以高材生選入尊經書院，從王壬秋學《周禮》，並攻文字、音韻、訓詁之學。十一年 (1885年)，昌麟隨王壬秋返湖南，從學於湘綺樓。十四年(1888年)回蜀，應鄉試，中戊子科舉人。次年赴京會試，春闈不第。適王壬秋先生寓居天津，又與秀山李瑤琴同赴津門，追隨王壬秋先生，聆聽教益。王昌麟從壬秋先生7年，學業日進，深得同輩尊崇。十六年(1890年)會試不第，應戊子科房師、射洪縣知縣謝品峰之聘，前往射洪講學。二十年(1894年)考入國子監南學，得窺太學所儲四庫全書，學益淵博。3年中，月考名列第一，二十有四，深為祭酒張文達所器重，是以管學大臣翁同和與徐甫阝等連銜奏薦，行將擢用。適逢八國聯軍入寇京師，朝野震動，昌麟不得已由晉越秦南歸故里，主講於灌縣岷江書院。昌麟講授經史、詩文、辭義，論述中國文學史略，竟委窮源，娓娓不倦，遠近受業者百餘人。三十二年(1906年)應聘任教於眉屬川東師範，旋被選授銅梁訓導。不久，又至重慶府中學任教。三十四年(1908年)調四川高等學堂任國文教員。次年被選為四川省咨議局議員，參與討論、修正保護森林、整理川漢鐵路公司、預造徵兵資格、改革鹽務、剔除徵收丁糧捐稅積弊等議案。
王昌麟經史、辭義之外，還精通繪畫，其詩文亦有很高的成就。在他選入尊經書院時，他寫有《辛巳除夕》一詩：“藍衫換卻舊鶉衣，翰墨功名尚覺微。十二年中嘗膽久，三千人里奪標歸。榜先黌首顏知汗，檄調高材學可肥。獻歲杯盤須整潔，北堂乘興醉斜暉。”很生動地描述了他以高材生入選時的喜悅心情。
他在南學就讀時，寫了很多詩文，其中不少佳作。如他的《落葉》《紅葉》：“漢苑秋深蟬怨別，洞庭波起雁驚飛。空山掩翠銀床冷，故國題紅錦字稀。”“翻覆落霞風未定，玲瓏殘照雨初收。休論關塞胭脂色，好作湖山綺麗游。”“金井梧桐催夜雨，青溪茅屋壓新霜。”“怕憶寒砧淒斷處，隔簾風掃一階黃”等佳句，都以用典精確，詞句凝鍊，廣闊深沉，為公卿交口讚譽。
王昌麟的山水詩，雄渾凝重，如《雲棧》：“地成千古險，天遣五丁排。遠道行方覺，奇山到處皆。車聲時斷路，馬耳屢摩崖。便擬看雙劍，高吟豁壯懷。”以凝練之筆，刻畫出一幅絢麗多姿、雄奇兼有的山水畫卷。
王昌麟有不少撫時感事之作。清光緒二十三年(1897年)德國派遣艦隊強占膠州灣，簽訂《膠澳租界條約》。他對清廷喪權辱國，憤懣於懷。寫下《聞膠州事有感》：“鞭盡山中石，難填海上波。敵情今已見，天意竟如何?……王師循舍退，虜艦破冬來……徒憐青島上，空築射蛟台。大小珠山地，悲聲徹海隅。憤農思自梃，驕虜說蠲租。何計移鯨窟?還聞罷虎符。莽蒼成積氣，真觸杞人嘑!”悲憤之情，躍然紙上。他疾呼：“江東如掌地，晉宋以兵存。自保非無術，除和願別論。騎羊夷使踞，屠狗古人尊。無用輕貧賤，儒冠舌已捫。”表達了先生的愛國主義思想。
王昌麟的一些以贈別、懷舊為題材的詩篇，如《秋夜懷人》：“桐蔭凋盡客都門，病里懷人曉復昏。屈子離騷和雨讀，江郎別賦與花論。河漢影高胡雁過，簾帷籟寂草蟲喧。憐君獨步空階上，落葉蕭蕭欲斷魂。”亦清新可誦。
王昌麟對都江堰水利建設非常關心，對治理都江堰有獨到的見解。他在《都江堰水利說》一文中，以黃河之患論證都江堰治理之法。他說：黃河為患，乃不遵大禹疏浚溝洫，因勢利導，徐而束之，以達于海之良法。若遇河溢，則囊沙以障之。泥愈積，堤愈高，遂有河決之患。若不深淘其千百年所積之沙石，則河患不息，冰鑿內外兩江。灌溉成屬之田，其意不僅在富民，亦將以殺水勢也。岷江水自萬山來，沙石?刷而下，日漸積聚，橫亘江心，任其累塞，必有江患。江既溢，堤不能不高。石愈積，堤愈高，黃河之續矣。所謂深淘灘，低作堰六字，實治理都江堰之名言。今都江堰僅遵冰故訓而已，大禹舊法廢於中土，其患如彼。冰之垂訓存於成屬，其利如此，智者知所擇矣。他所著《覆都江堰大修難緩請及早動工議》一文，以都江堰水利工程，不特為西川農田水利攸關，實全川大利大害所在為立論根據，列舉四端，即：水災不可長，堰水不可乏，天幸不可常，前功不可棄，論述都江堰急需大力整修的必要性和迫切性。
其遺著有《周官通釋》《文學通論》(一名國文講義)《晴翠山房文集》《惜齋文錄》等共19卷。
王昌麟為人耿介，不苟取與，處世以誠，待人以禮，飄泊一生，才未竟用。民國7年(1918年)12月病逝，終年57歲。
