臨床上醫生常根據患牙的部位，窩洞所在的部位和承受的咬頜力的大小，以及病人健康情況，美觀的要求選用不同材料充填窩洞，目前常用的材料有：銀汞合金、複合樹脂和玻璃離子複合體。
銀汞合金是普遍套用的修復材料，已有150多年有歷史，其安全性已得到很好的證實，到目前為止，還沒有直接的證據表明其對人體健康有不良影響，並且在普通人群中過敏反應的發生率是極低的，銀汞合金具有最大的抗壓強度、硬度和耐磨性，且性能穩定，常用於後牙窩洞的充填以承擔較大的咬力。但由於其顏色為灰黑色，出於美觀的考慮，近來也越來越多的被樹脂材料所代替。
複合樹脂主要由樹脂基質和無機填料組成。它有較大的抗張強度且固化過程中膨脹，收縮和變形也較少，其最突出的優點是美觀，可提供與鄰牙最佳的顏色匹配。過去複合樹脂比銀汞合金軟，主要套用於前牙的窩洞充填，然而，近來出現的複合樹脂的機械性能和抗磨損能力大大增高，也廣泛套用於後牙和大面積窩洞的充填。
玻璃離子複合體也是目前牙科常用的一種充填材料，其最大的優點在於對牙髓刺激性小，可以釋放氟離子有利於再礦化並且抑制細菌聚集，因此常用於活髓牙咬頜面窩洞的充填，但由於它較脆，不具有大面積填材料所需且有的性能，因此它不能套用於牙齒受力較大部位的充填。
