為了能看到遠處的東西，爬行動物的眼睛總是固定不動。如果想看到近處的東西，它們就會用眼睛周圍的肌肉改變晶狀體的形狀。晶狀體是眼睛中聚光的部位。蛇有特殊的肌肉，能迫使晶狀體向前以進一步觀看，同調節照相機的焦距一樣。爬行動物能分辨顏色，包括一些鱷、蜥蜴和龜。 有些爬行動物長著第三隻眼。在一些蜥蜴和斑點楔齒蜥的頭中就藏著第三隻眼，它能察覺出明暗但辨不出顏色。這種眼可能就像一種曝光表，幫助爬行動物判斷在陽光下呆了多長時間。在地下洞穴中的盲蛇，眼睛被鱗覆蓋，什麼都看不見。 如果你曾經看到過蛇，就可能注意到蛇從來不閉眼睛。事實上，蛇的眼睛永久性地被一個透明鱗片覆蓋保護著，這個鱗就是下眼瞼。因此，在某種程度上，蛇眼總是閉著而不是睜著。 爬行動物不像哺乳動物那樣有外耳，所以看上去就像沒長耳朵。但是大多數爬行動物在表皮下有鼓膜。當聲音在空氣中，水中或地下傳播時，鼓膜能覺察這種振動，這種振動會延著一根細小的骨頭傳入內耳，在此聲音信息又被傳送到大腦。 蛇沒有鼓膜，但是在頜的鉸合部和內耳之間有一個小骨頭。由於沒有鼓膜，蛇聽不到空氣中傳播的聲音，但能察覺地上傳播的聲音，這種聲音會沿著小骨頭傳入內耳。
蛇皮膚中也有個特別的振動探測器，因此它們能感覺到危險或獵物的臨近。
